פרק אחרון לעונה. רפאל הופך למנהיג השבטים ומוביל את כולם לעימות מול "מאקסימוס קונג". הוא נדהם לגלות את זהותו האמיתית של "מאקסימוס קונג".

הצבים מצטרפים אל אוסאגי ואל קינטארו במסעם, בתקווה למצוא דרך לחזור הביתה אל הממד שלהם.

הצבים והמקבילים שלהם מממד אחר מתמודדים עם ביבופ ועם רוקסטדי שעובדים בשביל קראנג ושרדר מהממד האחר.

הצבים פוגשים שוב את המקבילים שלהם מממד אחד. יחד איתם מגיעים גם המקבילים של שרדר וקראנג, ששוכרים את שירותיהם של ביבופ ורוקסטדי.

הצבים ממשיכים לעבוד עם האוטרום, עם המפקד סאל ועם מונה ליסה, והם נאלצים להתמודד גם עם לורד דרג והחרקים שלו.

הצבים עובדים עם האוטרום, עם המפקד סאל ועם מונה ליסה במרדף אחר נוכל מהעבר.

רנט והצבים ממשיכים במשימתם לעצור את סאבאנטי רומרו. הם מתקשים כשרפאל וגם דונטלו הופכים לערפדים.

אפריל, קייסי וכל אנשי העיר הופכים לערפדים. רנט מופיעה ומסבירה לצבים את המצב. היא לוקחת אותם לעוד הרפתקה של מסע בזמן.

ספלינטר מספר לצבים הצעירים איך הוא פגש אותם בראשונה ואיך הם החלו לחיות יחד כמשפחה.

הצבים מגלים שציפורני נמר ואנשיו מחפשים את הקסדה של שרדר כדי להחזיר אותו לחיים. במקביל, מופיע אדם נוסף שמתעניין בקסדה.

הצבים פוגשים קראנג שונה, שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

עברו של ציפורני נמר נחשף כשהוא נרדף על ידי אחותו. קייסי מקולל על ידה והחבורה מנסה לבטל את הקללה.

קריסטל האיון של אפריל גורם לדמויות מהקומיקס של מיכאלאנג'לו לקום לחיים. מתברר שאפריל קשורה מאוד לקריסטל באופן קיצוני.

לאונרדו עוזר לקאראי לחסל מקומות מפתח של שרדר. הוא מסתיר זאת משאר הצבים ו?כשהם יוצאים לחפש אותו, דונטלו נפגע.

הצבים יוצאים להשיג את החלק האחרון של מחו?לל החור השחור, אך גם דרג והטרייסראטונים בעקבותיו.

הצבים עוברים במפתיע לממד אחר. מתברר שהמקבילים שלהם מאותו ממד זימנו אותם לעזרה.

הטרייסראטונים כולאים את הצבים. אפריל, קייסי ופוג'יטויד יוצאים להציל אותם.

לורד דרג יוצר קשר עם ארמאגון ומבקש את שירותיו כדי לחסל את הצבים.

הצבים ניצלו ברגע האחרון על ידי פוג'יטויד. בעזרתו הם חוזרים אחורה בזמן כדי לעצור את הטרייסראטונים ולהציל את כדור הארץ.

מיכלאנג'לו נחטף על ידי הטרייסראטונים, ושאר הצבים יוצאים להציל אותו. ספלינטר ואפריל פונים לשרדר כדי לקבל עזרה בהצלת כדור הארץ.

הצבים פוגשים קראנג שונה שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

הצבים מנסים להשיג תולעת מוח כדי למצוא מרפא בשביל קאראי. רפאל נפצע, וספלינטר אוסר על הצבים לפעול שוב, אך לאונרדו יוצא בכל זאת.

אפריל נפגעת מהכשת נחש. קאראי, שנמצאת בשליטתו של שרדר, אחראית לכך ומנסה לפגוע גם בצבים.

קרב בין הצבים לביבופ ולרוקסטדי גורם ליצירת מוטנט נוסף. הוא מנסה להיות גיבור אבל ביבופ ורוקסטדי מנצלים אותו כדי שיעשה בעבורם את העבודה.

הצבים יוצאים לחפש את קאראי על פי הרמז שקיבלו. הם מותקפים על ידי ביבופ ורוקסטדי.

הצבים מחליטים לחזור לניו-יורק. הם מוצאים את ספלינטר במצב בלתי יציב ומנסים להציל אותו.

הצבים מגלים מוטנט-מכונית שתוקף את קייסי בזמן הנסיעה. קייסי רוצה לבנות רכב שיוכל להתמודד מולו ומבקש עזרה מדונטלו.

הצבים מגלים דלת סודית בבית החווה. הם מוצאים את אימא של אפריל שהייתה בהקפאה במשך שנים. מיכלאנג'לו אינו ממהר לבטוח בה…

פלישת הקראנג החלה. לאונרדו נפצע קשה בקרב מול שרדר. שאר הצבים, עם אפריל ועם קייסי, מנסים להתמודד עם המצב.

רובוטי הרגל רודפים אחרי אפריל ואירמה. כדי להגן על אירמה, אפריל לוקחת אותה אל המאורה של הצבים ומופתעת לגלות את זהותה האמתית.

כנופיית הדרקונים הסגולים גונבת פגיון עתיק ומשחררת מתוכו את הו צ'אן, שמציע לתת להם כוחות מיוחדים.

הקסדה של שרדר נגנבת. הצבים מצליחים להשיג אותה ולאונרדו מנסה להציע לשרדר החלפה, הקסדה תמורת קראיי.

הצבים מופתעים לגלות שיש עוד מישהו שמנסה להשמיד את הקרנג, אבל מופתעים עוד יותר לגלות במי מדובר. בינתיים, היחסים שבין רפאל לקייסי ג'ונס הולכים ונעשים מתוחים יותר.

הצבים מצליחים לברוח אך ספלינטר נלקח אל מאורתו של שרדר והחבורה צריכה להציל אותו ובו בזמן לגלות איך להביס את תולעי הענק.

רעידות אדמה מתרחשות בכל רחבי ניו-יורק וגורמות להרס ובהלה. לאונרדו שוקל לפנות לספלינטר לעזרה כדי להביס את נשקו החדש של שרדר.

לאחר שדוני משפר את יכולותיו של ראש מתכת, הצבים מתחילים לחשוד בגרסתו החדשה. הצבים מגלים מהי תוכניתם החדשה של הקרנגים.

קייסי ג'ונס מחליט להגן על השכונה שלו מפני נינג'ות ומוטנטים. הוא פוגש את רפאל ומכיוון שהוא מוטנט ונינג'ה מחליט שהוא מסוכן ובסופו של דבר עוקב אחריו אל המאורה ומגלה את…

מיכאלאנג'לו משחק עם דגימות פסולות של מוטגן הופכי וחוטף פצעי בגרות מסוכנים שמתרבים בלא שליטה. הצבים הולכים למה שנותר מהטי-סי-אר-איי כדי למצוא צנטריפוגה מוליקולרית שתעזור להם לרפא את מייקי.

בעודם מחפשים את המוטגן החסר, הצבים נתקלים בסנאי שסולל את דרכו דרך גרונו של אדם חסר בית. לאחר שהם לוקחים את האדם למאורה לצורכי מחקר, הצבים מזדעזעים לגלות שהיצורים מתרבים…

פרק אחרון לעונה. הצבים מגלים שאפריל נחטפה וספלינטר מתמודד מול שרדר. הם יוצאים להשיב את אפריל ולעצור את פלישת הקראנג לכדור הארץ.