בפרק הראשון לעונה השנייה, רופאי שיקגו מד נתקלים בכמה שינויים. ד"ר צ'רלס משכנע מישהי להתמחות אצלו.

הפתיחה החגיגית של חדר המיון של בית החולים "שיקגו מד" נקטעת בגלל תאונת רכבת.

עונה שנייה לדרמת החקירות מבית היוצר של דיק וולף, העוקבת אחרי מה שקורה בתוך האף-בי-איי בניו-יורק. יחידת העילית ישתמשו בכל היכולות, הכישרונות, החכמה והמומחיות שבידיהם כדי לשמור על תושבי העיר…

בל וזידאן מאתרים צלף שמניין הקורבנות שלו עולה ותוך כדי כך מגלים שהמצב מורכב משחשבו.

יחידת המודיעין רודפת אחרי סוחר הרואין גדול שחטף אחד מאנשי הצוות.

ביחידת המודיעין בודקים מספר מקרי רצח שבהם הוצמד שטר של דולר לקורבנות. ווייט מגלה שחבר מן העבר מעורב בעסקים מפוקפקים. ארין נפגשת עם אמא שלה.

אחותה של שיי מגיעה לביקור בתחנה, סוורייד מוצא חשוד בהצתת השריפה בה נהרגה שיי. פרק קרוסאובר המצטלב עם "שוטרי שיקגו" (המשך הפרק בעונה 2, פרק 13).

השאיפה של מילס להצטרף ליחידת החילוץ גורמת למתיחות בתחנה. פרמדיקית מועמדת מצטרפת לדוסון ושיי. קייסי זוכה לביקור מפתיע.

כמה חברי התחנה קונים בר. אנטוניו, אח של דוסון, מתחיל לבקש ממנה בקשות מוזרות. דוסון טועה ושולחת לקייסי מסרון שהיה מיועד למילס.

כדורסלן נערץ המייצג חברת אופנה מואשם בשלושה מקרי אונס, אך החקירה מעלה חשד שאולי הוא בעצם הקורבן.

הצוות מוזעק לחקור תקיפות צלף נגד שוטרים, ומגלים שיש חוט מקשר בין פין לבין החקירה.

צוות המדור המיוחד מנסה ללכוד אנס סדרתי, אך קבוצה של נוקמים אזרחיים בתחפושות גיבורי על מנסה ללכוד אותו לפניהם.

כשנער שהתערטל בפארק נלקח להסתכלות פסיכיאטרית לפני מעצרו, הוא עד לאונס של אחת המטופלות במוסד הפסיכיאטרי. בלשי המדור המיוחד יוצאים לפענח מי הנאנסת ומהן נסיבות האונס.

החוקרים מחפשים ילדה שנחטפה ומגלים שהסיבה להיעלמה שונה מכפי שסברו. במהלך החקירה נחשפת פרשה ישנה וכאובה -היעלמות של ילדה אחרת. החוקרים עוברים עם משפחת הקורבן תהפוכות רבות – מהזדהות עד…

קורבן אונס, שנקשרת נפשית לשוטר שהציל אותה, כופה על בנסון וסטייבלר לעבוד עם השוטר חמום המוח כדי לפענח את התיק. התיק מסתבך וצצות ראיות שייתכן שפעל שם אנס סדרתי.

נער צעיר מתוודה על משיכתו המינית לאחיו הקטן והחורג, וסטייבלר ובנסון אינם בטוחים כיצד להגיב כיוון שטרם בוצע פשע. אולם כאשר הנער נעלם, הבלשים מתחקים אחר עקבותיו לפני שיהיה מאוחר…

גופתה של אישה נמצאת בפארק לצד גבר עם כדור בראש. בנסון והסוכנת המיוחדת קופר עובדות ביחד וחושדות ברוצח סדרתי שקופר ניסתה לתפוס במשך שנים ארוכות.

פרק 22, ואחרון לעונה. דריוס פארקר ממשיך לעורר בעיות עבור טוטולה כשהוא חוזר למשפט על אונס ורצח, ושוכר שוטר לשעבר כעורך דין שלו. בינתיים, הבלש צסטר לייק מצטרף לצוות.

פין חוקר מקרה אונס שקרה, לכאורה, בקולג בו בנו קן עובד. לפין מצטרף סוכן מברוקלין, צסטר לייק, שעובד על מקרה הדומה בצורה מפליאה לחקירה של פין.

תינוק שזה עתה נולד נמצא בפח האשפה והעקבות מובילים לסטודנטית בקולג' בקרבת מקום. הבחורה טוענת שנאנסה ולא ידעה שהיא בהריון, אך סיפורה נשמע חשוד לאחר שמסתבר שלפני כשנה טענה שילדה…

גופת ילד נמצאת בתא מטען של אוטובוס. הבלשים מגיעים לאפוטרופוס שלו ומגלים שהוא פדופיל שנרצח במיטתו וכי איבר מינו נכרת. החקירה מובילה לסוכנות המתמחה בטיולים אקזוטיים לאנסי ילדים.

גופת אישה נמצאת ליד רכבה לאחר שנאנסה ונרצחה, כשברכב סמים. הצוות חוקר את המקרה ומגלה מקרה אונס דומה שבוצע על-ידי שוטר וכעת גם מחלק הסמים בעקבות השוטר.