בפרק האחרון לסדרה, ספיידרמן נשלח דרך כמה מימדים בנסיון לתקן את הזמן וללכוד את ספיידר-קטל. במסעו, פוגש פיטר כמה מגרסאותיו השונות וכמו כן, את חברתו גוון סטייסי ויוצר הקומיקס סטן…

ספיידרמן נלקח למציאות של סקרלט-ספיידר, בה ניו-יורק נחרבה ע"י ספיידר-קטל ומוטל עליו להוביל את גרסאותיו השונות כדי למנוע זאת. למרבה הצער, אחד מהשיבוטים הופך לעכביש-האדם בזמן המשימה.

ד"ר דום משיב את "הדבר" לצורתו האנושית ומחזיק את יתר הגיבורים כאסירים. לאחר מכן הוא גונב את כוחותיו של הצופה, אלא שאלו מתחילים לקבל צורה גשמית כיצורים הישר מחלומותיו של…

ספיידרמן מזמן את החתולה השחורה מכדוה"א, שמחליטה לעזור לו על-אף שנחטפה. יחד, הגיבורים חייבים להביס את נבלי-העל, תוך הגנה על קבוצת מורדים, המנסה לכבוש בחזרה את הכוכב שלהם.

ספיידרמן מועבר לעולם זר, שם הוא פוגש את הצופה, יישות המעוניינת לבחון האם הטוב חזק מהרוע. הוא מזמן כמה מהנבלים הגדולים ביותר ומורה לספיידרמן להרכיב קבוצת גיבורים שתילחם בהם.

פיטר ומרי ג'יין, שהמומים מכוחותיה החדשים, פונים לעצתו של ד"ר קונרס. מרי ג'יין מספרת להם על חלום חוזר שעשוי להיות הרמז להיעלמותה, אך הידרומן מוצא אותם וחוטף את מרי ג'יין…

לאחר שדחו את ירח הדבש שלהם, מרי ג'יין ופיטר מגיעים לחופשה במפלי הניאגרה. אך השמחה נקטעת במהרה לאחר שהיידרומן מגיע וחוטף את מרי ג'יין.

ספיידרמן וסילבר סייבל מאתרים את קרגוב, הזיקית והגולגולת האדומה, אך הם נתפסים בשדה כוח. מסתבר שמתקן יום הדין נועד להפוך את בנו לאל. קרגוב זוכה לכוחות מחשמלים ומכנה את עצמו…

חמישה מתוך ששת הלוחמים הנשכחים מתאחדים כדי לשתף פעולה עם ספיידרמן על מנת למנוע מקינגפין מלהפעיל את נשק יום-הדין. אך בזמן התהליך, קפטן אמריקה והגולגולת האדומה משתחררים.

במטרה לחשוף את תעלומת ששת הלוחמים הנשכחים, רובי רוברטסון ופיטר מחליטים להיפגש עם פרופסור זקן, חבר וותיק של רובי, שיודע כמה דברים על ששת הלוחמים.

בעודו ברוסיה, פיטר מגלה כי מציאת רמזים לפענוח העבר המשפחתי הוא דבר לא קל כאשר הוא צריך להילחם בששת הלוחמים הנשכחים והגולגולת האדומה!

לאחר ביקור מפתיע מ-"ידיד וותיק" של המשפחה, פיטר נוסע לרוסיה במטרה לחקור את תעלומת היעלמות הוריו ולקבל כמה תשובות, שם הוא נתקל בכמה חברים ותיקים!

היום הגדול של פיטר ומרי ג'יין מגיע, אבל הדברים לא יתנהלו כמתוכנן אם זה תלוי בהארי אוסבורן. כשאורחים קרויים וגם כאלו שלא מגיעים למאורע המשמח, זה בהחלט יהיה יום שלא…

עם שובו לדירה החדשה שלו, פיטר מתעמת עם פראוולר, שמציג את עצמו כהובי בראון וחושף כי הוא יודע על הקשר שבין פיטר פארקר לספיידרמן! אך האם גם הקינגפין קשור לכך?

פיטר ומרי ג'יין מאורסים, והזוג המאושר הולך לבקש מד"ר קונורס להשתתף בחתונה. אך כאשר לטאות-אדם חוטפים את ד"ר קונורס ואת ספיידרמן, מרגרט קונורס, מרי ג'יין ודברה תצטרכנה להציל את היום.

מרי ג'יין חוזרת עם תפקיד ראשי בסרט גדול, אבל כאשר הצילומים מתחילים, הכל משתבש ומרי ג'יין נעלמת. ספיידי חייב להילחם כדי להבטיח שהוא לא יאבד את מרי ג'יין שוב, גם…

הארי רדוף הרוחות זוכה לביקור מהגובלין שמוביל אותו לנוסחת-העל ולכלי הנשק שלו. בינתיים, המעניש מבטיח לאנה ווטסון שהוא ימצא את מרי ג'יין כשבראש רשימת החשודים נמצא פיטר פארקר.

יש ערפד חדש בעיר, אך מורביוס חוטף את כל האשמה. ובדיוק כשספיידי לוכד את האשם, בלייד מתפרץ פנימה והורס הכל. בינתיים, הארי אוסבורן מוצא את חליפת הספיידרמן החלופית של פיטר.

דברה וויטמן מוצאת את מורביוס, הערפד החי, ומביאה אותו לעבוד על תרופה. יחד עם וויסלר וספיידי, החתולה השחורה צריכה להתמודד מול הרברט לנדון והשוקר כדי להציל את מורביוס מפני עצמו.

החתולה השחורה נלכדת על ידי אליסטר סמיית, שעובד עכשיו בשביל סילברמיין, שלכוד בגוף של ילד. סמיית מציב לספיידי אולטימטום: ללכוד את העקרב או הנשר בתוך 24 שעות אחרת החתולה תמות.

יצור פראי מתחיל לתקוף אנשים בעיר והחתולה השחורה מנסה לשכנע את ספיידרמן שהוא זקוק לעזרתה. כל הרמזים מצביעים על קרייבן, אך חקירה מגלה אחרת כשמתברר שהוא מנסה לרפא את היצור.

פלישיה הארדי, שהפכה כעת לחתולה השחורה, נסחטת לעבוד אצל הקינגפין עד שהוא יכול לשכפל יותר מנסיוב "חייל-העל" שהעניק לקפטן אמריקה את כוחותיו וכעת גם לה.

דוקטור אוקטופוס סוחט את אמה של פלישיה והיא מתחילה להבין שלמשפחתה יש כמה סודות אפלים. הקינגפין מבריח את הארדי מהכלא וחוטף את פלישיה כדי להשיג את נסיוב חייל-העל של קפטן…

ספיידרמן לוכד חבורת גנבים ונראה כי רובי רוברטסון הוא המנהיג שלהם. פארקר וג'יימסון חייבים לשתף פעולה כדי לזכות את שמו של רובי. אבל בזמן שג'יימסון חוקר, פיטר חייב לשמור עליו…

פיטר פארקר ומרי ג'יין סוף-סוף ביחד, אבל השמחה היא קצרת מועד כאשר גובלין הירוק, חמוש במשבש הזמן וזהותו האמיתית של ספיידרמן, מבקש להרוס את ספיידי בכל אמצעי אפשרי.

כאשר מאיץ התרחבות הזמן נופל לידיים הלא נכונות, כל הפושעים בעיר מתחרים על הטכנולוגיה. פיטר ומרי ג'יין חוגגים את האירוסין של פלישיה הארדי לג'ייסון מקנדייל כשהם שומעים תוכניות לשוד גדול!

עובד לשעבר של תעשיות סטארק ממציא טכנולוגיה בין-ממדית ניידת שבטעות הופכת אותו ל-"ספוט", התגלמות חיה של השער. אך המצאתו הבלתי-יציבה יצרה מערבולת המאיימת לבלוע את ניו-יורק.

לאחר שאדי מסרב לעבוד עבור דורמאמו, קטל אוסף כוח חיים עבור כניסתו של דורמאמו לכדוה"א וחוטף את ד"ר אשלי קפקא, ואדי שהתאהב בה, חייב לחבור לספיידרמן ואיירון מן כדי להציל…

הסימביוט חוזר לכדוה"א ומתאחד עם אדי ברוק. הוא מצווה על-ידי דורמאמו, שבזכותו הסימביוט חזר ארצה, לגנוב מכונה מהמפעלים של סטארק המסוגלת לשחרר אותו מהמימד בו הוא כלוא.

בנו של רובי רוברטסון מצטרף לחבורת בריונים בראשות טומבסטון. אך כאשר ראש-האבן מנסה להשתמש בעברו עם רובי כדי לגנוז כתבה על הבוס החדש שלו, הוא נתקל בספיידרמן.

ספיידרמן מגלה שסמיית הפך לקיבורג – חלקו אדם, חלקו מכונה והוא כעת קוטל העכבישים המושלם! אך כאשר עולה תקלה בתכנות שלו, סמיית רודף אחר האיש שאחראי למותו של אביו… נורמן…

ספיידרמן חובר ל-"דרדוויל" בניסיון לזכות את שמו של פארקר מהאישומים. מרדוק חושף את זהותו האמיתית של הקינגפין. ובזמן שספיידרמן נלחם בזיקית, ניטש קרב איתנים בין דרדוויל לפיסק.

פיטר מופלל בפשע שהוא לא ביצע. כעת הכל תלוי בעורך דינו העיוור, מאט מרדוק, שיוכיח את חפותו, אלא שגם למאט מורדוק יש זהות סודית – האיש ללא פחד, "דרדוויל" הנועז.

ספיידרמן מוצא את עצמו מתחרה על פלישיה. בינתיים, נער שמנסה לעזור לאמו החולה באמצעות הטכנולוגיה של כנופיית גנבים המשתמשים בטכנולוגיית סילון, מחמש את עצמו בתור "רוקט רייסר".

אביו של הארי, נורמן אוסבורן, נעלם לאחר פיצוץ במפעל הכימי שלו. החיפוש של ספיידי אחר אביו של חברו, נתקל בסיבוכים – שודד רכוב על כלי ריחוף הקורא לעצמו הגובלין הירוק!

לאחר שספיידרמן מאבד את הזכרון במהלך קרב מול האוקטובוט, דוק אוק מחליט לנצל זאת ומשכנע את ספיידרמן כי הוא העוזר האישי שלו, אך טאינה מצליחה לגרום לספיידי לזכור את העצמי…

לאחר שלספיידרמן נמאס שג'יימסון מאשים אותו בכל הפשיעה שבניו-יורק, הוא מחליט לוותר על תפקיד הגיבור אחת ולתמיד, לפחות עד שהוא פוגש את המעריץ הגדול ביותר שלו, ילדה קטנה בשם טאינה.

פיטר מגלה כי מרי ג'יין היא חלק מכת מסתורית שמנסה לשחרר את השד דורמאמו מהמימד בו הוא כלוא. כאשר הכת מתקרבת למטרתה, ספיידרמן חייב לחבור לדוקטור סטריינג' כדי לעצור אותם!

ספיידרמן מבקש את עזרתו של קונורס בהפיכת השפעות ההזדקנות. הנשר הופך לעכביש-האדם בגלל המוטציה שספג מנעוריו של ספיידי, והעקרב תופס את ד"ר סטילוול כדי שירפא את המוטציה שלו.

אדריאן טומס מבקש נקמה לאחר שנורמן אוסבורן מנסה להשתלט על החברה שלו. הוא הופך לנשר ומיד חוטף את בנו של נורמן, הארי. אך האם ספיידי יוכל להציל את הארי מטפריו…