אלפרד, מרגל בריטי לשעבר, נקרא לתפקיד והופך למטרה של הטופר האדום.

אשת החתול נקלעת לצרות עם הפיתום לאחר שהיא מסכימה לעשות עבורו עבודה אחת אחרונה לפני שהיא חוזרת ללכת בדרך הישר.

באטמן ורובין חוקרים שורה של פשעים שבוצעו על ידי קבוצת קומיקאים מפורסמים שמוחם הושפע על ידי הג'וקר.

באטמן ורובין מבולבלים מהחטיפה הפתאומית של דו-פרצוף, שהיה בדרכו לתקן את פניו.

קילר קרוק נמלט כשהוא מועבר לכלא ומסתתר עם קבוצת אנשי קרקס.

נראה כי פויזן אייבי עצרה את מסע הפשע שלה כשהיא מתחתנת עם רופא עם שני בנים. עם זאת, הפשעים ממשיכים להתרחש בסגנון פויזן אייבי, מה שמותיר לבאטמן לפקפק בחפותה.

באטמן חוקר סדרה של פשעים מביכים ומגלה שהצאר הפשע הוא בובת עץ, שנעשה עליו מניפולציות של אדם עדין הליכות בשם הגנרל.

הארלי קווין נפרדת מהג'וקר וחוברת לפויזן אייבי. יחד הן הורסות את גותהאם ועכשיו הג'וקר רוצה להיות חלק מהפעולה.

רובוט מבולבל שמאמין שהוא באטמן גורם לבעיות עבור האביר האפל האמיתי.

כשמיליארדר בונה קזינו בשם הג'וקר הפראי, הג'וקר פורץ ממקלט ארקהאם כדי להרוס אותו.

כשעטלף בגודל אדם פושט על נמל גותהאם, באטמן חושד שד"ר קירק לנגסטרום שותה שוב את נוסחת איש העטלף שלו.

ביום השנה למות הוריו של ברוס, באטמן מביע ספקות אם עליו להמשיך או לאו במלחמתו של איש אחד בפשע.

סלינה קייל חושפת מזימה להדביק בעלי חיים משוטטים במחלה קטלנית שתועבר לאוכלוסיית האדם.

באטמן מקשר את ההפצצות האחרונות בגותהאם לפרק של סדרת טלוויזיה ישנה שמציגה את גיבור הילדות האהוב עליו, 'הרוח האפורה'.

ברוס וויין מתעורר ומגלה שהוריו לא מתים, הוא לא באטמן, והוא מאורס לסלינה קייל!

כשגברים מתחילים להיעלם במעון, ברוס וויין מחליט להיות סמוי כאחד העובדים. הוא מאבד את זיכרונו לאחר שהותקף, נחטף ונאלץ לעבוד במחנה כורים.

חברתו של באטמן, ד"ר לזלי תומפקינס, נלקחת בשבי על ידי יזם נדל"ן חסר רחמים לאחר שהיא חושפת את תוכניותיו הערמומיות.

נבל מחריד בשם "הדחליל" מפיץ גז פחד וזורע הרס באוניברסיטת גותהאם סטייט.

כאשר רואה חשבון ביישן נתקל בטעות בג'וקר, הוא מבטיח לג'וקר כל דבר אם הנבל רק יניח לו ללכת.

בוס מאפיה מזדקן מגלה שעסקאות הסמים שלו תרמו להתמכרות של בנו לסמים.

אפוקליפסה מתכנן להפוך את כל בני האדם עם גן האיקס הרדום למוטאנטים, תוך הרג אלה שאינם חזקים מספיק. הוא הפך את מגנטו, הפרופ', סופה ומיסטיק לפרשיו ומכסה את העולם ברשת…

בפרק סיום העונה, מזמרו מתמרן את מגנטו כדי לפתוח את הדלת השנייה, ומשתמש במיסטיק וברוג כדי לפתוח את השלישית. אפוקליפסה מביס בקלות את כוחותיהם המשולבים של המוטאנטים ונמלט.

מיסטיק בורחת ממאסר בעוד האקס-מן משקמים את המכון. היא מתחזה לאלכס ומוליכה את סקוט לתוך מלכודת, כעת סקוט נמצא בלב המדבר המקסיקני ללא משקפיו.

האקס-מן והאחווה מתמודדים עם ההשלכות של חשיפת המוטאנטים לעולם ומיסטיק מצליחה לפוצץ את המכון. כעת, לאחר שמוטאנטים משני הצדדים נפלו בשבי, על הנותרים למצוא אותם ואת הפרופסור.

האחווה ואקס-מן מגיעים להילחם במגנטו, כשלפתע זזקיף משתחרר. סוכני הממשלה, ביחד עם הזקיפים, תופסים כמה מוטאנטים בעוד האחרים בורחים. ואילו סקוט מאשים את הפרופסור בכל.

וולברין נעלם והאחווה חוברים לאקס-מן כדי לנצח את מגנטו. המכון עובר למצב השמדה עצמית. אמארה וטבית'ה מוצאות את סקוט, שנשאר מאחור. אבל כשהם מגיעים לחדר הבקרה, השעון סופר לאחור.

וולברין מספר על העבר שלו, הוא מספר על משימה שהייתה לו במלחמת העולם השנייה עם שותף מיוחד, קפטן אמריקה…

סקוט ורוג נקלעים יחד לטיול שדה במועדון הגיאולוגיה. סקוט מנסה להיות ידידותי כלפי רוג, אך נראה שלמיסטיק יש תוכניות אחרות…