גורדי ובת' נחטפים, והחוטפים מאלצים את גורדי לבצע עבורם משימה. הוא פונה לעזרת מגנום והיגינס, שמנסים לסייע לו ולהציל את בת. סוזי נכנסת לחדר לידה, אבל העניינים מסתבכים.
תומס אמור להיפגש עם לקוחה. כשהיא לא מגיעה לפגישה, הוא מגלה כי היא הסתבכה עם שני ארגונים מסוכנים. היגינס יוצאת לפעולה לא מאושרת בקניה להשבת חיסונים שנגנבו.
מגנום מגלה שמישהו קנה את השעון שהעניק לו אביו. היגינס ומגנום מסכימים לקבל משימה של החרמת מטוס, הדורשת כישורי טיסה, אך העניינים מסתבכים מהר. היגינס מריצה בדיקת רקע על הרופא…
זהו ליל חג האלווין ואיש לא עוצם עין. מגנום יוצא למעקב במסיבת תחפושות, היגינס מנסה לאתר רוחות בבית רדוף, המשטרה במצוד אחר אסיר מסוכן שנמלט מהכלא, וקומו מצילה נפשות ונשמות.
מגנום נעצר על ידי סוכנים פדרליים באשמת הפצת כסף מזויף, ומתברר שזה רק קצה הקרחון של פרשה בה מעורבים אהבה ישנה, סוכן צפון קוריאני, אנשי ריגול וזיכרונות קשים מהעבר.
הצוות בודק מקרה מוזר וקטלני של פצצה שהתפוצצה, אך לא השאירה אחריה עקבות של חומר נפץ. וולטר חושף את מקור האנרגיה שעורר את הפצצה והחקירה מובילה את אוליביה ופיטר לעירק.
בעוד סידני מחפש סיוע על מנת להתמודד עם רג'ינה, מרי מרגרט ודיוויד ממשיכים להיפגש בחשאי. בינתיים, בעולם האגדות, אביה של שלגייה מקבל מהשד במנורה שלוש משאלות ומוזהר לחשוב היטב על…
בונז ובות' בוחנים שרידי ילדה שכנראה נרצחה בידי רוצח סדרתי שכבר נתפס. סימנים על הגופה מצביעים על הקורבן הבא, והצוות יוצא למרוץ נגד הזמן למנוע את הפגיעה הנוספת.
בפתח העונה התשיעית ובפרק מחווה לפרק הפיילוט של סדרת המקור הנוסטלגית, מקגארט והצוות מנסים לברר מי רוצח סוכני סי-איי-איי ומנסים לברר אם יש חפרפרת בסי-איי-איי.
שני מקרי שוד בבנקים שולחים את הצוות בעקבות השודדים, לאחר שגרמו לתאונת דרכים ולמותו של אדם מבוגר. אדם, בעלה של קונו, מוצא עצם באתר בנייה ומנסה לברר למי היא שייכת.
חקירת שוד מהמאה ה-19 מצטלבת עם חקירת רצח במאה ה-21 וחברי הצוות מנסים לתפוס פיראטים מודרניים. קונו ואדם לא מצליחים ליהנות אפילו יום אחד מחיי הנישואים שלהם.
בפרק האחרון לעונה, מטוס ננטש בנמל תעופה קרבי ועליו סימנים של קרינה גרעינית. הצוות מגלה שאדם בארה"ב תקף שיירה צבאית, גנב פצצה גרעינית והטיס אותה לאיי הוואי כדי להפעיל אותה.
בפרק האחרון לעונה, איאן רייט, האקר צעיר, חוטף את בתו של לו ומכריח אותו לשדוד הון ממשלתי במזומן על מנת להציל אותה, אך המצב מסתבך כשמתברר שאדם נוסף חומד את…