רוחה של האלה המצרית אייזיס משתלטת על לויס במטרה לאחד את רוחו של אהובה עם גופו, ולהביא ליצירת גיהינום עלי אדמות. בינתיים טס מנסה לעזור ומטפלת בשיבוט הצעיר של לקס.

אוליבר אומר לקלארק שעליו להרוג את דייויס, מכיוון שדומסדיי הוא איום ממשי ויש להרוג אותו בכל מחיר, אולם קלארק מסרב ליטול חיי אדם ולכן מחליט אוליבר לעשות זאת בעצמו וקלואי…

לאחר שטס קוראת את יומנו של ליונל לות'ר אודות מטח המטאורים, היא מבינה שדיוויס הוא "המשמיד" שהגיע לכדור הארץ כדי להרוג את קלארק, ומנסה להרוג אותו. קלואי וקלארק מגלים שדיוויס…

קלארק חייב ללמוד לשלוט ביכולת חדשה כדי שיוכל להצטרף לקארה בקרב מול ברינייאק על מנת להציל את חבריו.

לויס עוקבת אחרי לקס ומגלה כי הוא מצא את קארה, החולה בשיכחה. פינלי, מלצר שהתאהב בקארה חושש שלקס יקח אותה, אז הוא יורה בלקס ומחזיק את לויס ואת קארה כבנות…

קלארק מגלה שליונל איים להרוג אותו, אלא אם תינשא ללקס, כעת הוא רודף אחר ליונל בכדי להשתיק אותו אחת ולתמיד. לאנה אומרת ללקס שהיא עוזבת אותו, והצייד ממאדים חוזר כדי…

קלארק וקלואי מגלים את טיטאן, מתאבק, כוכב מועדון קרב סודי שקרבותיו העקובים מדם עד המוות משודרים באינטרנט. לויס מריחה סיפור ומחליטה לחקור בעצמה אבל היא נתפסת ומוכרחת להשתתף בקרב.

קלארק לכוד ב-"אזור הפאנטום", מוקף בכל האויבים שג'ור-אל כלא. עם זאת, בעל ברית בלתי צפוי יבוא לעזרתו. בינתיים זוד המשתמש בגופו של לקס בניגוד לרצונו מתקדם בתוכניתו להפוך את כדוה"א…

בפרק החותם את העונה, מילטון פיין מערים על קלארק ומשחרר את זוד מכלא, משתכן בגופו של לקס ומעורר תוהו ובוהו עלי אדמותמ בצורת וירוס קטלני שיכול להרוג מיליונים. האם קלארק…

מענה במסכה לוקח את ליונל בשבי ועורך מספר משחקים שלינול חייב לנצח בהם על מנת להישאר בחיים. לאחר שמרתה מגלה שליונל יודע את סודו, היא יוצאת על מנת להתעמת איתו,…

לאחר שקלארק נחשף לקריפטונייט כסוף, שגורם לו לפרנויה והזיות. הוא הוזה שקלואי עומדת לגלות לכולם את סודו, שאביו זומם נגדו ושלקס ולאנה מנהלים רומן חשאי. קלואי והוריו של קלארק מחפשים…

קלארק מועבר ל-"מבצר הבדידות" והוא חייב לבחור, האם יציל את דור הארץ או שיציל את קלואי מלקפוא למוות? לאנה פוגשת שני בני קריפטון היוצאים מהחללית וגורמים הרס וחורבן שעה שהם…

קלארק חייב לעצור את צלם ביה"ס לאחר שהוא הופך את כולם לבובות. לקס וליונל נחטפים ומעונים בניסיון לגלות היכן מוחבאים הקריסטלים. אך לאחר שג'נביב מגלה שלאנה מחזיקה באחת מהאבנים, היא…

לויס דורסת כלב והיא מביאה אותו לחווה על מנת שיחלים. קלארק ולויס מגלים שהכלב הוא תוצר של פרויקט של תעשיות לותר ומשתמשים בו על מנת לבצע פשעים, אך כאשר לויס…

קלארק ולליונל מחליפים גוף. כאשר ליונל לומד שלגופו החדש יש כוחות-על הוא מתחיל מיד להשליט טרור בסמולוויל. לכוד מאחורי סורגים, קלארק חייב למצוא דרך על מנת להשיג את גופו ואת…

אחרי שגילו שגופתה של קלואי אינה בקבר, מתחילים קלארק ולויס לחקור, אך אביה של לויס, גנרל ליין עוצר בעדם. הם חושדים שהגנרל יודע יותר משהוא מספר ושיש לו קשר עם…

קלואי חודרת ללות'רקורפ ושואפת בטעות גז קריפטונייט. היא מגלה שאנשים מתחילים לספר לה את סודותיהם הכמוסים ביותר, ומחליטה לנצל את ההזדמנות לנסות ולגלות את האמת על קלארק.

אלישיה, תלמידה מבית ספרו של קלארק, מתגלה כבעלת כוחות מיוחדים. היא וקלארק מפתחים קשר מיוחד דרך הסודות שלהם, אך אז היא מתחילה לפתח אובססיה כלפיו ואינה מוכנה לחלוק אותו עם…

קלארק מגלה שחבר לכיתתו מסוגל לנבא את העתיד, אך נחרד לשמוע ממנו שלאנה עתידה למות בשריפה בימים הקרובים. קלואי חוקרת את התנהגותו המוזרה של אדם, ועולה על כמה תגליות מטרידות.

קלארק חוזר לסמולוויל אך הפושעים ממטרופוליס ממשיכים לרדוף אותו. הוא מחליט שלא יוכל לנהל מערכת יחסים עם לנה. גם לקס חוזר מהאי הבודד ומגלה תגלית מפתיעה.

לאחר שלאנה מקבלת ביקור מרוח הרפאים של חברת ילדות, היא פונה לקלארק לעזרה בחשיפת האמת לגבי האורחת החדשה שלה.

ד"ר וירג'יל סוואן (כריסטופר ריב, "סופרמן" בסדרת הסרטים), מדען מסתורי אשר מחזיק הודעה לקלארק מכוכב הולדתו, נחוש לגלות מהיכן הגיע. קלארק יוצא לניו-יורק על מנת לפגוש את ד"ר סוואן.

לקס מגלה שאביו התקין בחשאי מצלמות וידאו בתוך האחוזה, ובתגובה מחליט להתקין בחשאי מצלמות מעקב במשרדו של אביו במטרופוליס. המצב מסתבך כשאנשיו של לקס פוגשים את אביו ואת אמו של…

קלארק מחליט להסתתר כדי ללמוד ולהשתלט על כוחו החדש, לאחר שפגע בטעות בלאנה. עד מהרה הוא מגלה שאין לו זמן לכך, מאחר ומורה חדשה וסקסית שהגיעה לביה"ס עלולה לגרום למותו…

לאחר שבחור צעיר נפגע קשות בתאונת דרכים שהותירה אותה משותק, הוא מקבל כוחות טלקינטיים המאפשרים לו לשלוט בעצמים בעזרת כוח המחשבה. כשגילה שהרכב שפגע בו היה רכבו של המנהל קוואן,…

פרח שנעלם לפני 100 שנה חוזר באופן מסתורי לסמולוויל כשהוא מלא בקריפטונייט. הוא גורם לאנשים לעשות כל שברצונם. וכשג'ונתן, פיט ולאנה נחשפים להשפעתו הקטלנית של הפרח ומתנדנדים בין חיים למוות,…

פיבי הולכת למגדת עתידות כדי להבין למה אין לה חזיונות. מגדת העתידות קולטת חיזיון של פיבי, לפיו צייד הצועניות רודף את מגדת העתידות ואת חברותיה. פיבי, פייפר ופייג' יוצאות למאבק…

גופתו של חייזר לא רשום מובילה את קארה אל 'מועדון קרב' מחתרתי, שבו חייזרים נלחמים עד המוות תחת פיקוחה של רולטה.

ונסדיי מסתבכת עם המנהלת וימס, אבל הצרות לא נגמרות שם. כדי להילחם ברוע עתיק היא תזדקק לעזרתם של כל חבריה.