תצלום שעון חדש שמועבר בארגון סטנפילד מוביל את השוטרים לעסקת סמים גדולה במחסן באזור הנמל. גאס ממשיך לחקור את אמינותו של טמפלטון, ותכניתו של מקנלטי מתקרבת לסף קריסה.

לאחר שנה של מעקבים, היחידה לא מצליחה לגבש ראיות נגד מרלו. כתבי ה-"בולטימור סאן" עולים על חשד לשחיתות בעירייה. קיצוצים בתקציב המשטרה מאיימים על המשך פעילות היחידה.

לאחר שגילה את הגופה הראשונה בבתים הנטושים, לסטר מבין כי עלה על עקבותיו של מרלו. ניימונד תוהה לגבי חייו בעסקי סחר בסמים. ראש העיר מתמודד עם הגירעון העצום בתקציב בתיה"ס…

סנופ וכריס משכללים את שיטות הרצח והסתרת הגופות בבתים הנטושים. קרקטי מתרוצץ בכל העיר כדי לשפר את סיכוייו בפריימריז. פרז מגיע לחטיה"ב שבה ילמד מתמטיקה. לקס, חבר של בודי, מחסל…

כולם מחפשים שביל זהב שדרכו יצליחו להימלט מהסתירות בחיים. סטרינגר ובארקסדייל מבינים, כל אחד בעצמו, שיהיה עליהם לחולל שינוי מהותי במושג הנאמנות. גם בתחנת המשטרה ובעירייה מבקשים למצוא פתרון ללגליזציה…

רולס ממשיך במסע הנקם שלו במקנולטי וסוחט את אחד משותפיו ליחידה. במקביל נמשכת החקירה והמחלקה מצליחה לפענח קוד שמוביל אותה לעסקת סמים ושלל גדול. גם העבודה עם המודיעים משתלמת ותיקים…

בפרק סיום העונה, חברי הצוות נדחקים אל גבולות מסוכנים, בעודם מנסים להציל כל ייצור חי ממזימותיו של דייוויד רוברט ג'ונס.

וולטר נאלץ לחיות מחדש את העבר שלו, בזמן חקירת סדרת התלקחויות אש ספונטניות של בני אדם. הצוות מתעמת עם דייוויד רוברט ג'ונס בכדי להציל את העולם.

בשנת 2036, בעתיד בו המשקיפים שולטים ומעטי בני האדם ששרדו משרתים אותם, קבוצת פרינג' חדשה יוצאת במלחמה שתשנה הכל, אבל כדי לנצח הם חייבים להחיות דמות אגדית מהעבר שלהם.

אוליביה מנסה להתמודד עם סדרה חדשה של זכרונות. חברי הצוות חוקרים מטופל חולה נפש אשר חשוד בשורה של מעשי רצח וככל הנראה קשור לעברה של אוליביה.

מחלקת פרינג' בצד השני מתמודדת עם ביקורו של פיטר ועם אויב אימתני חדש, במירוץ נגד הזמן.

אוליביה חושפת כוח מסוכן שעשוי להיות קשור לניסוי שערך וולטר בעבר. וולטר נאלץ לעזוב את המעבדה בפעם הראשונה מזה שנים ומצטרף אל אוליביה בדרכה אל "מאסיב דיינמיקס".

בפרק פתיחת העונה הרביעית – העלילה ממשיכה כעבור שבוע מאז שהמחלקות בשני העולמות החלו לעבוד יחד.

בפרק סיום העונה, פיטר מצליח להיכנס למכונה ולהגיע לעתיד הקרוב, בו היקום של וולטרנייט הוא זה שהושמד.

נוכחות התודעה של ווילאם בל בגופה של אוליביה מאיימת לעוות את דעתה לצמיתות אלא אם וולטר ופיטר ינקטו בצעדים קיצוניים.

צוות פרינג' חוקר סדרת אירועי קצירת איברים מסתוריים הקשורים זה לזה. פיטר מגיע להשלמה עם המציאות של היחסים שלו עם אוליביה.

ביקום החלופי, הצוות חוקר תקרית חריגה בה 15 אנשים סובלים משיכחה בעת שהם מאזינים לאותו תדר. פיטר ממשיך בניסיונותיו להרכיב מחדש את מכשיר ההרס.

לאחר האירועים המדהימים אשר השאירו את אוליביה תקועה ביקום המקביל, היא עושה מאמצים לחזור לעולמה. בו בזמן פיטר וולטר חוזרים לחייהם מבלי לדעת שלצידם אוליביה מהעולם האחר.

פיטר חובר עם השריף המקומי, השריף מת'יס, בקשר לסדרת רציחות עם קשרים לניוטון. בינתיים, וולטר מתמודד עם האפשרות להישלח חזרה לסנט קלייר ומישהו מ-"הצד השני" עושה ביקור.

צוות פרינג' חוקר תופעה בלתי מוסברת המעוותת את פניהם של אנשים. לאחר שמתברר שהאנשים המעוותים הצליחו להסתתר למשך זמן רב ויעשו כל דבר כדי להישאר ככה, החקירה עושה פניה לא…

כשחטיפה מסלימה למצב של בני ערובה, הרשויות המקומיות סוגרות על החשוד כדי לגלות כוח מסתורי עם השלכות חמורות. בזמן שהחקירה מתעצמת, מחלקת פרינג' מקשרת את החטיפות ל-"מאסיב דיינמיקס".

דנהם נוטלת תרופה כדי לעורר את זיכרונה. בינתיים, המחלקה חוקרת מספר מקרי שוד הקשורים למשני צורה ונעזרים באישה מעברו של ד"ר בישופ. פלאשבק חושף עוד על ביקורה של אוליביה ביקום…

סאנבי מבקשת מוואנס להגן עליה מפני המייג'ור. ג'ייס, פיט וקורי נחושים להשיג נקמה וזוממים לברוח מהאוטובוס שמוביל אותם לכלא.

מיקלה מקבלת פקד ושותפה חדשה, וזיק מתמודד עם ההשלכות של מעשיו. המייג'ור ממשיכה לתמרן את סאנבי.

בפרק האחרון לעונה, רוצח סדרתי משאיר רמזים המיועדים לצוות ועליהם לפענח אותם במהירות לפני מקרי הרצח הבאים. נטליה פוגשת גבר שמעניין אותה בנסיבות מבהילות.

בפרק האחרון לעונה, איוון סארנוף חומק מניסיון התנקשות וכעת הוא חופשי. הראיות מלמדות כי אביו של דלקו מעורב, וילינה המצויה במסווה מתבקשת למצוא את סרנוף.

גופתה של דיילת נמצאת באזור המטען אחרי הטיסה, והחשודים כוללים עמיתים קנאיים, מרשל פדרלי שמבריח סמים וטייס שהוגד באשתו.

קאלי מצויה בתרדמת אחרי שנפגעה משאיפת עשן במהלך חקירה הכוללת רופא מת, סוחרי סמים ושוק שחור להשתלות איברים.

רוצח סאדיסט שרצח אישה צעירה, מכה שנית, שנה לאחר המקרה גם הצוות מתחיל לחקור את המקרה והעקבות שהם מגלים מובילים ישר את השוטר עצמו שחוקר את המקרה.

הפעם, קאלי ואריק עוברים עם עד ראייה על עדותו ומתכוננים להעבירו לבית המשפט כאשר מנוף מתרסק לתוך הבניין שהם שוהים בו.

בעזרת וולף ובעזרת סוכן ביטחון המולדת, הורשיו מביים את המוות של עצמו כדי להגיע אל רון סריס, וכדי להוציא מהרחובות מכירת נשקים לא חוקית שמתחילה לשגשג במיאמי.

בחלק השני של הפרק הכפול, נאלץ הורשיו להתמודד עם סיפור כואב מעברו שהתרחש בברזיל שנתיים קודם לכן, בעוד שאר חברי הצוות עובדים נמרצות כדי לשחרר את קאליי מידי חוטפיה.

קאלי יוצאת ממסעדה ומסתבכת עם שני גברים במסחרית שחורה. היא יורה במכוניתם שמתנגשת בחנות ודורסת אישה למוות. סטטלר מנסה להוכיח שקאלי הייתה שתויה בעת התקרית.

פרנק דורך בטעות על מוקש בעת חקירת זירת פשע, בעוד הוראשיו וצוות המומחים מנסים לנטרל אותו.

במהלך חקירה בעקבות אדם המכין פצצות עבור טרוריסטים, הורשיו מגלה שאחיו בעצם חי, והם נאלצים לשתף פעולה כדי להציל את בנו שנחטף. עימות קטלני גורם לקאלי לשקול מחדש את המשך…