הצבים מגלים שהקראנג עומדים להתחיל בשלב הסופי של התוכנית שלהם ויוצאים לנסות לעצור אותם ולהציל את העולם.

קאריי תוקפת את אפריל, אך הצבים לא יכולים להגיע לעזרתה, והיא נאלצת להתמודד מולה לבד.

שעה שהם מנסים לסכל את מזימתם של קרנג לקדוח אל תוך ליבת כדור הארץ, המקק המרגל של דונטלו עובר מוטציה בטעות. כשהצבים מוצאים אותו, הם מגלים שהמקק-גל סימן את רפאל,…

מאסטר שרדר ממשיך בניסיונותיו לחסל את הצבים. אפריל נתקלת באויבת בלתי צפויה, גברת זקנה, וקוראת לצבים לעזרתה. לאונרדו נתקל באויבת/ידידה מן העבר.

צבי הנינג'ה נתקלים במוטציה חדשה שנלחמת בקראנג. מאוחר יותר הם מגלים כי למוטציה יש משהו ששייך לקראנג.

אפריל מותקפת על ידי מוטציה של יונה. צבי הנינג'ה נחלצים לעזרתה ומגלים שליונה היו מטרות אחרות.

דונטלו בונה רובוט שילחם במקומו. הוא שולח את הרובוט להלחם עם שאר הצבים כשהוא נשאר בבית ושולט בו משם. העניינים מסתבכים כשקראנג משתלט על הרובוט ודונטלו נאלץ לצאת לעזרתם.

מיכלאנג'לו רוצה שיהיה לו חבר אנושי. הוא מחליט להתחבר עם קריס בראדפורד, אך מתברר שהוא נשלח על ידי שרדר ורק מעמיד פני חבר כדי להגיע לספלינטר.

מורטי מתאהב בגיבורת-על אקולוגית וסאמר נאלצת להצטרף לריק במסע מופרע ואפוקליפטי בין כוכבים.

ריק ובת' מבקרים בעולם שנקרא 'פרופילנד' כדי לפתור בעיות מילדותה של בת'. מורטי וסאמר חוששים קצת מהחברה החדשה של ג'רי.

ריק וג'רי יוצאים לאתר נופש שבו המוות הוא לא אופציה, אבל נתקלים שם ביצור שרוצה בכל זאת להרוג את ריק. סאמר מנסה להגדיל את השדיים, אבל הניסוי לא עולה יפה.

סאמר ומורטי יוצאים למסע בין-ממדי בחיפוש אחר ריק, אך מוצאים חבורה של "ריקים". ריק משתוקק לרוטב ספציפי מאוד למק נאגטס.

ג'רי מובהל לבית חולים חייזרי כשהוא אוכל גלידה ששימשה את ריק כדי לפתוח בקטריה מסוכנת. ריק מחבל בתיבת הכבלים של בית החולים.

המשפחה נלחמת בטפיל ששותל זיכרונות מזויפים במוחותיהם וגורם להם לתהות אם מר קקי-חורתחת הוא אמיתי.