קריפקי משפיל את שלדון בזמן ריאיון ברדיו ושלדון מחליט לנקום. ברנדט דורשת מהאוורד להגדיר את יחסיהם והוא נלחץ.

שלדון מגיב קשה לריב בין לנארד ופני שמחזיר אותו לילדותו.

לנארד, האוורד וראג' יוצאים למדבר לראות מטר מטאורים ואוכלים עוגיות חשיש. פני מחליקה ופורקת את הכתף ונאלצת להיעזר בשלדון.

לנארד מנסה להשתלב עם חבריה של פני ושלדון מלמד אותו על פוטבול. ראג' כועס על האוורד שכרגיל, נוטש אותו בשביל אישה.

שלדון מצפה להתמודד עם השחקן ויל ויטון מ-"מסע בין כוכבים" במשחק פנטזיה כדי לנקום בו על אירוע מהעבר. וולוויץ מכריח את פני לשדך לו חברה שלה.

ראג' מאבד את עבודתו, ומתחיל לעבוד עם שלדון הבלתי נסבל. הווארד נדבק לפני ולאונרד שרוצים קצת זמן לבד.

הווארד לוקח את ראג' להשיג בחורות במועדון גותי. שלדון משתמש בשוקולד לניסוי בעיצוב התנהגות שהוא עושה על פני.

החבורה חוזרת מהקוטב הצפוני, ופני נרגשת לקבל את לאונרד. לאחר שהחבורה הסתירה משלדון את תוצאותיו האמיתיות של המחקר, הוא נעלב ונוסע לבית אימו.

פני ולנארד מרגישים מוזר בלילה שאחרי ומכל האנשים פני בוחרת דווקא להתייעץ עם שלדון. שלדון והווארד מתערבים על אוסף הקומיקס שלהם.

פרק סיום העונה. הרביעייה יוצאת במשלחת לקוטב, ולנארד מתלבט אם לעזוב את פני ולנסוע.

האוורד מגלה שעשה טעות בבניית השירותים לתחנת החלל הבינלאומית. פני יוצאת עם סטיוארט ולנארד מקנא.

לנארד, וולוויץ וראג' נוסעים לווגאס, כדי לעודד את וולויץ לאחר שלזלי זרקה אותו. שלדון מבלה את הלילה אצל פני.

לנארד והאוורד יוצאים לבר כדי להתחיל עם נשים, אך נכשלים כישלון חרוץ. שלדון מתווכח עם הבחור שאיתו יצאה פני, והורס להם את הערב.

כשבחורה חדשה ונצלנית מגיעה לבניין, פני מרגישה שהבחורים שכחו מקיומה.

פני יורה כדור צבע על כרית הספה שעליה יושב שלדון. האוורד ולזלי מתחילים לשכב ביחד.

שלדון מכריח את כולם לנסוע לכינוס בסן פרנסיסקו ברכבת, אבל נזכר ששכח עבודת מחקר חשובה בבית. סאמר גלאו נמצאת ברכבת, וראג' וולוויץ מנסים להתחיל איתה.

אמו של לנארד מגיעה לביקור, ומתגלה כאישה קרה, אנליטית ורובוטית, כמו שלדון, שמוצא עמה שפה משותפת.

שלדון מנסה להתיידד עם עמית אנטיפתי, כדי שיוכלל השתמש במחשב שפיתח.

לאחר שפני נקלעת לקשיים כלכליים ואינה מסוגלת לשלם את שכר הדירה שלה, שלדון מחליט להרתם לעזרה ולהלוות לה כסף, מה שמוביל להתעמתות של לאונרד על האקס שלה, קורט.

פני משפילה את האוורד, שלא מצליח להתאושש מהמהלומה לאגו. לנארד, שלדון וקותרפאלי מפסידים בקרב רובוטים לקרפקי.

שלדון מחפש מתנת חג לפני. לנארד מקנא לפני שיוצאת עם עמיתו המוצלח והנאה מהאוניברסיטה.

שלדון ההיפוכונדר שקוע במחלותיו הדמיוניות. לנארד מנסה לומר לסטפאני שהוא רוצה להאט את קצב יחסיהם.

שלדון מנסה לעזור ללנארד לשמור על מערכת היחסים שלו עם ד"ר סטפני ברנט.

שלדון ופני נקלעים לקרב לחיים ולמוות אחרי שפני נגעה לשלדון באוכל, שלדון מגרש אותה מהדירה היא מחליטה לנקום.

שלדון ולנארד רבים בגלל שלנארד יוצא עם אישה שהאוורד מעוניין בה.

שלדון וחבריו נדהמים לגלות שלשלדון יש מעריצה בדמות סטודנטית לפיזיקה, שמשרתת אותו ומסייעת לו לפתור בעיות מורכבות בפיזיקה.

החבורה כולה מנסה לשכנע את שלדון ללמוד לנהוג, אך הוא לא מסוגל לשלוט במטלה ומחליט לעבור לגור במשרדו באוניברסיטה.

ראג' חווה תהילת בזק כשהוא מופיע במגזין "פיפל". לנארד חושב שפני וראג' הפכו לזוג. בתפקיד אורח: צ'ארלי שין, כוכב "שני גברים וחצי".

פני מתמכרת למשחקים מקוונים ומתחילה לאבד עניין במציאות.

לאונרד ופני נפרדים. לאונרד מתחיל לצאת שוב עם לזלי וינקל, ושלדון מתרעם על החלטתו.

לאונרד יוצא עם פני, שנלחצת מהבדלי ההשכלה ביניהם ומשקרת בנושא. לאונרד מוטרד מכך שפני מתחמקת ממנו, ושלדון, שמגלה את הסיבות להתנהגותה של פני, לא מסוגל לשמור את הסוד לעצמו.

פרק סיום העונה. פני זורקת את החבר שלה בזעם ולאונרד מנצל את ההזדמנות כדי להתקרב אליה. שלדון, ללא כל כוונה, עוזר לשניהם לממש את הפגישה.

כשפני והחברה גילו שללאונרד אף פעם לא הייתה מסיבת יום הולדת, הם מחליטים לנסות לארגן לו אחת, ומארגנים לו מסיבת הפתעה.

האחות התאומה והסקסית של שלדון מגיע לעיר היישר מטקסס, וכל החברים של שלדון מתווכחים ביניהם מי יזכה להיות איתה.

פני מתרגזת על לאונרד בגלל "מכונת הזמן" החדשה של החבר'ה אשר גורמת לה לפספס את עבודתה. לאונרד כל כך הרוס שהוא נשבע להיפטר מכל הזיכרונות ה-"חנוניים" שלו.

שלדון מגלה שילד בן 15 אשר יותר חכם ממנו מצטרף למעבדה. שלדון, לאונרד ושאר החברה באים עם תוכנית כיצד להיפטר מן הילד בן ה-15.

מתקיימת תחרות מדע בקבוצות של 4 ושלדון לא רוצה להיות עם החבורה, אז הוא מקים קבוצה משלו…

שלדון חולה, אך לאונרד והחברים במקום לעזור לו הולכים למרתון סרטים. זה משאיר את פני כאדם היחיד שיכול לעזור עכשיו לשלדון.

שלדון מוזמן להרצות על מחקר שעשה אך לא רוצה ללכת. לאונרד ירצה במקומו, דבר שלא שימח את שלדון…

הבחורים מוזמנים למסיבת התחפושות של ליל כל הקדושים אצל פני. במהלך המסיבה, ללאונרד היה דיבור עם החבר לשעבר של פני.