בקסטר סטוקמן יוצר עוד שני מוטנטים חרקים. הוא משתמש בהם כדי לגנוב כסף בשביל שרדר. רפאל נאלץ להתמודד שוב עם הפוביה שלו מחרקים.

הטרייסראטונים עומדים לחסל את כדור הארץ שוב. הצב?ים מתחילים לחשוד בפוג'יטויד, שמוריד אותם בכדור הארץ.

תוקפים את הספינה של הצבים ופוג'יטויד נפגע. דונטלו מנסה לתקן אותו.

סאל ומונה ליסה מנסים לגייס את עזרתם של הקראנג כדי להילחם בטרייסראטונים, אך נתפסים ברגע שהם חושפים את ידידותם עם הצבים.

החיפוש אחר הטרייסראטונים והחלק הראשון של מחולל החור השחור מוביל את החבורה לכוכב שפולט כוח של רשע.

הצבים פוגשים את הסלמנדריאנים, שתחילה תוקפים אותם, אך לבסוף הופכים לשותפים.

הצבים מוצאים יצור שנראה כמו דינוזאור ורוצה לחסל את הקראנג. רפאל גורם לו לציית לפקודותיו והם יוצאים יחד להילחם בקראנג.

מיכלאנג'לו שופך על דונטלו בטעות חומר שגורם לו לאבד את החוכמה שלו. השרץ ונחשצמח חוזרים, והצבים נאלצים להילחם בהם שוב.

הצבים פוגשים את רנט שבאה מהעתיד. היא נרדפת ורוצה שהצבים יעזרו לה, כיוון שבעתיד שהגיעה ממנו הם גיבורים מפורסמים.

סלאש ורוקוול נלכדים ונתונים לשליטתו של שרדר. רפאל נחטף גם הוא והצבים, ראש תנין ופיט יוצאים להציל את חבריהם.

הצבים נכנסים לממד איקס כדי להציל את תושבי ניו-יורק. בינתיים המוטנטים האמיצים נשארים מאחור כדי לעזור לצבים לחזור הביתה.

הצבים פוגשים שוב את סלאש, שמנהיג צוות משלו ללחימה בקראנג. קורצמן רוצה ששני הצוותים יעבדו יחד אך הם מתקשים לקבל זה את זה.

הצבים מחפשים את קאראי ונקלעים לקרב עם סטראנקו ועם זק שרוצים להשתמש בהם למטרת עסקה עם שרדר.

דונטלו בודק המצאה חדשה על אפריל והיא גורמת לה לראות דרך העיניים של מוטנט חדש, "כימרה".

הצבים מתנהגים לא יפה אל מיכאלאנג'לו אחרי ששוב עשה בלגן בבית והוא מחליט לעזוב. הוא מתחבר עם מוטנט צפרדע שלוקח אותו לחבריו.

הצבים נתקלים בביגפוט פצוע ולוקחים אותו הביתה. אחרי טיפול בפצעיו הם מגלים שביגפוט היא בעצם נקבה והיא "מתאהבת" בדוני.

פלישת הקראנג החלה. לאונרדו נפצע קשה בקרב מול שרדר. שאר הצבים, עם אפריל ועם קייסי, מנסים להתמודד עם המצב.

רובוטי הרגל רודפים אחרי אפריל ואירמה. כדי להגן על אירמה, אפריל לוקחת אותה אל המאורה של הצבים ומופתעת לגלות את זהותה האמתית.

הקראנג מתכננים להחליף את התודעה שלהם עם בני אדם. במהלך קרב של הצבים נגדם רפאל מחליף את התודעה שלו עם קראנג.

טופר נמר חוזר ושרדר שולח אותו עם קאראי לחסל את הצבים. קאראי מעמידה פנים שהיא מאמינה שספלינטר הוא אבא שלה והצבים לוקחים אותה למאורה.

הצבים מוצאים משחק תפקידים בסיגנון "מבוכים ודרקונים" ומחליטים לשחק את המשחק בגירסא המציאותית שלו, אך מגלים במהרה שההחלטה לשחק במשחק התפקידים אינה רק שלהם…

הצבים מצליחים לברוח אך ספלינטר נלקח אל מאורתו של שרדר והחבורה צריכה להציל אותו ובו בזמן לגלות איך להביס את תולעי הענק.

רעידות אדמה מתרחשות בכל רחבי ניו-יורק וגורמות להרס ובהלה. לאונרדו שוקל לפנות לספלינטר לעזרה כדי להביס את נשקו החדש של שרדר.

אפריל מרגישה שהיא כבר לא בעניינים ומתעקשת להצטרף לצבים במשימה חשובה שבה סוד גדול מעברה נחשף.

הקרנגים וקראיי ממשיכים במרדף אחר אפריל ונעזרים בסוג חדש של רובוט למשימה. אפריל נאלצת להתגבר על משקעיה עם הצבים ולחבור אליהם לקרב מול הרובוטים.

שרדר יוצא ליפן כדי לטפל בעניין בהול, ומשאיר את קאראיי אחראית על הרגל. היא לוכדת את ליאונרדו וכופה עליו להילחם ברגל בוטים, גרסאות רובוטיות של נינג'ות הרגל, בניסיון למשוך את…

אפריל מקבלת מסר סודי מאביה. דוני, שמנסה למצוא חן בעיני אפריל, מפענח את ההודעה ויוצא למשימת יחיד להציל אותו.

הצבים בודקים מה זוממים הקראנג ונתקלים בביצה של יצור מוטנטי שמסבך אותם.

כשמזימת הפלישה של קראנג מאיימת להשמיד את הצבים ולהעמיד את העולם כולו בסכנה, קאריי מציעה לצבים לכרות איתה ברית. לאחר שמסרבים לעצתה של קאריי, הצבים מחליטים בסופו של דבר שזה…

בזמן שהם פורצים לסביבה העוינת של מטה טי-סי-אר-איי לאחר שראש-עור מסר להם את מיקומו, הצבים מגלים את כוונתם האמתית של קראנג: לפתוח את השער לממד איקס ולפתוח בפלישה המונית.

צבי הנינג'ה נתקלים באויב חדש, מוטציית צמח. רפאל קורא תיגר על מנהיגותו של לאונרדו. לאונרדו מכיר בחורה חדשה.

כנופיית הדרקונים הסגולים גונבת לאפריל את הטלפון. הצבים שיוצאים למשימה כדי להשיבו נתקלים באויב בלתי צפוי.

אפריל לוקחת את הצבים למסעדת הנודלס של מוראקאמי. הצבים מצילים את מוראקאמי מבריונים שתוקפים אותו ואחר כך נאלצים להתמודד גם מול בראדפורד וזבר.

ספלינטר מעניש את הצבים על שגלשו במאורה. הם יוצאים החוצה אף שהם בעונש ונתקלים באדם מוזר בעל שריון, שמתחזק לאחר שהוא משיג את ה"טי-פוד", נגן המוזיקה שדונטלו הכין משבב מיוחד…

ספלינטר מספר שוב לצבים איך הם הפכו למשפחה לפני חמש עשרה שנים. הוא מסכים לתת לצבים לעלות למעלה בפעם הראשונה.