מאלדר וסקאלי משתתפים במרדף משטרתי אחר רוברט פאטריק מודל – רוצח סדרתי מסוכן, שניחן ביכולת על טבעית מבעיתה: לשלוט במעשיהם של בני אדם כרצונו.

צוות מחקר צרפתי מוצא צוללת מימי מלחמת העולם השנייה, וכשצוללן נשלח לבדוק במה מדובר, הוא "נדבק" בחומר שחור. הצוות כולו נהרג כתוצאה מחשיפה לחומר החוצני, לאחר מכן, החוצן עובר מגוף…

היערכות נדירה של כוכבי הלכת נותנת לשתי נערות כוחות טלקינטים מסוכנים.

כאשר מולדר נלכד על גבי רכבת ממולכדת במתקן נפץ, סקאלי מחפשת אחר האמת מאחורי מעורבות הממשלה בניסויים סודיים.

מולדר וסקאלי חוקרים כשקטוע ארבעת גפיו הופך לחשוד העיקרי בסדרה של מקרי מוות משונים.

בזמן שסקאלי חוקרת את התפשטותה של מחלה מדבקת וקטלנית בבית כלא, מנסה מולדר לאתר שני פושעים שברחו ונדבקו במחלה.

נולן משובץ עם בלש חדש כדי להכיר לו את התחנה, ויחד הם חוקרים מקרה רצח. תוך כדי החקירה נולן פוגש אהובה מהעבר.

בפרק האחרון לסדרה, קאסל ובקט מקבלים מידע מנחה ומוכנים להתעמת עם לוקסאט. אבל מפנה בלתי צפוי מעמיד את הכול בסכנה.