רפאל ודונטלו מוצאים את מיכאלאנג'לו ונדהמים לגלות שהוא עדיין בחיים. האיחוד המרגש נקטע במהרה על ידי ורמינייטור רקס והכנופיה שלו.

הצבים מוצאים את עצמם בממד אחר בתקופה הפיאודלית, בעולם שיש בו חיות אנתרופומורפיות במקום בני אדם.

הצבים והמקבילים שלהם מממד אחר מתמודדים עם ביבופ ועם רוקסטדי שעובדים בשביל קראנג ושרדר מהממד האחר.

הצבים פוגשים שוב את המקבילים שלהם מממד אחד. יחד איתם מגיעים גם המקבילים של שרדר וקראנג, ששוכרים את שירותיהם של ביבופ ורוקסטדי.

הצבים ממשיכים לעבוד עם האוטרום, עם המפקד סאל ועם מונה ליסה, והם נאלצים להתמודד גם עם לורד דרג והחרקים שלו.

רנט והצבים ממשיכים לנסוע בזמן כדי למנוע מסאבאנטי מלגייס את צבא המפלצות שלו. הפעם הם מגיעים לטירה של פרנקנשטיין.

אפריל, קייסי וכל אנשי העיר הופכים לערפדים. רנט מופיעה ומסבירה לצבים את המצב. היא לוקחת אותם לעוד הרפתקה של מסע בזמן.

ספלינטר מספר לצבים הצעירים איך הוא פגש אותם בראשונה ואיך הם החלו לחיות יחד כמשפחה.

קאבאקסאס מחזיר את שרדר לחיים. פני דג מספר לצבים איך נוצרו "יצורי שרדר" שבהם נתקלו. הצבים מנסים לעצור את קאבאקסאס.

הצבים נתקלים באנשי כת מוזרים. כשהם הולכים בעקבותיהם, הם מגלים שציפורני נמר הוא המנהיג שלהם.

לאחר שספלינטר נהרג על ידי שרדר, הצבים יוצאים להתעמת עם שרדר פעם נוספת ולהביס אותו אחת ולתמיד.

ספלינטר הוזה שהוא פוגש את מלך העכברושים. בינתיים, הצבים יוצאים לחפש אותו ומתמודדים מול שרדר והעוזרים שלו.

רפאל כועס על האחרים ומחליט לפרוש מהצוות. בינתיים, צוות ה-"מוטנטים המופלאים" מתמודד עם חבורת פושעים עם כלי נשק לחיסול מוטנטים.

מתברר שקאראי כבר לא נשלטת על ידי תולעת המוח. היא פועלת על דעת עצמה ומתכוונת לשקם את שבט הרגל ו?להחזיר לו את הכבוד שלו.

מונה ליסה מבקשת עזרה מהצבים, אך מתברר שהיא בגדה בהם ושיתפה פעולה עם דרג כדי להגן על הכוכב שלה.

הצבים יוצאים להשיג את החלק השני של מחולל החור השחור. הם נאלצים להתמודד שוב עם אויבים מוכרים.

ניוטרינוים נכנסים לתודעה של מיכלאנג'לו. שאר הצבים צריכים להיכנס לשם גם הם כדי להציל אותו לפני שיהיה מאוחר מדי.

החבורה מוצאת היפר-קובייה מסתורית. קייסי פותח אותה ומשחרר את הווירם, והוא מציע להגשים להם שלוש משאלות.

מיכלאנג'לו נחטף על ידי הטרייסראטונים, ושאר הצבים יוצאים להציל אותו. ספלינטר ואפריל פונים לשרדר כדי לקבל עזרה בהצלת כדור הארץ.

הצבים פוגשים קראנג שונה שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

קאראי מהתלת בצבים ומכניסה אותם למלכודת. היא מאלצת את ספלינטר להילחם בה.

הצבים מגיעים ליפן בעבר וחווים את הרגע המכריע בעברם של ספלינטר ושל שרדר.

מיכלאנג'לו וקייסי משתעממים ויוצאים לבלות יחד. הם פוגשים מוטנט חדש שמוביל אותם למלכודת של פני דג.

קייסי נכשל בניסיון לעצור את הדרקונים הסגולים. אחרי שהצבים צוחקים לו, הוא מנסה לתקוף את שרדר לבדו כדי להוכיח את עצמו.

הצבים נכנסים לממד איקס כדי להציל את תושבי ניו-יורק. בינתיים המוטנטים האמיצים נשארים מאחור כדי לעזור לצבים לחזור הביתה.

הצבים פוגשים שוב את סלאש, שמנהיג צוות משלו ללחימה בקראנג. קורצמן רוצה ששני הצוותים יעבדו יחד אך הם מתקשים לקבל זה את זה.

אפריל וקייסי נשארים להתאמן לבדם בבית החווה בעוד שהצבים יוצאים לאימונים ביער כדי להתחבר לטבע.

הצבים לכודים בתוך חלום ולא יכולים להתעורר. אפריל וקייסי חושדים שהסיבה קשורה למוכר בעל ספר מסתורי ומנסים למצוא פתרון.

הצבים, אפריל וקייסי מתגוררים בחווה מאז עזבו את ניו יורק ומצפים להחלמתו של לאונרדו. בינתיים, מפלצת משתלטת על רפאל.

הצבים מקבלים הודעה מראש תנין, שמזהיר אותם מפני פעולת הקראנג. הם נכנסים לתוך ממד איקס כדי להציל אותו.

הצבים משחררים את קאראי. היא יוצאת לתקוף את שרדר לבדה והוא תופס אותה ומנסה להשתמש בה כפיתיון לצבים.

הצבים מזמינים פיצה ומייקי יוצא לקבל אותה מהשליח. הוא נדהם כשהפיצה מדברת אליו ומבקשת ממנו לאכול אותה.

שרדר אינו מרוצה מהמוטנטים שבקסטר סטוקמן יוצר עבורו, ומעניש אותו בהפיכתו למוטנט בעצמו. בינתיים, דונטלו מפתח נוגדן מיוחד שמבטל את השפעת המוטגן והופך מוטנטים בחזרה לבני אדם.

מלך העכברושים חוזר ועל ספלינטר להתגבר על פחדיו ולא לאפשר לו לשלוט בו על מנת לגבור עליו. מיכאלנג'לו מאמץ חתתלתולת רחוב.

מוטאנט של פטרייה מתפשט ברחבי הביבים וגורם לאפריל ולצבים לחוות את הפחדים הגדולים ביותר שלהם. לאונרדו נאלץ להתמודד עם הפחד שלו.

צב המחמד של רפאל ספייק שותה מוטגן והופך למוטנט צב ענק שמכנה עצמו "סלאש". סלאש מציע לרפאל לחבור אליו ולהקים צוות נינג'ות ורפאל מסכים בשמחה מבלי לדעת מהן כוונותיו האמתיות.

דונטלו הופך קנאי מאוד בתלמיד שאפריל חונכת במתמטיקה בשם קייסי ג'ונס ופורק את יגונו לפני טימותי. המשמידן המוטנטי מושפע מכך ולאחר מכן מתחיל לשתות מהמוטגן הניסיוני, מה שמאפשר לו להצמיח…

הצבים נחים על זרי הדפנה לאחר שהביסו את אויביהם המושבעים הקראנג ושרדר. במהרה הם מגלים שאויביהם לא נעלמו מן האופק ושהמסיבה נגמרה.

הצבים מגלים שהקראנג עומדים להתחיל בשלב הסופי של התוכנית שלהם ויוצאים לנסות לעצור אותם ולהציל את העולם.

קאריי תוקפת את אפריל, אך הצבים לא יכולים להגיע לעזרתה, והיא נאלצת להתמודד מולה לבד.