ראש ארגון אס קומפני חוטף את משפחתו של איתן ודורש בתמורה רשימה של סוכני סי-איי-איי סמויים שהוחדרו לארגונו. איתן פונה למאטי לעזרה. ריילי טסה עם בילי למשימה בפריז.

הפניקס חייבים להחזיר גופת טייס שהתרסק עם המטוס בעת ניסוי מערכת מיפוי בלייזר אשר תוכננה על ידי מקגיוור. כמו כן, ריילי מנסה לזהות האקר מתוחכם במיוחד.

קסיאן, בנו של מרדוק, נחטף, ומרדוק חוטף את נאשה כדי לאלץ את מק לעזור לו לחלץ את בנו מחוטפיו. אז בזמן שמרדוק ומק מחפשים את קסיאן בקולומביה, צוות פניקס מחפש…

שלושה חודשים אחרי שעזב, מק' מניח את המחלוקות עם אביו בצד, וחוזר ליחידה כאשר הוא שומע שג'ק הוא היעד החדש של דיקטטור רצחני.

בפרק האחרון לעונה, למק נמאס מהשקרים של מאטי והוא מחליט להתפטר מפניקס. מאטי אומרת לו שהוא צריך להגיש את בקשתו למבקר, והוא נדהם לגלות מי זה.

הנרי פלטשר בוגד במרדוק ומסגיר אותו לידי מק וג'ק, אבל כשהם מסיעים אותו חזרה לכלא, מתברר שמישהו מנסה לחסל אותו, והם נאלצים להגן עליו.

הצוות נשלח לניגריה לכבות דליקה בבאר נפט, שארגון מורדים מקומי פוצץ בכדי למוטט את הממשל ולפתוח במלחמת אזרחים. כשהם מגיעים לאזור מתברר שהמידע שהם קיבלו לא מדויק, ועליהם לאלתר פתרון…

עונה שנייה לדרמת המתח וההרפתקאות, הרימייק המצליח לסדרה הקלאסית הוותיקה. אנגוס "מק" מק'גייוור מקים ארגון חשאי יחד עם ממשלת ארה"ב, שבו הוא נלחם בטרור ומציל חיי אדם בעזרת כשרונו המיוחד…

מרדוק ממשיך בתוכנית שלו להרוג את כל סוכני קרן פניקס, ומחליט לפעול דווקא ביום היחיד שג'ק לא מוכן לעבוד היות והוא מאמין שהיום הזה מביא מזל רע.

בת הסנדקות של מאטי נרצחת ע"י רוצח שפועל בדיוק בשיטות של רוצח הזודיאק משנות ה-60, שלא נלכד מעולם, ומבקשת מחברי הצוות לעזור לה להבין אם מדובר במקור או בחקיין, וללכוד…

לאחר פריצה למחשבי הסוכנות לבטחון לאומי, החשד נופל על ריילי שבדיוק נעלמה מהשטח. מק, ג'ק ובוזר נחושים למצוא אותה, לטהר את שמה ולנסות למנוע מלחמת עולם שלישית.

הצוות תופס את גבריאל ויינקרופט, אבל אנשיה של שיאומה דולקים בעקבותיהם והם נאלצים להימלט.

צעירה מוצאת את מותה בחדר מלון שבו לנו שלושה גברים במהלך חופשת האביב. ג'רי צופה באישה שמושכים אותה בכוח לרכב חונה ועוקב אחרי הרכב כדי למצוא את החוטף.