גיבס חייב לעבוד עם מזכיר הצי מאט קרייבן ועם ד"ר סמנתה ראיין (ג'יימי לי קרטיס בתפקיד אורח) כדי לגלות מי הדליף מידע מסווג.

מותו של קצין בצי מתברר כרצח כאשר מתגלים נתונים חדשים על המקרה.

גופתו של מלח נמצאת בים כשהיא עטופה בניילון, והסימנים כולם דומים לדפוס פעילותו של רוצח סדרתי מסויים.

חברי הצוות חוברים לקצינה של משמר החופים כדי לחקור את רציחתו של קצין חיל הים במהלך שיט המשולב בארוחת ערב.

כאשר הצוות מוצא את גופותיהם של חייל חיל הים ומודיע של האף-בי-איי, הם קוראים לסוכן פורנל לסייע בחקירה.

הפסקת חשמל מתחוללת בכל רחבי וושינגטון, ובמהלכה נרצח אחד מעובדי צוות הבידור של הצבא. הצוות יוצא לחקור את העניין.

הצוות חוקר את מותו של הבלוגר הפוליטי מאט ברנס, שנדחף מגשר באופן מסתורי.

כאשר מדען ממשלתי נעדר, אבבי נקראת בידי ראש הפרוייקט להמשיך את פעילותו, אך חברי הצוות חוששים שמצפה לה גורל דומה.

כאשר סוכן האן-סי-איי-אס ג'ק פטרסון נהרג בתאונת פגע וברח, אביי חשה אחראית על כך היות והיא היתה אמורה להיפגש איתו.

הצוות חוקר את מותו של קצין שנהרג בתאונת דרכים, אבל חברי הצוות חושדים שמשהו לא תקין במקרה הזה, כיוון שהקצין שנהרג היה מקושר למועדון קרב מסתורי.

בעודו מוצב על נושאת המטוסים "סי-הוק", טוני מגלה שאחד מקציני הצי התאבד על ידי קפיצה מהספינה, כשהוא מותיר אחריו את המדים שלו על הסיפון.

בפרק האחרון לעונה, הצוות ממשיך במירוץ נגד השעון בציד אחר הרוצח שרצח אחד משלהם.

הסוכנים מחפשים אחר רוצח שרצח אחד משלהם, ונמצאים כולם בסכנה גדולה.

דאקי בוחן גופת גבר, ומגלה שהאיש נרצח והיה קשור לפושע גאון.

בפתיחת העונה החמישית, צוות אן-סי-איי-אס נכנס לעימות מסוכן עם סוחר נשק, המסתיים בצורה הרסנית.

צלם עיוור מצלם בטעות רצח של קצין זוטר. עם ראיות מעטות, הוא מנסה לשחזר את זירת הרצח. בינתיים, גם גיבס וגם טוני חווים בעיות במערכות היחסים שלהם.

חייל מארינס שנחשב כמת, מתעורר על שולחן הניתוחים של דאקי. מבט אל עברו מגלה טיול סודי לבגדד על מטוס פרטי, וקשר לעברו של גיבס.

סוחר נשק עושה עסקה עם הסוכנים, ומסכים לתת להם את שמו של סוחר בכיר שבידיו המערכת הלוויינית המוצפנת של חיל הים. החקירה מצריכה אדם אנגלי כבן 60, ודאקי נשלח למשימה.

אדם נופל אל מותו ממרפסת מלון, במהלך מפגש של אנשים בעלי שם. מסתבר שהוא היה חייל מארינס עטור שבחים, שהפך להומלס לאחר ששוחרר מהצבא.

רצח קצין זוטר, שעבד תחת זהות בדויה, מוביל את הסוכנים למרגל רוסי. סוכנים מביטחון פנים משבשים את החקירה, כאשר מתברר שהסוכן עובד עבורם.

הצוות נוסע לכיוון פארק לאומי, לאחר שמלח נהרג שם בידי דוב. מסתבר שהייתה איתו אישה, שכנראה עדיין נמצאת בסיכון. בינתיים, אבי זועמת בגלל שגיבס שכח לקחת אותה לארוחת הערב המסורתית…

צוות הזיהוי הפלילי אוסף ראיות מזירת רצח, המצביעות על כך שטוני הוא החשוד המרכזי. היחידה מזדרזת לגלות מי הפליל אותו.

קצין בחיל הים נורה ונהרג על הכביש המהיר. הצוות מתפלא לגלות שאדם עם אותו השם, דרגה ועבודה – הינו בחיים.

פרק 23 ואחרון לעונה. חקירת מותם של שני קצינים בחיל הים מובילה למסקנה שהרציחות הן חלק מתכנית גדולה בהרבה – הכוללת התנקשות בחייו של גיבס.

ברמן שמתעורר במיטה עם אישה מתה טוען שהיא אינה האישה שחזר איתה הביתה בלילה שלפני כן, למרות שהיה שיכור באותו הזמן.

שלוש גופות מבותרות מתגלות במיכלים, ודאקי חושב שישנו קשר ביניהן לבין משפט רצח ישן שדורש את עדותו.

טוני מעמיד פני אסיר נמלט במבצע חשאי. הוא מחובר באזיקים לגנב, שעשוי להוביל אותו אל סחורות עיראקיות גנובות. במהלך המבצע, טוני נעלם מהרדאר של היחידה.

חייל מארינס מבוגר מודה שרצח את חברו 60 שנה לפני כן, אך גיבס מאמין כי יש פרטים נוספים העשוים לטהר את שמו.

בפרק הפותח את העונה השנייה, הצוות מנסה לעזור למפקד בחיל הים שעובד עבור הפנטגון, אשר בתו העיוורת ואשתו נלקחו בנות ערובה על-ידי אדם הדורש כופר של 2 מיליון דולר.

פרק 23 ואחרון לעונה. הטרוריסט מ-"בט נואר" חוזר עם תכנית לתקוף את הנשיא. גיבס והצוות עוקבים אחר רמזים כדי לחשוף את זהותו, ולמצוא את קייט הנעדרת.

גיבס מסכן את הקריירה שלו כאשר המפקד שלו לשעבר נאשם בגניבה במהלך משימה בעיראק.

סם ודין חייבים להבין איך להפסיק את שפיכות הדמים כשדונטלו גורם בצורה לא מכוונת להפרעה בסדר של הנביאים העתידיים. בינתיים, ניק נאלץ להתמודד עם עברו.

סם ודין מתחילים לחקור את יכולותיו של ג'ק כאשר ביקור בלתי צפוי מדונטלו גורם להם להבין שהוא יהיה זקוק להגנה.

לאחר האובדן הכבד שחוו האחים, דין מחליט לנקום במשפחת שטיין ויוצא בעקבותיו של אלדון ללא מעצורים ואילו סם מנסה להשלים עם החלטתו.