הצוות מסייע למשרד המשפטים בחקירה של הצתת בית מסתור של האף-בי-איי, שבו שוהה פעילה פוליטית המבקשת מקלט מדיני.

בפרק מרגש במיוחד ולאחר חודשים של תכנונים, משפחת אן-סי-איי-אס חוגגת את חתונתם של קנזי ודיקס.

שני מקרי רצח בתוך יומיים במרחק עצום זה מזה שבוצעו באותו נשק ובאותה שיטה, שולחים את הצוות למרדף אחרי רוצח מסתורי שמתגלה כהרבה יותר מסתם רוצח.

חברו ההאקר של אריק מותקף. הסוכנות בודקת את המקרה ומגלה שהצ'צ'נים גנבו את תוכנת אפס הימים שלו כדי להשתלט על מערכת ניווט לוויינים רוסית.

בפרק קרוסאובר מיוחד, כח משותף של אן-סי-איי לוס אנג'לס והוואי חמש-אפס יוצאים חזרה אל היבשת ועוקבים אחרי חשוד המאיים להפיץ וירוס קטלני.

נל הולכת לעבוד במסווה בכדי לעזור לצוות למצוא רוצח. עוזר המנהל החדש מפקפק ביכולות המנהיגות של הטי.

חייל מכה תייר למוות והצוות חוקר.

בפרק הפותח את העונה, ג'י, סם, קנזי ודיקס חוקרים את השכונה בעיירת חוף ברומניה בעוד שהאטי מדברת עם ראש משפחת פשע מקומית.

סם וקלן מגיעים לתימן כדי לצוד מנהיג טרור ולהציל את בנו החטוף של נסיך סעודי.

הצוות נמצא במירוץ אחר האקר שגנב מסמכים מהפנטגון והעלה אותם לבלוג. הם חייבים להגיע אליו לפני שיצליח לפענח את הקוד ולתת את המסמכים לאנשים הלא נכונים.

הצוות ממשיך לחפש את הספר השחור המכיל סודות בדרגה עליונה.

הצוות מגיע לחקור מקרה מוות של חייל בעל סיווג בטחוני גבוה שנמצא מת במגרש חנייה בבוורלי הילס כאשר אחת מידיו חסרה.

בפרק האחרון לעונה, אישה בעלת ידע רב על הון מזרח תיכוני עשויה להיות קשורה לעברו של קאלן.

במהלך תרגיל אימון עם מטוס חמוש ללא טייס, גורמים עוינים משתלטים על המטוס.

בפרק האחרון לעונה, בונז מסתבכת בחקירת גופה של אישה צעירה הנמצאת בעגלת קניות, משום שהעצמות מזוהות בטעות כעצמות אישה בת 80. אביה של בונז מופיע ובפיו מידע חדש על עברה.

הצוות חוקר את מקרה מותה של אישה אסיאתית, שגופתה נמצאה ללא עצמות. בונז מקבלת הצעה לא צפויה.

בונז חוקרת את מקרה מותו של סטודנט לקולנוע, שצילם סרט דוקו' על מכשפה ללא ראש. במהלך החקירה היא נקשרת לאחי הקורבן. בות' ובונז דנים בעירוב שנוצר בין החיים האישיים והמקצועיים.

בפתח העונה השנייה, בונז מתחילה לעבוד עם בוס חדש, מתמקדת ברכבת שירדה מהפסים בעקבות רכב, ומנסה להבין מדוע נמצאה ברכב גופתו של איש עסקים עשיר.

ברנן וזאק חוקרים התרסקות מטוס. באתר ההתרסקות נמצאים שברי עצמות שלא שייכים לנוסעים, אלא לאדם שנעדר מזה 5 שנים. ד"ר גודמן מורה לחוקרים לא לסטות מהחקירה, אבל ברנן חייבת לבדוק…

צ'אק מאתר את האישה שראה ליד הקבר של אביו. ג'ני מסכימה לעזור לדמיאן. נייט וסרינה מתחברים.

דן ואוליביה לוקחים על עצמם לכתוב ולככב במחזה בית הספר, שמבוסס על רעיון של בלייר, וונסה מביימת אותו. ליידי גאגא מופיעה.

הדוד ג'ק מחזיר את צ'אק מתאילנד, אבל צ'אק עדיין לא מאופס, ובלייר ממשיכה לנסות לעזור לו; סרינה חוזרת מבואנוס איירס ומספרת לדן שנפרדה מארון. כשהם חוזרים להיות יחד, רופוס מביע…

ונסה מנסה להציל בניין בעיר שעומד בפני הריסה, ומאלצת את בלייר לעזור לה; בלייר מציבה לצ'אק אתגר – לפתות ולהשפיל את ונסה כנקמה בדן שגנב ממנו את חברו הטוב נייט.

ג'ורג'ינה חושפת את הסיבה האמיתית לכך שסרינה עזבה את מנהטן לפנימייה, וסרינה חוזרת במהירות להרגלים הישנים שלה.

פריצה לבריכת ביה"ס מסתיימת כמעט בטביעה, שבעקבותיה מחליטה ההנהלה לסלק את האחראי לדבר. המתיחות בין דן לסרנה מחריפה לאחר שהחבורה מחליטה לשמור בסוד את זהותו של האשם.

סרנה ודן מגיעים להחלטה שהם רוצים להישאר ביחד, למרות הקשיים במערכת היחסים שלהם; ג'ני מגלה את הסוד שהוריה כה התאמצו להסתיר ממנה; בלייר שוב נפגעת ממעשיו של נייט.

אסיר משוחרר מוצא את מותו זמן קצר לאחר השחרור. הצוות יוצא לחקור את הרצח, ומגלה שאחד החשודים ברצח קשור לאחד מחברי הצוות.

תפנית בחקירת האיום על גיבס וזיווה לאחר פיגועים בוושינגטון. זיווה לא חושפת את כל מהלכיה ומעוררת חשדות בקרב הצוות.

פרק סיום העונה. בתו של פורנל מאושפזת בגלל מנת יתר והוא דורש מגיבס לעשות הכול לתפיסת סוחר הסמים. החקירה גורמת לגיבס להתמודד עם השדים שלו.

הצוות מנהל מצוד אחרי יורה אלמוני שביצע ירי המוני בבית חולים של חיל הים.

מקגי נאלץ לחזור לתיכון שלו לאחר שמתגלה שסיסמת המחשב שלו מנעוריו קשורה לרצח של עובד במחלקת ההגנה.

הצוות חוזר לעונה 16, כשואנס עדיין נעדר וגיבס ממונה לתפקיד המנהל בפועל בזמן שהצוות מחפש אחר ואנס.

סלואן תוקפת אדם במסעדה ללא סיבה נראית לעין וטוענת בפני ואנס שמדובר במנהיג הלוחמים שעינו אותה ואת חבריה כשנפלה בשבי באפגניסטן.

שעה שגיבס ומקגי בשבי במקום לא ידוע בפרגוואי, חברי הצוות שלהם עושים כל שביכולתם כדי לאתרם, אף על פי שנאסר עליהם מפורשות לעשות זאת ולמרות השימועים במשרד הביטחון שנמצאים כעת…

בסיום מותח לקראת סוף העונה, חלקי גופתו של חייל קומנדו מתגלים בפרגוואי. גיבס, מגי וטורס נוסעים לשם כדי לאתר את חבריו ולהבין מדוע הפרו פקודה ונסעו לשם.

חברי הצוות חוקרים איש עסקים שמשתמש במעשי טרור כדי לתמרן את הבורסה.

בישופ צריכה להתמודד עם תפקידה הקודם באן-אס-איי כששולחים אותה למחנה גיטמו לחקור את נסיבות מותו של כומר צבאי. בינתיים, האחים שלה באים לבקר ורוצים לדעת על חייה הפרטיים.

דינוזו פוגש את האקסית שלו, בדיוק כשמורדים בסודן תוקפים חבורה של רופאים מתנדבים, ובהם בעלה. דינוזו ומק'גי מגיעים לזירת הפשע לחקור מקרה כפול של רצח וחטיפה.