גיבס נאבק על חייו על סיפון ספינת חיל הים לאחר שנורה. במקביל, דינוזו וג'ואנה טיג טסים לשנגחאי.

במהלך חקירת רצח של רס"ר בדימוס מחיל הנחתים, גיבס והצוות מגלים שמותו קשור למוות של נחת אחר שנהרג במלחמת ווייטנאם וגופתו מעולם לא נמצאה.

גיבס ומקגי יוצאים להחזיר איש סוכנות ממוסקבה. העניינים מסתבכים כאשר המסוק שלהם מותקף ומתרסק ועליהם להגיע לגבול פינלנד כשבעקבותיהם טרוריסט מסתורי המבקש לחסל אותם.

בפרק סיום העונה, הצוות חוקר מקרה של שריפה על ספינת קרב ששימשה גם כמתקן חקירה סודי לטרוריסטים. בינתיים, גיבס חוזר לבית ילדותו בעקבות החדשות על מותו של אביו.

לאחר שגופתו של חבר הקונגרס דן מקליין, סוכן אן-איי-אס לשעבר, נמצאת לחוף הנהר בניו אורלינס, גיבס חובר לעמיתו לשעבר, הסוכן המיוחד דווין קסיוס פרייד, לחקירה משולבת.

בניסיון למצוא את הטרוריסט פרסה, גיבס והצוות מאתרים את אחד משותפיו באמצעות איות מפיגוע המל"ט. בינתיים, מקגי המזועזע מתקשה להסתגל להשלכות האירוע.

לאחר שגיבס עוזב במהלך חקירה כדי לעזור לאביו לחדש קשר עם טייס שהכיר במלחמה, טוני ומקגי נאבקים ביניהם על הובלת חקירת הרצח של סמל מחיל הנחתים.

בפרק הראשון לעונה, פיצוץ במהלך אירוע בוושינגטון הבירה גורם לפרסונס לשנות את זווית הראיה שלו בנוגע לצוות אן-סי-איי-אס. דינוזו ומקגי חוקרים את המקרה כאזרחים.

פרק סיום העונה. המפקח הכללי ממשיך לחקור את גיבס על כך שהוא עושה קיצורי דרך בדרכו לפתרון פשעים.הצוות חוקר את החוקר כדי לברר מדוע הוא מתעקש לתבוע את גיבס. נמצא…

הצוות חוקר את מותו של איש מארינס שנמצא עם פצעים מרובים בגופו מאירועי אלימות שונים. הצוות מגלה כי היה מעורב בקטטות קיצוניות עם חיילי מארינס אחרים.

בעלה של קצינת חיל הים נרצח. הצוות מוצא אותו מחובר לשטרות של 100 דולר, שנגנבו ממשרד האוצר והיו מיועדים להשמדה. אבא של טוני מגיע לביקור ומנסה ליצור חופשה משפחתית עבורו…

אנשי צוות של מסוק שהתרסק בים נסחפים אל החוף והטייס החסר נמצא מאוחר יותר במים, הרוג מפצע ירי. צוות אן-סי-איי-אס מנסה לפענח מה התרחש במסוק לפני ההתרסקות.

לאחר שהארפר דירינג מפוצץ את מכוניתו של ואנס והורס את מרבית בנין אן-סי-איי-אס, מגבירים הסוכנים את מאמציהם ללכוד אותו, ואף מקבלים אישור מן הנשיא להורגו במידת הצורך.

בפרק סיום העונה, חברי הצוות מאויימים על ידי ארגון טרור, בעוד חתונתו של ג'ימי פאלמר ממשיכה כרגיל.

גיבס נורה במהלך עצירה שגרתית במעדנייה, והדבר גורם לו לראות דברים מזווית קצת אחרת.

גיבס וזיוה נוסעים לאפגניסטן בחיפוש אחר גבריאלה פלורס, שם הם מגלים כי גבריאלה נמצאת בצרות.

בפתיחת העונה התשיעית, טוני נורה ולא זוכר דבר. הוא עובד עם גיבס וד"ר קרנסטון בנסיון לזהות את התוקף שלו.

בעודם רודפים אחרי הרוצח מנמל אל נמל, מגיע אל חברי הצוות מידע לפיו ייתכן והוא הסתנן אל שטחי הצי.

מספר שיניים עקורות וכמה אצבעות קטועות שנמצאות בתוך תיק, גורמות לצוות לפתוח בחקירה כשמתברר שהן שייכות לחייל מארינס.

הצוות חוקר את מותו של חוקר של חיל הים, שנפגע על ידי אוטובוס באמצע הרחוב.

נערה צעירה נחטפת מחטיבת הביניים בה היא לומדת בבסיס המארינס של קוואנטיקו וחברי הצוות פוצחים בחקירת המקרה.

דינוזיו מוצא עצמו מוקסם מאישה שמעולם לא פגש, בעודו חוקר את מות אחיה.

סודות מן העבר צצים כאשר החותנת לשעבר של גיגס מגיחה לפתע בתור עדה במשפט רצח.

בעודם מלווים עד מדינה בחזרה מפריז, המשימה של טוני וזיווה מסתבכת כשהם מגלים שכנראה שיש מתנקש איתם על הטיסה.

כאשר סירתו של גיבס מופיעה באופן מסתורי בסן דייגו עם שני אנשים עליה, הצוות יוצא לחקור את העניין.

הצוות חוקר מסיבת רווקים בה כל שלושת האורחים נרצחו והושארו במקומות ובמצבים מוזרים במיוחד.

לאחר שפריצה למשרדי חיל הנחתים מובילה למותו של סוכן רשויות ההגירה, גיבס וצוותו נאלצים לעבוד יחד עם אנשי משרד ההגירה בנסיון לפתור את המקרה.

בפרק מיוחד המצטלב עם סדרת הספין-אוף "אן-סי-איי-אס: לוס אנג'לס", שני הצוותים נפגשים בלוס אנג'לס במטרה לפענח רצח של חייל מארינס, כאשר הרוצחים שייכים, כנראה, לתא טרור רדום.

גיבס חוקר על עברו של ואנס לאחר שהוא מגלה כי המנהל לקח אנשים מחברי הצוות שלו כדי לחקור רצח של חבר ילדות.

טביעות האצבעות של קצין צצות לפתע בזירת פשע של התאבדות כפולה. הקצין החשוד טוען כי הוא חף מפשע ומספק אליבי משלו.

הצוות חוקר מקרה של קצין שנרצח ומגלה כי הוא מגיע במקור מעיירת הילדות של גיבס. כל תושבי העיירה מאמינים כי הקורבן כבר היה מת לפני כן.

גיבס והצוות החדש שלו חוקרים מקרה של קצין שנרצח, בעוד גיבס מגלה שזיוה נפצעה בפיצוץ שקשור למקרה החקירה. בנוסף הוא מגלה שליאון היה מעורב בחקירה שלה.

סוחר נשק נמצא מת, וה-אף-בי-איי חוקר את צוות האן-סי-איי-אס. ג'ני שפרד הופכת לחשודה העיקרית.

הצוות נמצא במעקב אחר מחסן, שציוד רדאר נעלם ממנו, ועד לרצח. בינתיים, לדאקי יש סוד שהוא לא מספר לסוכנים האחרים.

גיבס עוזר לחברה של בתו, שעדיין מתמודדת עם מותה מלפני 15 שנה. במהלך החקירה, גיבס נתקל בפרט מפתיע לגבי המוות שלה.

סם ודין מתרגשים לראות את אביהם, ג'ון, לאחר שהוא מוצא אותם במטרה לעבוד יחד כדי לתפוס את השד שהרג את אמם. בשביל זה עליהם להשיג אקדח מסויים שרק הוא יכול…