הטכנודרום עולה על פני השטח בהפתעה גמורה. הצבים בקושי מספיקים לברוח ממנו בטרם שרדר מתחיל לירות קרני לייזר לעברם.

כעת מכשהטכנודרום טעון במלואו, הוא מתחיל לנוע אל פני האדמה. קרנג שולח את חייליו למימד איקס כדי להשיב מכשיר המסוגל לכווץ כל דבר שיעמוד בדרכו.

בניסיון נואש אחרון להשיג אנרגיה להפעלת הטכנודרום, קרנג שולח את ביבופ ורוקסטדי למעבדת מדעים מתקדמת בפורט צ’רלס כדי לגנוב מודול אנרגיה חדשני.

קבוצת ארכיאולוגים נתקלת במקדש שמקורו אינו ידוע קבור בסמוך למאורת הצבים. לפני שהם מספיקים לחקור את האתר, בקסטר הזבוב מגיע בשביל אותה מטרה בדיוק ומבריח אותה.

הצבים מרגישים מתוסכלים מכיוון ששרדר חמק מבין אצבעותיהם פעם נוספת. הם חשים שעליהם לוותר ומייחלים שמעולם לא נולדו.

בעת חיפוש אחר מכשיר להפיכת נפט גולמי למימן נוזלי, קרנג מביא בטעות את מר אוג ממימד-זד לכדור-הארץ.

יצור חביב ורך למגע מעולם אחר מופיע על-פני כדור-הארץ ובכוחו להזיז חפצים בכוח המחשבה. מסתבר שמדובר בחיית מחמד שנמלטה מהניוטרינים.

שרדר מנסה להערים על הצבים לאכול עוגיות המכילות אנטי-מוטגן. מיכלאנג'לו, שרוצה להיות בן-אנוש, אוכל את אחת העוגיות והופך לנער מתבגר.

זאק ואחיו וולט מבקרים את הצבים. כשהם עוזבים, וולט לוקח מפה שעלולה להוביל את שרדר למאורה במידה והיא תיפול לידיים הלא נכונות.

הצבים, זאק וחברתו קייטלין מבקרים במוזיאון שבו מתכוון הקוסם בולדיני הגדול, לגרום לאבן אזמרגד יקרת ערך להיעלם.

ביבופ ורוקסטדי, בהוראת שרדר, חוטפים את אירמה. ברגע שאפריל מגלה שאירמה נחטפה, היא יוצרת קשר עם הצבים.

לדר-הד מגיע לעיר ניו-יורק כדי לחפש את הצבים. במהלך חיפושיו הוא מגיע אל הביבים ונתקל במלך העכברים שמאשים אותו בהסגת גבול.

בעוד הצבים סובלים מאבעבועות הצבים, מחלה שפוגעת רק בצבים מוטנטים, קרנג מפתח צב רובוטי שהוא מכנה "איש הפח".

במאמץ להיפטר מהצבים, שרדר בעזרת ביבופ ורוקסטדי חוטף את אובנטו, המטפל באגודת בעלי-החיים מהמזרח הרחוק וסוחט את אוסאגי יוג'ימבו להשמיד את הצבים.

דון ציביונה ואנשיו גונבים חלוקי קימונו בעיר, ביניהם הקימונו של ספלינטר. הצבים בעזרתה של אגתה מבלס דודתה של אפריל, יוצאים לעצור אותם ולהחזיר את הקימונו של ספלינטר.

בגלל תאונה בין השערים הבין מימדיים של שרדר והצבים ארנב סמוראי בשם אוסגי יוג'ימבו נקלע לעולמם של הצבים, שרדר משחרר את חיילי הרגל שלו כדי שישחררו דרקון שיהרוס את העיר.

היום יום הולדתו של מיכלאנג'לו ויתר הצבים מתכננים מסיבת הפתעה. אלא שמיכאלאנג'לו בטוח שאחיו שכחו את יום הולדתו ועוזב את המאורה.

החומצה של שרדר וקרנג מגיעה לביצה בפלורידה, שם היא הופכת תנין ללדר-הד: חצי-תנין חצי-אדם, לדר-הד שתופס את צפרדעי הפאנק ואלו קוראים לעזרת הצבים.

קרנג מחליט שהוא הובס בפעם האחרונה ע״י הצבים, ומחליט לקחת את ביבופ ורוקסטדי על-פני האדמה למרכז התרבות האסייתי שם נמצא הכד עם אפרו של מייסד כנופיית הרגל.

קרנג פונה לנינג'ה בשם לוטוס ועושה איתה עיסקה – חיסולו של ספלינטר והצבים תמורת זהב. היא מוצאת את מאורת הצבים וחוטפת את ספלינטר.

רוקסטדי וביבופ מפשלים שוב ולשרדר וקרנג נמאס. קראנג יוצר רובוטים בדמות של ביבופ ורוקסטדי שמכונים סופר-מוטציות כדי לחסל את הצבים.

מיכלאנג'לו מחליט למצוא עבודה לאחר שהוא צופה בפרסומת לפיצרייה חדשה בשם "פיצה משונה להחריד" ויוצא לעיר בתחפושת במסגרת עבודתו כשליח.

גל חטיפות מוזר מתרחש בעיר. כשחוטפים מישהו מעסקי הפיצה, הצבים יוצאים לבדוק את העניין ושלחים את קייסי לחקור בחברת אוקטופוס אינק.

תאונה בין שתי רכבות שנושאות כימיקלים גורמת לערבוב לא מבוקר של הנוזלים ויוצרת מפלצת-שור ענק. שרדר והצבים מנסים להשתלט על המפלצת.

גיבור חדש צץ בעיר, קייסי ג'ונס. הוא לוקח את החוק לידיים ונלחם בפשע בעיר. הצבים מחליטים לעצור בעדו כדי שלא יאשימו אותם בצרות שהוא גורם.

בקסטר חוזר כדי לנקום בצבים ומחליט לחטוף את אפריל. שרדד מצדו משכנע אותו שאם יעזור לו הוא יחזיר אותו לצורתו האנושית.

קרנג שם את עינו על צוללת גרעינית רבת-עוצמה, במחשבה שהדלק שלה יהיה חזק מספיק בשביל להניע את הטכנודרום.

לכדור הארץ מגיע יצור מהחלל החיצון. ליצור הזה יש מצלמה שמה שהיא מצלמת נכנס לתוכה מדווחים על כך בחדשות ושרדר וקראנג מחליטים לגנוב את המצלמה וללכוד בה את הצבים.

קרנג מגלה מקור אנרגיה בכור הפיצוח. שרדר שולח את רוקסטדי וביבופ בעקבותיו ומגיעים לחללית אנדריאנית ובה קרן מוזרה ששרדר רוצה.

שרדר וקרנג מתכננים להחליף את הנשיא ומיכלאנג'לו בהולוגרמות. במהלך הניסוי, שרדר נפגע מלייזר בראשו, מה שגורם לו לחשוב שהוא מיכלאנג'לו.