סקאלי מנסה להגן על נער שמותו יכול לגרום לבואו של ארמגדון (הקרב הגדול האחרון).

כאשר מולדר נלכד על גבי רכבת ממולכדת במתקן נפץ, סקאלי מחפשת אחר האמת מאחורי מעורבות הממשלה בניסויים סודיים.

אישה שחוותה קשר על טבעי עם נער מוחזקת שבוייה ע"י אדם משוגע.

סרט וידאו של "ניתוח שלאחר המוות של חייזר" ורצח של דיפלומט יפני מביאים את מולדר לחפש אחרי יצור משונה ברכבת.

מולדר וסקאלי חוקרים כשקטוע ארבעת גפיו הופך לחשוד העיקרי בסדרה של מקרי מוות משונים.

הסוכנים מחפשים אחר רוצח המשתמש באינטרנט כדי למשוך את קורבנותיו.

אויביו של אסיר שהוצא להורג בכסא החשמלי מתים בזה אחר זה.

מאלדר וסקאלי נקראים לעזרתה של תלמידה לשעבר של סקאלי, החוקרת את היעלמותם הבלתי מוסברת של מספר אנשים ומובילה אותם אל ד"ר צ'סטר ריי באנטון – מדען המפחד מצילו שלו.

בזמן שסקאלי חוקרת את התפשטותה של מחלה מדבקת וקטלנית בבית כלא, מנסה מולדר לאתר שני פושעים שברחו ונדבקו במחלה.

מאלדר וסקאלי חוקרים את מותו של פעוט בן שנתיים. ניתוח של תצלומי האירועים שקדמו למותו רומזים להתערבות אפשרית של ישות על טבעית וכי משפחת הילד אינה זרה לאירועים מסוג זה.

סקאלי ומאלדר חוקרים רצח של איש קרקס מוזר הידוע כ-"איש התנין" וחוקרים את כל עמיתיו המוזרים בקרקס.

מולדר וסקאלי מתמודדים עם מישהו או משהו שמבריח בעלי חיים מגני החיות. האם המשחררים הם חייזרים שפועלים לשחרורם של בעלי חיים?