ס"ג-1 מאתרים את הטוקרה, תנועת התנגדות של גאולד המתנגדים לאדוני המערכת ומנסים ליצור ברית. במקביל, הסרטן של ג'ייקוב קרטר, אביה של סם, מביא אותו לסף מוות.

טיאלק נעקץ ע"י חרק ענק וקטלני ומוחדר לגופו ארס רעיל, טיאלק שמתחיל טרנספורמציה נוראית שבסופה גופו ישרוץ חרקים נמצא במנוסה. כעת ס"ג-1 חייבים למצוא אותו לפני קולונל מייבורן.

ג'קסון מגלה שאשתו חזרה לאבידוס, אלא שכעת היא בחודש התשיעי להריונה מידיו של אפופיס. בעוד שעל כדה"א, אוניל חייב למנוע את חשיפתה של תוכנית הסטארגייט לעולם.

הצוות מגיע לכוכב שנשלט על-ידי מה שנראה כגאולד, אך טומן בחובו הרבה יותר מהנראה לעין. ג'קסון הופך מכור להשפעת סרקופג של הגאולד ונופל לרגליה של הנסיכה המניפולטיבית של הכוכב.

ס"ג-1 חוזרים לסימריה, הכוכב בו אוניל וטיאלק נלכדו במבוך תת-קרקעי, ומגלים כי הכוכב בסכנת פלישה מידייהם של הגאולד ללא ההגנה שהציבו האסגרד.

ס"ג-1 כלואים במציאות וירטואלית בעודם נאלצים לחיות מחדש את הרגעים הגרועים ביותר של חייהם שוב ושוב – דניאל חוזה במות הוריו, אוניל במות חברו לצוות וקרטר במות אימה, והכל בשם…

ס"ג-1 עומדים למשפט ומוגלים לעולם המשמש כבית-כלא. שם הם פוגשים באישה מבוגרת, שמשום מה מצליחה לשלוט בכל האיסרים ביד רמה ויחדיו הם זוממים לברוח דרך הסטארגייט.

קרטר נתונה לשליטתה של גאולד הטוענת שהיא אויב של אדוני המערכת, טוקרה בשם ג'ולינאר, הנמצאת במנוסה מפני מתנקש מיומן של הגאולד המבקש לשים קץ לחייה.

כשס"ג-1 לכודים על ספינתו של קלורל, נראה כי כדור-הארץ נידון לחורבן בזמן שספינות הפירמידה מתכוננות להשמיד את הכוכב.

ס"ג-1 נמלטים דרך הסטארגייט ומגלים כי חזון המציאות של דניאל החלופי היה נכון – אפופיס תוקף את כדור הארץ משמיים. על הצוות לעצור את אפופיס ואת בנו, קלורל, אשר שוכן…

חפץ זר מעביר את דניאל למציאות חלופית בה הוא אינו חלק מתוכנית הסטארגייט. במציאות זו הגאולד, בראשות אפופיס ותחת פיקודו של טיאלק, פולשים לכדור הארץ ומאיימים להחריבו.

הסנאטור קינסי מגיע למפקדת הסטארגייט כדי לחקור את התוכנית ולקבוע האם היא מצדיקה את התקציב האדיר שלה, מה שמביא את הצוות להיזכר במשימות בשנה האחרונה.

חברי ס"ג-1 מגיעים אל P3X-989 והם מאבדים את הכרתם זמן לא רב לאחר הגעתם. הם מתעוררים וחוזרים לכדור הארץ רק כדי לגלות שהם לא בדיוק עצמם.

קולונל אוניל וקפטן קרטר מופרדים מג'קסון וטיאלק במהלך מעבר בסטארגייט ונלכדים על עולם קרח שומם, בלי שום דרך לברוח. כעת עליהם לעשות הכל כדי לשרוד.

צוות ס"ג-1 מציל קבוצה של אנשים מתקדמים מכוכב שקרוב לחורבן. אותם אנשים, בני הטאלון, חייבים כעת למצוא בית חדש לפליטיהם לפני שהפנטגון יניח עליהם את ידיהם.

טיאלק חייב לעמוד לדין על פשע שבוצע בזמן ששימש כקצינו הראשי של אפופיס כאשר אדם על עולם זר מזהה אותו כג'אפה שהרג את אביו.

זהו היום הראשון של ליגת הפוקימונים ולחברים של אש יש עצות רבות להציע לו כשהם מגלים שהדו-קרב הראשון שלו יהיה בשדה המים.

ליגת הפוקימונים בעיצומה ואש מקיים דו-קרב בשדה האבן ופוגש בצוות רוקט כאשר חברי הצוות מקימים מרכז פוקימונים כדי לפתות מאמנים!

ליגת הפוקימונים צפויה להתחיל בהדלקת הלפיד המסורתית. לפיד מואר בלהבת אש מפוקימון מולטרס האגדי. כמובן שצוות רוקט מגיע ומנסה לגנוב את הלהבה!

הגיבורים מתקדמים לעבר טורניר ליגת הפוקימונים ברמת אינדיגו כאשר הם פוגשים במאמן נוסף. המאמן המסכן איבד את תגי המכון שלו, לכן לא יוכל להתמודד בטורניר… אלא אם ייקח את התגים…

בעוד אש וברוק מתאמנים הם מגלים מקדש חבוי המכיל מאובני פוקימונים. מיסטי נזכרת בעיר מסתורית בה היו נוהגים לבנות מקדשים לכבוד פוקימונים. הייתכן וגילו את שרידי העיר פוקימופוליס?

נותרו רק שלושה שבועות עד תחרות ליגת הפוקימונים, ואש, ברוק ומיסטי מתקדמים לעבר הר היידאוי כדי למצוא מאמן. הם מעוניינים לקבל הצעות לאימון פוקימונים.

במאי מפורסם מגיע לעיר, וכולם רוצים להפוך לכוכבי קולנוע! אך הבמאי רק רוצה ללהק פוקימונים, לכן אש, ברוק, מיסטי וצוות רוקט נאבקים כדי לוודא שהפוקימון שלהם הוא זה שיככב לצד…

החבורה הולכת לראות את הצגת הבכורה של הסרט "פוקימונים מאוהבים" ומיאו נזכר בעברו העגום. אנו מגלים את סיפורו של מיאו לפני שהצטרף לצוות רוקט, ואת הסוד של איך למד ללכת…

בעיר פאלט, אש וחבריו פוגשים את פלורינדה אשר עובדת בחממה מקומית. הגלום שלה לא מתפתח והיא חוששת שאינה מאמנת אותו כראוי. כשצוות רוקט תוקף, כולם מגלים עד כמה חזק פוקימון…

אש מצטרף לאמו לחופשה באיי המים הקוצפים. במהלך החופשה, אש מחפש את מתכנת הפוקידע בכדי ללמוד על התפתחותו המשונה של סלופוק. התעלומה נפתרת במפתיע הודות לתכסיסים של צוות רוקט!

אש כמעט טובע כאשר מנסה ללמוד לגלוש, ויקטור מצילו ומספר לו על גל ה-"הומנגדונגה" העצום שפוקד את האי פעם ב-20 שנה. האם אש ופיקאצ'ו יוכלו לסייע לוויקטור לצלוח את הגל…

בביקור בביתו של פרופסור אוק, אש נתקל בגארי יריבו והם במתח לקראת ליגת הפוקימונים הקרבה. פרופסור אוק מורה להם ללמוד אחד מהשני במקום להתחרות, ועבודת הצוות אכן משתלמת כאשר צוות…

הגיבורים שלנו מוצאים עצמם בצומת דרכים ומחליטים לתפס על הר תלול ומסוכן. פיקאצ'ו הולך לאבוד ועל החברים לעבוד יחדיו כדי למצוא אותו ובו בזמן להגן על עצמם מפני סופה אימתנית.

חג המולד מגיע וג'סי מספרת לשאר חברי הצוות, שכשהיא הייתה ילדה, היא גילתה שסנטה קלאוס הוא בעצם ג'ינקס. לאחר מכן, אש והחבורה מגיעים לחוף עזוב, שם הם פוגשים את ג'ינקס…

הגיבורים שלנו בדרכם לעיר ורידיאן, שם אש חולם להשיג את תג האדמה. הם מגיעים למכון בדיוק בזמן לראות את גארי, יריבו של אש, מובס על ידי פוקימון לא מוכר שגארי…

בדרכם לעיר פאלט, הגיבורים שלנו נתקלים במיסטר מיים שברח מבעליו. אש מתחפש למיסטר מיים נוסף כדי להתקרב, ואז צוות רוקט תוקף. האם הם יתפסו את המיסטר מיים האמיתי?

אש, ברוק ומיסטי מתעכבים מדרכם לעיר ורידיאן כאשר כל חפציהם נעלמים. בעודם מחפשים את החפצים החסרים, החברים מוצאים עצמם מעורבים בהרפתקה מפתיעה!

ההורסי של מיסטי זקוק לקצת אימון, לכן החבורה מחליטה לקחת אותו למכון של אחותה של מיסטי בעיר סרולין. שם, מיסטי מגלה שאחיותיה מתכננות מופע בלט תת-ימי מרהיב.

אש מוצא סוף-סוף את המכון, ממוקם מעל ברכת לבה עצומה! רק פוקימון אש חזק במיוחד יצליח לעזור לו בדו-קרב עבור תג הר הגעש, אז אש חייב לסמוך על צ'אריזארד השובב…

אש והחבורה ממהרים לתפוס את האנייה האחרונה מאי סינבר, אך תכניותיהם משתנות כאשר הם נתקלים בסקווירטל, וורטרטל ובלסטויז שזקוקים לעזרתם!

הגיבורים שלנו נוסעים לאי סינבר, שם אש מקווה לזכות בתג הר הגעש. איש זר מרמז להם איך להגיע למכון ואש ופיקאצ'ו נלחמים בדו-קרב לוהט נגד פוקימון שלא ראו מימיהם!

אש והחבורה מחליטים לבדוק מרכז גידול אותו ראו בפרסומת, אבל המרכז הזה הוא מסווה למזימה מרושעת של בוץ' וקאסידי מצוות רוקט, היריבים הוותיקים של ג'סי ושל ג'יימס.

בעצירה לארוחת צהריים, אש וחבריו פוגשים את טוד סנאפ, צלם פוקימונים שמנסה להשיג צילום מוצלח של פיקאצ'ו.

כשאש מבין שחלף זמן מה מאז זכה בתגי מכון, הוא נרשם לבחינה של ליגת הפוקימונים, הזדמנות מצוינת להוכיח שהוא מסוגל להפוך לאלוף הפוקימונים.