ס"ג-1 מוצאים כוכב לכת המאוכלס על ידי מה שנראה כמו צאצאי האינדיאנים של כדה"א, כשהם מוגנים על ידי רוחות שמתגלות כמשני-צורה חוצניים מתקדמים וברשותם מחצבים גדולים של נקוואדה.
ס"ג-1 מואשמים בגניבת מכשיר לשליטה על מזג האוויר, דבר המוביל את כוכב הלכת הפרימיטיבי לכאוס. במהלך החקירה, הצוות מגלה כי נעשה שימוש לרעה בסטארגייט השני שעל כדה"א.
בעוד ס"ג-1 מנסים ליצור ברית עם הטוקרה, מתגלה מרגל בקרב הטוקרה שמעביר מידע לידיי הגאולד וג'ייקוב קרטר מגלה כי הטוקרה עשויים להיות תקוותו היחידה להישרדות
ס"ג-1 מאתרים את הטוקרה, תנועת התנגדות של גאולד המתנגדים לאדוני המערכת ומנסים ליצור ברית. במקביל, הסרטן של ג'ייקוב קרטר, אביה של סם, מביא אותו לסף מוות.
טיאלק נעקץ ע"י חרק ענק וקטלני ומוחדר לגופו ארס רעיל, טיאלק שמתחיל טרנספורמציה נוראית שבסופה גופו ישרוץ חרקים נמצא במנוסה. כעת ס"ג-1 חייבים למצוא אותו לפני קולונל מייבורן.
ג'קסון מגלה שאשתו חזרה לאבידוס, אלא שכעת היא בחודש התשיעי להריונה מידיו של אפופיס. בעוד שעל כדה"א, אוניל חייב למנוע את חשיפתה של תוכנית הסטארגייט לעולם.
הצוות מגיע לכוכב שנשלט על-ידי מה שנראה כגאולד, אך טומן בחובו הרבה יותר מהנראה לעין. ג'קסון הופך מכור להשפעת סרקופג של הגאולד ונופל לרגליה של הנסיכה המניפולטיבית של הכוכב.
ס"ג-1 כלואים במציאות וירטואלית בעודם נאלצים לחיות מחדש את הרגעים הגרועים ביותר של חייהם שוב ושוב – דניאל חוזה במות הוריו, אוניל במות חברו לצוות וקרטר במות אימה, והכל בשם…
ס"ג-1 עומדים למשפט ומוגלים לעולם המשמש כבית-כלא. שם הם פוגשים באישה מבוגרת, שמשום מה מצליחה לשלוט בכל האיסרים ביד רמה ויחדיו הם זוממים לברוח דרך הסטארגייט.
ס"ג-1 נמלטים דרך הסטארגייט ומגלים כי חזון המציאות של דניאל החלופי היה נכון – אפופיס תוקף את כדור הארץ משמיים. על הצוות לעצור את אפופיס ואת בנו, קלורל, אשר שוכן…
חפץ זר מעביר את דניאל למציאות חלופית בה הוא אינו חלק מתוכנית הסטארגייט. במציאות זו הגאולד, בראשות אפופיס ותחת פיקודו של טיאלק, פולשים לכדור הארץ ומאיימים להחריבו.
צוות ס"ג-1 מציל קבוצה של אנשים מתקדמים מכוכב שקרוב לחורבן. אותם אנשים, בני הטאלון, חייבים כעת למצוא בית חדש לפליטיהם לפני שהפנטגון יניח עליהם את ידיהם.
הגיבורים מתקדמים לעבר טורניר ליגת הפוקימונים ברמת אינדיגו כאשר הם פוגשים במאמן נוסף. המאמן המסכן איבד את תגי המכון שלו, לכן לא יוכל להתמודד בטורניר… אלא אם ייקח את התגים…
בעוד אש וברוק מתאמנים הם מגלים מקדש חבוי המכיל מאובני פוקימונים. מיסטי נזכרת בעיר מסתורית בה היו נוהגים לבנות מקדשים לכבוד פוקימונים. הייתכן וגילו את שרידי העיר פוקימופוליס?
במאי מפורסם מגיע לעיר, וכולם רוצים להפוך לכוכבי קולנוע! אך הבמאי רק רוצה ללהק פוקימונים, לכן אש, ברוק, מיסטי וצוות רוקט נאבקים כדי לוודא שהפוקימון שלהם הוא זה שיככב לצד…
החבורה הולכת לראות את הצגת הבכורה של הסרט "פוקימונים מאוהבים" ומיאו נזכר בעברו העגום. אנו מגלים את סיפורו של מיאו לפני שהצטרף לצוות רוקט, ואת הסוד של איך למד ללכת…
בעיר פאלט, אש וחבריו פוגשים את פלורינדה אשר עובדת בחממה מקומית. הגלום שלה לא מתפתח והיא חוששת שאינה מאמנת אותו כראוי. כשצוות רוקט תוקף, כולם מגלים עד כמה חזק פוקימון…
אש מצטרף לאמו לחופשה באיי המים הקוצפים. במהלך החופשה, אש מחפש את מתכנת הפוקידע בכדי ללמוד על התפתחותו המשונה של סלופוק. התעלומה נפתרת במפתיע הודות לתכסיסים של צוות רוקט!