הזמן להילחם בזאבוזה בפעם הנוספת הגיע, והפעם יש לו בן ברית. זאבוזה ובן בריתו מתפעלים מיכולותיו של סאסקה, וגם סאסקה מבחין בכמה חזק הנינג'ה שעוטה מסכה.

אישה מסתורית מופיעה מול נארוטו במהלך אימוניו הקשים לשליטה בצ'אקרה שלו. אישה זו אומרת לנארוטו שכל עוד יש לו מישהו אהוב שהוא רוצה להגן עליו, אין גבול לכמה שהוא יוכל…

בעודו מתאושש בביתו של טזונה, קאקאשי לא מרוצה מתוצאת הקרב. זאבוזה לא מת ונינג'ת המעקב הצעיר עזר לא לברוח. קאקאשי מחליט להכניס את נארוטו, סאסקה וסאקורה לסדרת אימונים שמטרתה לדעת…

סאקורה הולכת העירה יחד עם טזונה ורואה את הקשיים של אנשי ארץ הגלים תחת שלטונו של גאטו. בעקבות כך, היא מבינה מדוע בניית הגשר כל כך חשובה. במקביל, נארוטו וסאסקה…

תודות לתוכנית המבריקה של נארוטו, קאקאשי שוחרר כלא המים, והוא מוכן להשתמש בשארינגאן שלו כדי להביס את זאבוזה.

ידו של קאקאשי בקרב נגד זאבוזה על העליונה, אבל הקלפים נטרפים מחדש כאשר הוא נתפס במלכודת של זאבוזה. קאקאשי מפציר בצוות לברוח, אבל נארוטו נזכר בשבועה שנשבע.

צוות 7 מגיע לארץ הגלים ומגלים שאיש עסקים רשע ששמו 'גאטו' השתלט על הארץ הזו. זאבוזה מומוצ'י, שנשכר על ידי גאטו כדי לחסל את טזונה, מופיע בפניהם. נארוטו מתרגש ומוכן…

צוות 7 מתחיל את משימות הנינג'ה הראשונות שלו עם משימות משעממות למדי. נארוטו מוציא את התסכול שלו על ההוקאגה, והוא מסכים לתת להם משימה אחרת – להגן על אדם מבוגר…

צוות 7 החדש פוגש את הסנסיי שלהם, קאקאשי האטאקה. לאחר היכרות קצרה, הם יוצאים לאימון שיבחן האם הם באמת מתאימים להיות נינג'ות. במסגרת האימון, הם צריכים לעשות כל שביכולתם כדי…

נארוטו, סאסקה וסאקורה עושים כל שביכולתם כדי לעבור את מבחן ההישרדות המפרך. אולם, קאקאשי רואה לנכון שיש ללמד אותם עבודת צוות מהי לאחר הפעולות האנוכיות שלהם.

על מנת להפוך לנינג'ה, נארוטו צריך להצטוות לחבריו לכיתה: סאקורה היפה וסאסקה הרציני. לשני אלה יש דבר אחד במשותף – הם שונאים את נארוטו. כתוצאה מכך, נארוטו מנסה גישות אחרת.

נארוטו סוף סוף מצליח לסיים את לימודיו באקדמיה לנינג'ות. לאחר זמן לא רב משסיים את לימודיו בעצמו, נארוטו לוקח תחתיו תלמיד חדש שהוא לא אחר מהנכד של ההוקאגה.

בכפר הנסתר בין העלים והעצים, מקום שגרות בו נינג'ות, יש ילד ששמו נארוטו אשר גורם לצרות בכל מקום שהוא הולך אליו. כשהוא גונב את מגילת החותם, הוא משחרר כוח נדיר…