בפרק האחרון לעונה, ס"ג-1 חייבים לבוא להציל את בעלי בריתם פעם נוספת כאשר הגאולד תוקפים מעבדת אסגרד סודית.

דניאל ג'קסון מואשם באסון דיפלומטי, לאחר שהוא נחשף למינון קטלני של קרינה בעת ביקור בציוויליזציה זרה הבונה נשק להשמדה המונית וכעת הוא עומד בין חיים למוות.

ס"ג-1 חייבים לפנות לזוג פושעים שהורשעו בעון גניבות שבוצעו בשם כדה"א ובחסות סוכנות הביון, כדי להציל את עולמם מן ההשמדה על ידי גאולד, לאחר שאלו גנבו את האמצעי היחיד שהגן…

ס"ג-1 פוגשים אישה צעירה עם היכולת לשלוט במשכפלים, ומי שיכולה להחזיק את המפתח לישועה של האסגרד.

מנהיג כריזמטי בקרב הג'אפה מציג עצמו כמורד מצבאו של אימהוטפ ומבקש לכרות ברית בין כדור-הארץ לבין חסידיו המורדים, וזוכה בנאמנותם של טיאלק וברייטאק.

משימתו החשאית של ד"ר ג'קסון להסתנן לפסגה של הגאולד מסתבכת עם בואו של אורח מפתיע. שאר הצוות עומד בפני הפלישה בהיקף מלא על עולם הבית של טוקרה.

כדור הארץ מוצא את עצמו מאוים על ידי משהו גדול הרבה יותר מהגאולד כאשר הצוות לומד כי יש אסטרואיד במסלול התנגשות עם הכוכב.

המלחמה בין הטוקרה לגאולד מסלימה, והסיעה המורדת שולחת את דניאל ג'קסון לפגישה סודית בין אדוני המערכת.

אסון פוגע בסטארגייט ולוכד את טיאלק בעודו עובר דרכו. כעת על ס"ג-1 לפנות לרוסיה ולאויביה לעזרה, בטרם ינותק הקשר עם הסטארגייט ואיתו יאבד הסיכוי להציל את טיאלק.

ס"ג-1 מאמנים צוות של צוערים, וקולונל אוניל נאלץ לקחת אותם איתו למצב קרב אמיתי כאשר הוא לומד על פלישה זרה אפשרית במפקדת הסטארגייט.

מזמרו מצליח לשלוח במוחו של גמביט וגורם לו לגנוב מאנג'י חצי מאבן העכביש.

וונדה מקבלת רמז מאחד המשרתים של מגנטו – פיירו, שמוביל אותה לאתר סקי. קורט פוגש את הוריה של אמנדה בפעם הראשונה, וטוד מאמין שיוכל לזכות באהבתה של וונדה אם יסתיר…

רוג נתקלת בבעיות עם כוחותיה, בעוד התהודה של כל הדמויות מהן שאבה כוחות מתחילה להופיע בגופה ומוחה.

אוון משתתף בתחרות אקסטרים סקייטבורד ומעמיד במבחן את יכולתיו, אך משהו אינו כשורה – אישה מסתורית צופה בו ועוקבת אחריו במהלך התחרות.

מיסטיק בורחת ממאסר בעוד האקס-מן משקמים את המכון. היא מתחזה לאלכס ומוליכה את סקוט לתוך מלכודת, כעת סקוט נמצא בלב המדבר המקסיקני ללא משקפיו.

במהלך בניית האחוזה מחדש, קיטי וקורט עוצרים אמני גרפיטי המחופשים למפלצות. התלמידים חוזרים ללימודים לפני השימוע שיכריע את גורלם בזמן שנאסר עליהם להשתמש בכוחותיהם.

וונדה יוצאת לחפש אחר פייטרו. בינתיים, חברי האחווה מסולקים מביה״ס בעקבות התנהגותו של לאנס.

וולברין ורוג צריכים להתחמק מיחידה צבאית כאשר מתקבלת התראה נגד מוטאנטים בזמן שסופה וחיה נמצאים בישיבה של הקונגרס. בינתיים, ג'אגרנאט יוצא למסע הרס והאקס-מן מרגישים מחויבים לעצור אותו.

האקס-מן והאחווה מתמודדים עם ההשלכות של חשיפת המוטאנטים לעולם ומיסטיק מצליחה לפוצץ את המכון. כעת, לאחר שמוטאנטים משני הצדדים נפלו בשבי, על הנותרים למצוא אותם ואת הפרופסור.

האחווה ואקס-מן מגיעים להילחם במגנטו, כשלפתע זזקיף משתחרר. סוכני הממשלה, ביחד עם הזקיפים, תופסים כמה מוטאנטים בעוד האחרים בורחים. ואילו סקוט מאשים את הפרופסור בכל.

וולברין נעלם והאחווה חוברים לאקס-מן כדי לנצח את מגנטו. המכון עובר למצב השמדה עצמית. אמארה וטבית'ה מוצאות את סקוט, שנשאר מאחור. אבל כשהם מגיעים לחדר הבקרה, השעון סופר לאחור.

מיסטיק חוזרת לאחווה ומכירה להם את וונדה, הנשק הסודי החדש שלה. מיסטיק מתחילה לתכנן את הקרב בקניון בין האחווה המשופרת לאקס-מן. הייתכן שהאחווה תנצח את האקס-מן בפעם הראשונה?

וולברין מספר על העבר שלו, הוא מספר על משימה שהייתה לו במלחמת העולם השנייה עם שותף מיוחד, קפטן אמריקה…

כשהוא מרגיש קלסטרופובי במכון, חיה לוקח כמה מהילדים עמוק לתוך היער הלאומי של רדווד למחקר מדעי של האדמה, שם הוא חושב שלא ימצאו אותם.

כשג'ין ואמארה מרגישות שהבנים חושבים שהם יותר חזקים מהבנות, טבית'ה מחליטה לפתוח מועדון לחימה. אחרי שהן משכנעות את קיטי ורוג להצטרף, הן מתחילות להלחם בלילה בתור ה-"סירנות של בייוויל".

כדי להגדיל את מרחק ההישתגרות של קורט, פורג' ממציא מכשיר שמאט את התהליך כדי לנתח היכן הוא עובר בהשתגרות ומגלה מימד מלא במפלצות נוראיות. בינתיים, כולם מנסים למצוא בן-זוג לנשף.

ג'ין נעלמת לפתע. אחרי חיפוש ממושך, היא נמצאת ע"י סרברו – משתמשת בכוחות שלה כדי לגנוב טבעת טיבטית עתיקה מבית בבוסטון בהשפעת מזמרו שפועל בשירותו של אפוקליפסה.

שלושה סיפורים קצרים שהוצעו ע"י צופים: פיטר מאבד את עצמותיו, המשפחה זוכה בכוחות על ומשפחת גריפין בילדותה.

לואיס ופיטר נוסעים לפסטיבל של הלהקה האהובה עליהם ובריאן אמור לשמור על סטואי, אבל סטואי בורח ונוסע ללונדון לגור באולפן של תכנית הטלוויזיה האהובה עליו. בריאן יוצא בעקבותיו.

לואיס מחליטה שהיא לא יכולה לסבול עוד את קנאתו העיוורת של פיטר ומציעה לפנות ליועץ נישואים. בינתיים, בריאן וסטואי נדבקים זה לזה בטעות.

סטואי מתגלה במבחני בד לביה"ס לאומנויות הבמה ומצורף לכיתת הכוכבים הצעירים. שם הוא מוצא את הדרך המהירה לתהילה, אך אחריה באה נפילה קשה. סטואי מתקשה להתמודד ומתחיל לאבד שפיות.

בריאן נעצר על נהיגה בשכרות ונידון לעבודות שירות, שם הוא פוגש זקנה קשוחה המתגלה בהמשך כאשת חלומותיו. פיטר מגדל זקן ומגלה שציפור נדירה מקננת בו ואף הטילה שם ביצים.

גיבורינו ממשיכים לכיוון העיר רסטבורו, ובמקביל אליהם גם צוות רוקט, שנתקלים בכלוב של אקנס. הכלוב שייך לציד בשם ריקו, שמתגלה שיש לו גם כלוב של קופינג. הוא משתמש בפירו ובפיופיטאר…

יחד עם ברוק שהצטרף למסע, החבורה ממשיכה ללכת ביער לעבר העיר רסטבורו, כשלפתע הם נתקלים בזיגזאגון ענקי, שמתגלה כמאמן מחופש, שמאמין שכדי להבין פוקימונים צריך להתנהג כמותם. כשהמאמן מגלה שמאי…

אש ומאי מגיעים לעיר פטלבורג, שם אש מתרגש ללכת למנהיג המכון. מאי לעומתו קצת חוששת משום שמנהיג המכון, נורמן, הוא אביה. כשאש מגיע למכון, הוא פוגש במקס, אחיה הקטן של…

אש, מאי ואחיה הקטן מקס מטיילים ביער פטלבורג בדרך לעיר ראסטבורו, והם רעבים. מאחר ואף אחד מהם לא מכין ארוחת צהרים, הם נאלצים לריב על עוגיה אחרונה שנשארה להם. אש…

אש ומאי נמצאים בדרך לעיר אולדייל, כשבכוונתו של אש להירשם לליגת הואן. לאחר שטורצ'יק מותקף על ידי פוקימונים פראיים ומתעלף, השניים ממהרים לעיר. בדרך הם נתקלים בחורבות ובפרופסור בשם אלדן…

העונה מתחילה בסיפורה של ילדה אחת בשם מאי, שמתחילה את המסע שלה. היא עושה את דרכה למעבדתו של פרופסור בירץ' בעיירה ליטלרוט, לשם מגיעים גם אש והפיקאצ'ו הפצוע שלו. אש…

החבורה עושה את דרכה לעיר ורידיאן, שם האחות ג'וי מוסרת למיסטי את האופניים שלה מתוקנות ואת ההודעה שאחיות שלה חיפשו אותה. מסתבר שהן צריכות עזרה במכון מאחר והן זכו בכרטיס…

אש ופיקאצ'ו עולים למעבורת ששטה לעבר הוואן. במהלך הדרך צוות רוקט גונב את פיקאצ'ו של אש וקפטן הספינה מנסה לעצור בעדם אך ללא הצלחה. פיקאצ'ו נעלם ביחד עם מיאו. אש…