נארוטו מתחיל את סדרת האימונים שלו לקראת הבחינה השלישית בליווי אביסו, אך העניינים משתלשלים בצורה בלתי צפויה.

הקרב האחרון שנותר הוא צוג'י אקימיצ'י נגד דוסו קינותה. שלב המוקדמות של הבחינה השלישית מסתיים ונארוטו מגלה שסידרו לו מאמן חדש לקראת הבחינה השלישית.

לי חושף את הקלף המנצח שלו, פתיחת השער החמישי. גארה רוצה מעוניין בקרב עקוב מדם.

רוק לי ממשיך בקרב נגד גארה האכזרי. על אף שהוא מוחלש לאחר השימוש בלוטוס הראשי, הוא רוצה לנצח בכל מחיר. לי מתחיל לפתוח את שמונת השערים הפנימיים.

רוק לי בעל הרוח הצעירה משובץ להילחם נגד גארה של המדבר. גארה לא מגלה רחמים ומשחרר את כל עוצמתי הקטלנית.

הינאטה מחליטה להוכיח את עצמה ונלחמת בנג'י בכל כוחה. הקרב ביניהם מסתיים בתוצאה מפתיעה.

הקרב של נארוטו וקיבה מגיע לשיאו. נארוטו חושף טכניקה חדשה שפיתח.

נג'י היוגה והינאטה היוגה, קרובי המשפחה, משובצים להילחם אחד נגד השניה. הם מתחילים את הקרב ונלחמים כדי להגן על הכבוד של עצמם ושל המשפחות שלהם.

סוף סוף מגיע תורו של נארוטו להילחם, והוא משובץ נגד קיבה. על אף שהסיכויים לרעתו, נארוטו נחוש לנצח בכל מחיר.

בחינת הצ'ונין השלישית נמשכת ומגיע תורן של טמארי וטנטן להילחם אחת בשניה. לאחר הקרב החד צדדי של שתיהן, שיקמארו נבחר להילחם בקין, הקונואיצ'ית מהכפר הנסתר בצלילים.

הקרב מלא הרגש בין סאקורה לאינו צובר תאוצה. החברות והקשיים של השתיים מתגלים.

הקרב של מיסומי צורוגי וקאנקורו מסתיים מהר. מיד לאחריו, שתי חברות ותיקות נקראות להילחם אחת בשניה.

סאסקה ממשיך בקרב שלו נגד יורו אקדו על אף הכאב הרב שהחותם המקולל גורם לו. לאחר הקרב, קאקאשי מחליט לעזור לסאסקה בעניין החותם המקולל.

קאקאשי מנסה לחתום את החותם המקולל אך אדם מסוים מפריע לו. במקביל, הקרב בין זאקו אבומי לשינו אבורמה מתחיל וכוחו המשונה של שינו נחשף.

קאבוטו מקבל החלטה שנראת תמוהה בעיני כולם. סאקורה דואגת לסאסקה בגלל החותם המקולל. סאסקה נבחר להיות הראשון שיתחרה במוקדמות הבחינה השלישית.

צוות 7 הצליח להשיג את המגילה החסרה ועובר את הבחינה השניה. ההוקאגה מסביר לכל אלו שעברו את הבחינה מה המטרה האמיתית של בחינות הצ'ונין. האחראי על הבחינה השלישית מגיע, ובשורה…

צוותי הגנינים הפזורים ביער המוות ממשיכים בחיפושם אחר המגילה שחסרה להם. צוות 8 מביטים מרחוק על הצוות מהכפר הנסתר בחול, והם מקבלים הצצה מכוחו המפחיד של גארה.

נארוטו שוקל להציץ במגילה של הצוות שלו. צוות 7 פוגש בצוות של קאבוטו, ויחד הם מנסים למצוא את דרכם למגדל שבמרכז יער המוות.

לאחר שסאקורה כמעט מאבדת את חייה בניסיון להגן על הצוות שלה ועל לי, צוות 10 יוצא מהמחבוא שלו לעזרתה. במקביל, צ'אקרה מרושעת מתפתחת אצל אחד ממחוסרי ההכרה.

סאקורה עומדת בפני סיטואציה שהיא מעולם לא עמדה בה כאשר היא נותרת לבדה להילחם נגד השלישייה מכפר הצלילים. על אף הפחד והחרדה, היא נעזרת בנחישותה הגדולה ונלחמת חזרה.

סאקורה מנסה לשמור על נארוטו וסאסקה מחוסרי ההכרה אך מוצאת את עצמה מותקפת על ידי הגנינים מהכפר הנסתר בצלילים. אחד מהגנינים של כפר העלים מגיע לעזרתה, וקרב של שלושה על…

האם סאסקה יוכל להציל את הקבוצה שלו ממוות בטוח על ידי האדם המסתורי?

האם רוק לי יצליח להציל את סאקורה מהסכנה הממשמשת ובאה?

נארוטו, סאסקה וסאקורה ממשיכים את הקרב שלהם נגד האויב חסר הרחמים שפגשו ביער המוות.

צוותי הגנינים ממשיכים בחיפושם אחר שתי המגילות ביער המוות. בינתיים, צוות 7 סוטה ממסלולו המקורי בגלל אויב עוצמתי כשנארוטו נפרד מהקבוצה והעניינים מתחילים להסתבך.

פרק ספיישל שמסכם את 25 הפרקים הראשונים ומכין את הקרקע לקראת בחינת הצ'ונין השניה.

לאחר שעברו בהצלחה, איכשהו, את המבחן הראשון, נארוטו והחבורה צריכים להתמודד עם סכנה חדשה! הגנינים נדרשים לחפש שתי מגילות שונות כדי שיוכלו להשלים את הבחינה בהצלחה.

הגנינים מעתיקים אחד מהשני את התשובות למבחן, כל אחד בדרכו, בזמן שהדאגות מהשאלה העשירית מתחילות לצוף.

כל הגנינים מתרכזים ומתחילים את הבחינה בכתב, הלוא בחינת הצ'ונין הראשונה. אך הבחינה בעייתית, השאלות לא מותאמות לרמת הידע של הגנינים בכלל.