פרוייקט סודי משתחרר וגורם לרעל קטלני להתפשט בסמולוויל. אלו שנפגעו ע"י הרעל מדמיינים את פחדיהם הגדולים ביותר מתגשמים ונופלים לתרדמת. נואש למצוא תרופה קלארק נותן קצת מדמו ללקס והוא המום…
לקס מואשם ברצח בחורה צעירה וקלארק פונה לליונל לעזרה. לאנה חולמת על איזבל ועל אישה מסתורית אחרת, הדומה שתי טיפות מים לאמו של ג'ייסון, ג'נביב, שבאה לבקר את בנה ואת…
לאנה קוראת ספר כישוף מהמאה ה- 17. המכשפה, איזבל נכנסת לגופה ומחייה את שתי חברותיה המכשפות ויחד הן יוצאות לחפש את גבישי הקריפטונייט ומשתמשות בכוחן נגד קלארק.
קלואי נמשכת לתוך הימורים מחתרתיים המנוהלים ע"י תלמיד בשם מקסיזפטלק ומפסידה את כל חסכונותיה לאחר שזה משתמש בכוחותיו על מנת לשלוט בכולם. כאשר קלואי מגלה את סודו, הוא חוטף אותה…
קלארק ולליונל מחליפים גוף. כאשר ליונל לומד שלגופו החדש יש כוחות-על הוא מתחיל מיד להשליט טרור בסמולוויל. לכוד מאחורי סורגים, קלארק חייב למצוא דרך על מנת להשיג את גופו ואת…
קלארק יוצא במרדף מהיר בעקבות גנב, אך נדהם כאשר הוא לא מצליח לתפוס אותו. הגנב, הידוע בכינוי "פלאש", מופיע מאוחר יותר בחווה ומנסה לשכנע את קלארק לעזוב את סמולוויל. לקס…
קלארק מחליט להצטרף לקבוצת הפוטבול ומקבל את עמדת הקווטרבק לאחר שקודמו התנפל על ג'ייסון בגלל בחורה. קלארק ולויס חוקרים ומגלים שיש גורמים בקבוצה שמשפיעים על השחקנים בלי ידיעתם.
אחרי שגילו שגופתה של קלואי אינה בקבר, מתחילים קלארק ולויס לחקור, אך אביה של לויס, גנרל ליין עוצר בעדם. הם חושדים שהגנרל יודע יותר משהוא מספר ושיש לו קשר עם…
קלארק חוזר לסמולוויל כקאל-אל. לויס ליין מגיעה לסמולוויל כדי לחקור את מות בת דודתה, קלואי סאליבן. לאנה שבה מפריס וג'ונתן שקוע בתרדמת בבית החולים. ליונל לות'ר ממתין למשפטו בבית הכלא.
בפרק האחרון לעונה, קארה, נערה בעלת כוחות מקריפטון משכנעת את קלארק להצטרף לאביו הביולוגי ולאמץ את גורלו. ג'ונתן מגלה לקלארק מה היתה העיסקה שעשה עם ג'ור-אל. יחסיו של קלארק עם…
קלארק מחליט לגלות את סודו ללאנה כדי שיוכלו להיות יחד. סוכן אפ-בי-איי מושחת חוטף ומענה את פיט כדי שיגלה לו את סודו של קלארק. לקס נלחץ כשהאפ-בי-איי דורש ממנו להעביר…
ג'רמיה, אינדיאני קיוואצ'י גונב סכין מקודשת מהמערות ומקבל כוחות דומים לשל קלארק. ג'רמיה מאמין שהוא דמות שהוזכרה בנבואות אבות קדומים ויוצא להרוג את ליונל. קלארק מנסה לעצור בעדו.
קלואי חודרת ללות'רקורפ ושואפת בטעות גז קריפטונייט. היא מגלה שאנשים מתחילים לספר לה את סודותיהם הכמוסים ביותר, ומחליטה לנצל את ההזדמנות לנסות ולגלות את האמת על קלארק.
כשג'ונתן מתחיל להתנהג מוזר, קלארק חושב שג'ור-אל שולח לו מסרים דרך המפתח ושבגללו ג'ונתן התרחק ממשפחתו. ליונל מגלה את קלארק במערות, ומנסה לרקום עסקה עם ד"ר סוואן לגילוי סודותיו.
קלארק מקבל שיחת טלפון היסטרית מלאנה ושומע יריית רובה, לפני שהקו נותק, אך כשהוא מגיע לטאלון הוא משתומם לגלות את לאנה בריאה ושלימה. קלארק מנסה להבין מה קרה, וכיצד יוכל…
בעוד אביו ממתין לניתוח, קלארק מתיידד עם גארט, נער שאחיו, וינס, מת ממחלת כבד, אך לפתע וינס מופיע כשהוא בחיים. המצב מסתבך כשהכבד של וינס כושל וגארט דורש את הכבד…
אלישיה, תלמידה מבית ספרו של קלארק, מתגלה כבעלת כוחות מיוחדים. היא וקלארק מפתחים קשר מיוחד דרך הסודות שלהם, אך אז היא מתחילה לפתח אובססיה כלפיו ואינה מוכנה לחלוק אותו עם…
למורת רוחו קלארק נאלץ לסייע לפיט, המסרב להפסיד במירוץ הכבשים ומשום כך מקבל איומים מהביריונים שמנהלים את המירוצים. בינתיים, ג'ונתן מתחיל לסבול את תוצאות העסקה שעשה עם ג'ור-אל.
קלארק מגלה שחבר לכיתתו מסוגל לנבא את העתיד, אך נחרד לשמוע ממנו שלאנה עתידה למות בשריפה בימים הקרובים. קלואי חוקרת את התנהגותו המוזרה של אדם, ועולה על כמה תגליות מטרידות.
קלארק ולאנה מנסים לרצוח את קלואי מסיבות בלתי ברורות לאחר שקיבלו מייל מסתורי ממרכז סאמרהולט. קלארק חייב לגלות את מקור האי-מיילים ואת הסיבה למעשיהם. לאנה מחליטה להשכיר את הדירה לאדם.
קלארק מתעוור זמנית לאחר שהוא מנסה למנוע שוד וכתוצאה מכך הוא מפתח יכולת שמיעה יוצאת דופן, המפצה על אובדן הראיה. המצב מסתבך כשמסתבר שקלארק לא מצליח לשלוט לגמרי בכוחו החדש.
לקס מאתר אדם שיעיד בביהמ"ש על עסקיו הפליליים של אביו, אך מישהו מנסה להתנקש בחייו. קלארק נחלץ לעזרתו של לקס, אך לא מוצא שום עדות לניסיון ההתנקשות. זאת, בנוסף לטענתו…
החבורה פוגשת שד הר שמעניק להם קריסטלים שיסייעו להם לאתר את נאראקו, בינתיים, נאראקו ממשיך במזימותיו, וגם קאגורה וקוהאקו ממשיכים לחפש דרך לחסל את נאראקו.