בעוד הגאולד מאיימים לתקוף את כדור הארץ, ס"ג-1 והאסגרד נערכים למוצא האחרון והנואש נגד המשכפלים, אשר חטפו את מייג'ור קרטר ופלשו למאחז הציוויליזציה האחרון של האסגרד.

הבסיס נכנס להסגר לאחר שמחלה מסתורית, הנראית מדבקת, מותירה קצין רוסי במרפאת הבסיס. דניאל לוקח בן ערובה ודורש לעבור דרך הסטארגייט.

קרטר וטיאלק יוצאים לחפש את האסגרד כדי לנסות להציל את קולונל אוניל, אך מגלים שאויבם המושבע של האסגרד חזר בבמלוא העוצמה. אדוני המערכת מחפשים ברית עם כדה"א נגד אויב משותף.

אנוביס מתחיל מתקפה שיטתית על כדור הארץ, וכעת תקוותו היחידה של כדור הארץ לישועה תלויה בס"ג-1 וביכולתם למצוא את העיר האבודה המיתולוגית.

אוניל עושה מאמצים רבים כדי למנוע מהידע של קדמונים ליפול לידיי הגאולד כאשר הצוות מגלה מאגר מידע שני. הנשיא מחליף את הגנרל האמונד בדיפלומט אזרחי.

הנשיא החדש שנבחר מקבל סקירה נרחבת על תוכנית הסטארגייט, וסגן הנשיא קינסי עושה מהלך נוסף עבור שליטה על התוכנית.

צוות ס"ג-1 נשלח למשימת חילוץ באחד מכוכבי הלכת, והמבצע גובה קורבנות. בעוד חברי הצוות מנסים להתמודד עם תוצאות המבצע, צוות הצילום מנסה לחשוף את האמת על מה שאירע.

ס"ג-1 חוקרים מעבדה סודית של סוכנות הביון, בה מדען חסר רחמים השתמש בטכנולוגיית שיבוט כדי ליצור יצור כלאיים – חציו גאולד חציו אדם.

הממשל שולח צוות צילום לתעד את הנעשה בתוך מפקדת הסטארגייט למען שימוש עתידי כאשר התכנית תיחשף לציבור. חברי צוות הצילום מגלים כי לא כל אנשי הצוות מוכנים לשתף איתם פעולה.

התקפה על אתר אלפא מערערת את היסודות. בעוד קרטר נאלצת להימלט מאחד מחיילי-העל של אנוביס ולהילחם על חייה, חקירתם של ג'ייקוב והאמונד מביאה אותם לגילויים מטרידים.

דניאל ג'קסון מוטרד מחלומות חוזרים ונשנים על אישתו שארה, שבה הגאולד אוזיריס השתלטה על גופה. לקרטר יש חבר חדש, בלש במשטרה, ועליה להסתיר ממנו את עיסוקה האמיתי.

קולונל ג'ק אוניל מוביל צוות דרך הסטארגייט לגלקסיות אחרות, בניסיון להציל את כדור הארץ מהשמדה, לאחר שמאגר חדש של נאקוודה החל לעבור מוטציה לנאקוודריה.

קרטר מנסה לסדר את מנועי הנאקוודריה, נופלת ונפגעת בראשה. כאשר היא מתעוררת, היא מגלה כי שאר הצוות נעלם ומתחילה לראות חזיונות.

אוניל מבקש עזרה מחבר וותיק כדי להציל את דניאל וד"ר לי שנחטפו במרכז אמריקה. קרטר, טיאלק וג'ייקוב מסתננים למתקן חיילי-העל של אנוביס.