הצי נתקל בכוכב המלחמה פגסוס, ששרדה את מתקפת הסיילונים. המפקדת שלה, אדמירל קיין, לוקחת פיקוד על הצי למורת רוחם של אנשי הגלקטיקה.

אדאמה מורה על הצי לקפוץ בשעה שגלקטיקה נשארת מאחור כדי למחוק את הווירוס מהמחשבים שלה ולהתמודד עם תקיפה עצומה של למעלה ממאתיים ריידרים סיילונים.

עתה משהצי התאחד, מחלוקות ישנות צצות שוב. ישנה ביקורת רבה על הצבא לאחר הטבח בגדעון. עם הכוכבת האורחת לוסי לאלס.

הנשיאה רוזלין יוצאת למסע עם הקונפדרציה שלה בחיפוש אחר קבר את'נה בשעה שקומנדר אדאמה שולח משימת חילוץ לקובול.

למעלה משליש מהצי הולך בעקבות הנשיאה רוזלין וטום זארק, מתפצל מהגלקטיקה וקופץ למסלול סביב קובול.

אדאמה חוזר לקבלת פנים של גיבורים ומטלה לא נעימה: עליו למצוא את לי ואת הנשיאה רוזלין, שנמלטו ומתחבאים בתוך הצי.

ספינות הצי מורדות במשטר הצבאי של קולונל טיי ובעקבות אירוע אלים מחליטה הנשיאה רוזלין להמלט ממעצר.

הקומנדר הזמני טאי מתחיל להבין שבלהיות מנהיג כרוכים דברים מעבר לנתינת פקודות. הוא מוצף, ומוצא את עצמו מתקרב שוב לאלכוהול.

וירוס סיילוני חדר למחשבים של הגלקטיקה, בשעה שסנטוריונים סיילוניים עלו ועושים את דרכם בקרב לעבר המרכזים הפגיעים של הספינה.

לאחר שקומנדר אדאמה נורה וכמעט מת, על טאי להוביל את הגלקטיקה ולשמור על המשאבים הנחוצים כדי להציל את חייו של הקומנדר.

בפרק האחרון לעונה, הגלקטיקה צריכה להשמיד ספינת בסיס סיילונית כדי לחלץ את אנשיה מקובול. קארה נתקלת בהיילו ובשרון בקפריקה הכבושה.

הגלקטיקה מגלה במקרה את הפלנטה קובול, מקורה המיתולוגי של האנושות, והמפקד אדמה והנשיאה רוזלין נקלעים למחלוקת לגביה.

רוזלין מנסה למנוע מזארק להיבחר לסגן נשיאת המושבות בעוד לי וקארה מנסים למצוא מתנקש שמאיים על חייה.

הדלק של צי המושבות אוזל לאיטו והגלקטיקה נאלצת לשגר מתקפה נואשת נגד מזקקה סילונית.

ג'ורדן חוקרת היעלמות אחותה של אישה שג'ורדן הייתה מעורבת בחקירת הרצח שלה, שמכוניתה נמצאת עם דם וקליע בתוכה, אך בלי גופה. וודי ונייג'ל חוקרים רצח של אישה נורמטיבית והם לא…

וודי חוקר רצח של אישה ושוטר וג'ורדן חוששת שהוא נסחף ושתל ראיה מפלילה נגד בעלה של האישה. נייג'ל ובאג חוקרים מוות של אדם, שחברתו טוענת שהוא נחטף על ידי חייזרים.

גופה שמתגלה עם לשון עקורה מובילה את החוקרים לרוצחת סדרתית שכלואה במאסר עולם. וודי וג'ורדן מוציאים אותה מהכלא בחיפוש אחרי החקיין שלה וג'ורדן מגלה שיש ביניהן קווי דמיון.

וודי חוקר מקרה של גופת מורה שנמצאת ביער שנה אחרי היעלמותו המסתורית. לתחנה מגיע נער שטוען שהוא רצח אותו כשהיה בן עשר. ג'ורדן חוקרת מוות כפול של זוג, ומסרבת להשלים…

ג'ורדן לוקחת סיכון ומגיעה לזירת פשע לבקשתו של פולאק העיתונאי, מבלי לדווח על כך למשטרה. וודי מגיע לחדר במלונית שבו נמצא ילד מת. במקביל, צריך וודי לעבור הערכה פסיכולוגית של…

ג'ורדן חוקרת מוות בכלא ומגלה זלזול עצום במצבם הרפואי של אסירים. וודי רודף אחר אנס שהשתחרר מהכלא ומתחיל לרצוח כל אדם שהיה קשור למשפט שלו.

ג'ורדן חולה אך יוצאת בכל זאת לחפש שלושה ילדים נעדריםכשהגופה של אחד מהם נמצא בבאר בפארק.

מייסי חוקר מקרה מוות של אופנוען במהלך מרדף משטרתי. החוקרים מווגאס מגיעים לבוסטון בעקבות גילוי גופה של אדם שמקורב לבוס של כנופיית פשע אכזרית.

עונה חמישית לדרמת הפשע בכיכובה של ג'יל הנסי. פתולוגית פורנזית מבריקה ולא שגרתית, יוצאת אל מחוץ לשולחן הנתיחה ולקירות משרד הפתולוג לפתור מקרי רצח, כשהכוח המניע אותה הוא הרצח היחיד…

וודי מנסה לאתר צלף שמחסל שוטרים ומסכן את עצמו. גארט מושעה מתפקידו בחשד שהעלים ראיות בעקבות חקירה מחודשת של התאבדות. ד"ר סלוקום מגייס את ג'ורדן לסייע לו בחקירה, אף שהיא…

ג'ורדן מנסה לעזור לנייג'ל לגלות מי חטף את בתה של חברתו בלי לערב את המשטרה. גבר עם מחלת השכחה מתעורר בחדר המתים ולילי משכנעת את גארט שהם צריכים לעזור לו…

נזירה נרצחת במנזר של נזירות מתבודדות, שאיש לא נכנס אליו או יוצא ממנו ללא ידיעתן. וודי מנסה לקדם את היחסים עם ג'ורדן. אישה החשודה ברצח החבר שלה מתחבבת על מייסי…

בנו של דיפלומט מדרום אמריקה מגיע בחיפזון לחדר המתים כדי לקחת את גופת שומר הראש שלו שמיועדת לנתיחה. לאחר מכן מגיעה אשת הנפטר וטוענת כי בעלה נרצח וכי הרוצח לקח…

אמה של לילי נפגעת בתאונה. אסיר שמרצה מאסר ממושך עקב עסקת טיעון עומד בפני שחרור, והצוות שב לחפש ממצאי זיהוי פלילי בזירות פשע מלפני למעלה משני עשורים כדי להרשיעו במקרי…

הצוות מגלה קבר המוני והחקירה מובילה למאפיה מקוסובו. אחיו של וודי מגיע בהפתעה לעיר ומתחיל עם ג'ורדן ואחיו נאלץ להציב לו שוב גבולות.

שיטת המחשוב החדשה של נייג'ל גורמת לשיבושים חמורים בתיעוד הגופות בחדר המתים. ג'ורדן מגלה פרטים מפתיעים על אביה ועומדת בפני סכנת מוות.

מוות מסתורי בשדה התעופה מעלה חשש שמדובר בווירוס קטלני, אך ד"ר מייסי סבור שמדובר במוות ממנת-יתר. ג'ורדן מקבלת גופת קשיש שנראה שמת משבץ, אבל כשמתברר שהמטפל שלו משקר, היא מתחילה…

ג'ורדן יוצאת לחקירה במאמץ להציל בחורה שעומדת בפני הוצאה להורג על רצח, שהורשעה בעיקר בגלל עדותה. באג נתקל בגבר תימהוני ברחוב שמבקש את עזרתו, ומתחמק ממנו, אך לאחר שהוא נחטף,…

נערה נמצאת מתה באקדמיה יוקרתית לבנות. ד"ר מייסי מבצע את הנתיחה ביחד עם פתולוגית ששכרה המשפחה העשירה. ג'ורדן חוקרת מקרה של גבר שמת בתאונת אופנוע קלה יחסית, בעוד אחיו יצא…

גבר יורה באישה בחדר המתים, ליד לילי וג'ורדן והרבה אנשים נוספים. החיפוש אחר היורה מוביל את הצוות לחשיפת רשת של סחר בקטינות למטרות זנות.

ג'ורדן וגארט חוקרים מקרה רצח של חמישה אנשים במזנון ומגלים סדרת חיסולים שקשורים למשפט של סוחר סמים. באג וסידני חוקרים מוות של אוהד במהלך משחק הוקי.