תקלה במערכת השערים גורמת לצוות לצאת ולברר את מקור התקלה ומוצא אדם שקוע בתרדמת. כאשר מעירים אותו מתגלה שהוא צאצא גנטי של אנוביס, שמתקרב לשלב ההתעלות וכוונותיו זדוניות באותה מידה.

כשקצין ס"ג שנדבק בוירוס חוזר לכדור הארץ, ארה"ב נדבקת בוירוס תוך זמן קצר. אורלין, שלא מעוניין ש-"שביל החלב" יפול לידי האוריי, חוזר להיות אדם רגיל על מנת לעזור לקרטר למצוא…

הצוות נתקל בסודאן – קבוצת ג'אפה שעל-פי האגדות מעולם לא היו משועבדים לגאולד ונאלץ להתעמת. מיטצ'ל נדרש להילחם בדו-קרב כדי לכפר על הרג אחד מהג'אפה, ואינו יודע שאותו ג'אפה לא…

גילויו של ג'אפה מת בכדור הארץ חושף מזימה של שרידי הנאמנות, שמסתבר כי עודנה חיה וקיימת ונתונה לשליטתו של בעל, שאף הוא עודנו חי. מכאן ואילך העניינים מסתבכים.

קבוצת ג'אפה שמחליטה לא להיכנע לאוריי נתונה בסכנה. כוחות הג'אפה והפיקוד חלוקים בדעותיהם ביחס לאופן ההתמודדות עם האיום החדש. נרוס מציע לשתף פעולה עם הפיקוד במלחמה נגד האוריי.

כדי להשתחרר מצמיד הג'אפה ואלה ודניאל צריכים לאתר ולהשיב את החפצים שוואלה גנבה מבעליו הקודם של הצמיד.

חברי ה-ס"ג-1 ו-ואלה נוסעים לכוכב שבו עדיין סוגדים לה, וכדי להוכיח לעם שהאורי אינם באמת אלים, הוא מגלה להם את האמת אודותיה. היא נאלצת לעמוד למשפט וייתכן אף שתוצא להורג.

צוות הסטארגייט נתקל בקבוצת מיסיונרים של "אלים" הידועים בכינוי אוריי, שאינם סובלים שום סוג של חסרי אמונה.

ואלה ודניאל ג'קסון מועברים אל גופם של שני אנשים בגלקסיה רחוקה, שנמצאת על כוכב המאוכלס ע"י אנשים הסוגדים ליישות מוזרה.

קמרון מיטשל מגיע למפקדת הסטארגייט כחבר החדש בצוות ס"ג-1 ומגלה שהצוות התפרק. כשוואלה מגיעה לכדה"א עם רמזים לשרידים של הקדמונים, מיטשל מחליט שהדבר יסייע לאחד את הצוות.

לאחר שציר הזמן השתנה בגלל פעולותיהם של ס"ג-1 בעבר הרחוק, גירסה חלופית של ס"ג-1 חייבת להשתמש במכונת הזמן שהתגלתה לאחרונה כדי להסדיר את רצף הזמן.

ס"ג-1 נוסעים אחורה בזמן בנסיון נועז לגנוב מכשיר טכנולוגי עתיק מידיו של רע, הגאולד רב-העוצמה ששלט במצרים העתיקה.

בעוד דניאל מוצא את עצמו במסעדה מסתורית, תלוי בין המוות לעלייתו, גורלו של ג'ייקוב מרחף באופן בלתי צפוי, ג'ק וסאם רואים את חייהם הרומנטיים, ואנוביס משחרר את תוכניתו להרס גלקטי.

קרטר וג'ייקוב נעזרים בבעל במלחמתם במשכפלים ואילו דניאל וקרטר המשוכפלת מנהלים מאבק מוחות עיקש, אוניל מתאם בין כל החזיתות ומרכז את הגנת הפיקוד כשברקע מרחף האיום הגדול מכולם – אנוביס.

ג'ו, ספר עצבני, פורץ לביתו של אוניל ומאשים אותו בהרס חייו. משום מה ג'ו יודע הכל על הרפתקאות ס"ג-1, הרפתקאות שבתחילה הוא העלה על הכתב וניסה לפרסם כשלו, אך כעת…

המשכפלים מתחילים התקפה שיטתית על הגאולד, מה שמאלץ את בעל לבוא לכדור הארץ לעזרה. מחתרת הג'אפה מסכנת את כל תנועתם בניסיון לתבוע בחזרה עיר קדושה מידיו של בעל.

עוד מזימה של הגאולד נחשפת כאשר סגן הנשיא המודח קינסי בא אל אוניל ומזהיר אותו מפני שותפיו לשעבר, אנשי "הנאמנות". הוא מציע לשתף עמו פעולה במאבק נגדם.

לכוכב הלכת שאליו הוגלה הארי מייבורן נשקפת סכנת נפילה בידי הגאולד והצוות נדרש לצאת לחלצו. בהגיעם לשם, הם מגלים שהתושבים הפרימיטיביים יחסית הפכו את מייבורן למלכם.