חברי הצוות נאלצים להשתתף בסמינר על הטרדה מינית, במהלכו נודע להם על מפקדת בחיל הים שנמצאה מתה. מתברר שהיא נחנקה מפחמן דו-חמצני, בתוך הרכב הרובוטי שהיא עזרה לפתח.

גופה חרוכה וחנוטה כמומיה נמצאת בבסיס מארינס, והצוות נקרא לחקור. התפתחות החקירה מובילה לכך שהצוות צריך לעבוד עם האף.בי.איי. בינתיים, הסוכנים כועסים על מקגי שכתב רומן ובו דמויות המזכירות אותם.

אחותו הצעירה של מקגי מופיעה בדירתו מכוסה בדם, ואינה זוכרת מה קרה. כאשר הוא הולך לקולג' בו היא לומדת כדי לברר עוד פרטים, הוא מוצא את צוות המז"פ סביב גופתו…

אדם נופל אל מותו ממרפסת מלון, במהלך מפגש של אנשים בעלי שם. מסתבר שהוא היה חייל מארינס עטור שבחים, שהפך להומלס לאחר ששוחרר מהצבא.

הצוות נקרא לחקירה, כאשר במהלך ליל כל הקדושים חייל מארינס מותקף בביתו, ונראה שבתו נחטפה.

הצוות חוקר פיצוץ שהתרחש בקאנטרי קלאב של הצבא והרג קולונל במארינס, ועובד יחד עם יחידת חקירה צבאית. בינתיים, טוני שומר על אהבתו החדשה בסוד מהצוות.

גופתו הרקובה של חייל מארינס נעדר נמצאת בבית נטוש, לאחר שמישהו חפר והוציא אותה מהחצר האחורית.

רצח קצין זוטר, שעבד תחת זהות בדויה, מוביל את הסוכנים למרגל רוסי. סוכנים מביטחון פנים משבשים את החקירה, כאשר מתברר שהסוכן עובד עבורם.

מפקדת בחיל הים נעדרת ומכוניתה נמצאת, נטושה ומלאה בדם. שפרד מעלה בפני טוני הצעה העשויה לשנות את הקריירה שלו.

גיבס פרש ונסע למכסיקו, וטוני מפקד כעת על הצוות. זיווה עדה לרצח פוליטי והופכת לחשודה בעיני האף-בי-איי הצוות מחפש אחריה, ואילו היא מחפשת אחר האדם היחיד שהיא יודעת שיוכל לעזור…

גיבס חוזר זמנית לצוות כסוכן, כאשר אסיר שהוא ופורנל שלחו לכלא בורח והופך לאיום עבור פורנל ובתו הקטנה.

בפרק סיום העונה, הצוות מנסה לבלום התקפת טרור נגד חיל הים, בזמן שגיבס, שעדיין מתאושש מפציעתו, סובל מאובדן זיכרון.

סוחר סמים מובא לתחקור ביחידה, אך נופל ומת במעלית. אחיו של האדם, עדיין לא עודכן בדבר מותו של האח, מתקשר ומודיע שהוא חטף את שפרד ושיהרוג אותה אם לא יחזירו…

גיבס נפגע בפעולת טרור וטוני לוקח את הפיקוד, למורת רוחם של כמה מחברי הצוות. גיבס חווה פלאשבקים מעברו שמציפים אותו ברגשות שהודחקו.

הצוות חוקר סביב בית הארחה של משפחות של חיילים, לאחר שנמצא חדר מטונף בדם וברקמות אדם. דאקי מגלה שהממצאים נלקחו משלוש גופות שונות שנותחו באופן מקצועי.

חברה ביחידת ההצפנה של משרד ההגנה נמצאת מתה כתוצאה מהתאבדות, כאשר הצוות נמצא בפנטגון במרדף אחר חפרפרת. אבי מגלה שמישהו היה עם הקורבן בעת מותה.