הצ'יף מודיע על פרישתו וכל ראשי המחלקות פותחים במרוץ אחר התפקיד. סלואן מחליט שלא לעזוב לאחר שהוא מבין כי תפקיד הצ'יף יכול להיות שלו. ביילי מנסה להשיג סיוע מהעמיתים כדי…

ג'ורג' מבין שאבא שלו התעקש להמשיך בניתוח למרות מצבו הקשה. מרדית שואלת את אבא שלה על חלקו בגירושין מאמה, ולא מבינה מה בדיוק היא ירשה ממנו מאחר והם שונים מאוד…

הכימיה בין איזי לג'ורג' בעייתית והם מתאמצים להצליח. ד"ר האן מייבשת את יאנג. לשפרד נמאס לשרת כל הזמן את הבוס, מרדית ממש לא סובלת את לקסי וביילי מחפה על טורס.

הבוס מזמין את שפרד ושפרד מצרף את סלואן לערב גברים. קאלי מבקשת מסלואן שישפיל את ג'ורג'. כריסטינה מנסה להשתחל לניתוחי הלב של ד"ר האן ואיזי שוב נתקלת בחולה עם דרישות…

כאשר הניתוח של מר אומאלי מתקרב, הוא מתחיל לחשוד עד כמה שמצבו הוא רציני, איזי עושה צעד חיובי בכך שהיא מצטרפת לניתוח, ומרדית ממשיכה להתחמק מאביה.

מרדית רוצה להביא את אמה למנוחות. במקביל היא מנסה לגייס חדר ניתוח ומתנדבים שיבצעו ניתוח לבניית אוזניים בחינם לילד ללא אוזניים. אווה מבקרת את אלכס. העבר הרומנטי של יאנג רודף…

קאלי אומרת שהיא סולחת לג'ורג' וקובעת עם איזי לדבר בצהריים. יאנג מתעללת באחות של מרדית ושפרד מרסן אותה. קרב מגלה מה איזי עשתה וקשה לו לסלוח לה. האחיינית של הבוס…

כולם אומרים ומגלים אמיתות כואבות. לקסי ומרדית, משולש ג'ורג'-איזי-קאלי, מרדית וכריסטינה ושפרד.

אמו של בורק מגיעה אל בית החולים כדי לדבר עם כריסטינה. כריסטינה מתחמקת. ג'ורג' מחליט לספר לקאלי את האמת. קאלי מתקשה בתפקידה החדש. מרדית שוב הודפת את לקסי ואת שפרד.

ביילי כועסת שלא קיבלה את תפקיד המתמחה הראשית. ג'ורג' מתוסכל כי עליו לחזור על שנת ההתמחות ומתחמק מאיזי שעדיין אוהבת אותו. לקסי, אחותה למחצה של מרדית מגיעה להתמחות בביה"ח שלה.

פרק אחרון לעונה, בכוח החקירה מאמינים שתיק "הקצב מביי הארבור" נסגר, אבל לדקסטר יש עוד כמה בעיות להתמודד איתן.

דקסטר חייב לקבל החלטה רצינית שתשפיע על כל האנשים הקרובים לו. ליילה בינתיים חוזרת עם סוד כדי לסחוט את דקסטר.

דוקס עוקב אחרי דקסטר לזירת הפשע הבאה שלו ומכניס אותו להלם עם חשיפה לגביי הארי. כוח החקירה של "הקצב מביי הארבור" מרגישים שהם מצאו את החשוד העיקרי שלהם.

דקסטר מבין שיהיה לו קשה לגמור את הקשר עם ליילה. דקסטר מנסה להקדים בצעד את המצוד אחר "הקצב מביי הארבור" כשהיא מתגברת. אויב של דקסטר מגלה את סודותיו האפלים.

דקסטר מותקף ע"י האיש שרצח את אימו. בינתיים, ליילה מנסה להתקרב לדקסטר, וכמו-כן גם דברה ולאנדי מתקרבים.

דקסטר מצליח להוריד את דוקס מהגב שלו. הוא ממציא תוכנית שתגרום למשטה ללכת בכיוון הלא נכון. מערכת היחסים בין ליילה ודקסטר גדלה.

חקיין שרוצח והולך בדרכו של "הקצב מביי הארבור" מתגלה. דקסטר מגלה שהוא צולם מנקה את סירתו מדם והוא חייב להרוס את ההקלטה.

דקסטר מגלה שאחד מהאנשים שרצחו את אימו עדיין מסתובב חופשי. כשהוא מספר זאת לליילה, היא מציעה לו להתעמת איתו פנים-מול-פנים, כחלק מההחלמה מההתמכרות שלו ומתעקשת לבוא איתו לחיפוש.

אמה של ריטה מגיעה לביקור, ומרגישה שמשהו לא בסדר עם דקסטר. מאסוקה חושב שהוא מצא התפתחות בתיק של "הקצב מביי הארבור", מה שמדאיג מאוד את דקסטר.

דקסטר מוצא לעצמו קורבן חדש: רוצח שמוכר מכוניות משומשות. ריטה חושבת שדקסטר מכור לסמים ומכריחה אותו להכנס לתוכנית גמילה. בתוכנית הגמילה דקסטר פוגש באישה סקסית ומיסתורית בשם ליילה.

דקסטר מגלה שקשה לו להשלים עם רציחת אחיו. מגיע לתחנה סוכן אף-בי-איי מפורסם כדי להוביל את תיק "הקצב מביי הארבור". דברה ממשיכה להתמודד עם זכרונות העבר.

דברים מתחילים לצאת מכלל שליטה אצל דקסטר: החשדות של דוקס לגביו גדלים, הקורבנות שלו נמלטים והמקום שבו הוא משליך את הגופות מתגלה. בינתיים דברה עוברת טראומה בעקבות המקרה עם "רוצח…

המפעיל של סוזן לא מרוצה מהתקדמותה ופוקד עליה להפעיל תכנית חילוץ שעלולה לסכן את מייקל. סופיה מגלה פרטים חדשים על העבר של וויסלר. מהון מנסה להעיד אבל הגמילה משפיעה עליו.

מייקל משתמש בקרב עם ויסלר כהסחת דעת. הם מנסים לברוח בחסות המהומה, אבל המצב משתבש והם נאלצים להילחם. מעמדו של לוצ'רו כמנהיג הכלא מתערער והוא מאשים את מייקל בכך. העסקה…

יום הבריחה מגיע. מייקל מאיים על ביטול כל עניין הבריחה בתנאי שהוא יראה הוכחה חדה ומוכחת ששרה עדיין חיה. טיג, שעקב אחרי ויסלר, נרצח, והחשד נופל על ויסלר ולמאהון יש…

לכלא מגיע אדם חדש, אנדרו טייג, שמתעקש שהוא מכיר את ויסלר וששמו מקפדן. מייקל מתכנן בריחה לאור יום ומנסה ללמוד את הרגליהם של השומרים. לינק וסופיה מתכננים אמצעי מילוט לחבורה…

לינקולן מקבל חבילה מסוזן שמבהירה לו שכדאי לו ולמייקל להצליח בתוכנית הבריחה. מייקל ממשיך לתכנן את הבריחה ומנסה לבדוק את השטח מחוץ לכלא. טי-באג מנסה להתקדם בסולם הדרגות בצוות של…

ויסלר מספר למייקל איך הסתבך עם החברה. מייקל מנסה ליצור קשר עם שרה אבל הטלפון היחידי בכלא נמצא אצל לוצ'רו ומייקל נאלץ לסמוך על טי-באג שיעזור לו. מהון ממשיך להיאבק…

מייקל מוצא את ויסלר, אבל מתברר שיש פרס על ראשו, וכשמהון מגלה שהוא נמצא בביוב הוא מחליט למצוא אותו ולהסגיר אותו, תמורת שחרורו האפשרי. לינק עוקב אחרי חברתו של ויסלר.

עונה שלישית, כלא חדש, צרות ישנות. סקופילד מצא את עצמו שוב בכלא, הפעם בכלא סונה שבפנמה, בלי תכנית בריחה וללא לינק שקיבל חנינה נשיאותית. האם יכול להיות שהוא שפן ניסיונות…

סוכרה יוצא מביה"ח כדי לחפש את מריקרוז, פוגש את בליק ומנסה להוציא ממנו מידע. מייקל נותן למהון את האנייה. כשקים מגיע למחסן שבו כלא מהון את מייקל ואת לינק מתפתח…

מייקל, סוכרה ובליק נפגשים ליד מלון "פין דל קמינו" כדי לתפוס את טי-באג, אך העניינים מסתבכים. לשרה נערך משפט ומוצעת לה עיסקת טיעון אכזרית.

מייקל ולינק מפליגים לפנמה. סוכרה נאלץ לשתף עם בליק פעולה כי הוא אומר לו שכלא את מריקרוז בבור. וילר נותן לסי-נוט זהות בדויה תמורת עדות נגד מהון. סוכרה מודיע למייקל…

טי-באג מאבד את המיליונים בשדה התעופה במקסיקו. מייקל מצליח להעביר פתק לנשיאה. בליק מוצא את סוכרה וזה מציע לו עסקה. הנשיאה מודיעה הודעה דרמטית.

מהון שולח את בליק למקסיקו לתפוס את סוכרה. מייקל ולינקולן יוצרים קשר עם קופר גרין, איש "החברה" ששהם אמורים לתת לו את הקלטת שמנקה את לינקולן מאשמה. קים מודיע למהון…

מייקל ושרה כמעט נתפסים במועדון הסיגרים אך מגלים שהנרי פופ, חבר במועדון. טי-באג נוסע עם סוזן ועם ילדיה לאלבמה, להקים לעצמו משפחה. בתו של סי-נוט חולה מאוד. סוכרה נפגש עם…

שרה פוגשת את מייקל ולינק ומגלה שקלרמן הוא השותף החדש שלהם. סי-נוט נקלע למסעדה כשמגיע אליה שודד. טי-באג מחליט לעבור עם המשפחה של סוזן למקום אחר. מהון מוציא את בליק…

מייקל, לינק וקלרמן חוטפים צלם טלוויזיה ומצלמים קלטת שבה הם חושפים את הקונספירציה סביב טרנס סטדמן. הקלטת ומעוררת דאגה גדולה אצל קים. הנשיאה מתקשרת לקלרמן. סוכרה ממשיך במסעו הארוך במקסיקו.

מייקל ולינק מגיעים עם קלרמן לבית של סטדמן וקלרמן מסביר שסטדמן נעדר כל סימני זיהוי. טי-באג הופך את סוזן וילדיה לבני ערובה. אשתו של סי-נוט, נשפטת על סיוע לפושע. בראד…