הצוות יוצא לחקור את רצח בנו של כומר מקומי, ומגלה כי כנראה מדובר בפשע שנאה.

לאחר שגופתו של חייל מארינס מתגלה בשדה תירס, הצוות חוקר בבסיס מודיעין הנעזר בילדים גאונים לפצח צפנים צבאיים.

הפסקת חשמל מתחוללת בכל רחבי וושינגטון, ובמהלכה נרצח אחד מעובדי צוות הבידור של הצבא. הצוות יוצא לחקור את העניין.

כאשר סירתו של גיבס מופיעה באופן מסתורי בסן דייגו עם שני אנשים עליה, הצוות יוצא לחקור את העניין.

כאשר רופא נרצח, המפקח ואנס מופיע בזירת הפשע וטוען כי ראה כבר מקרה רצח דומה בעבר.

בערב האלווין, הצוות חוקר את מה שנראה כמו התאבדות של הקצין ג'יימס קורבי, שנמצא מת במכוניתו.

הצוות פוצח בחקירה כאשר שיירי גופתו של החייל הנעדר דניאל קרייר נמצאים בחוף ליד טנזניה.

הצוות חוקר את מותו של הבלוגר הפוליטי מאט ברנס, שנדחף מגשר באופן מסתורי.

בפתיחת העונה השביעית, מספר חודשים חלפו מאז שגיבס השאיר את זיוה בישראל, ואיש מחברי הצוות לא שמע ממנה מאז.

הצוות חוקר מסיבת רווקים בה כל שלושת האורחים נרצחו והושארו במקומות ובמצבים מוזרים במיוחד.

הסוכן ריבקין מת מפצעיו בבית החולים חרף נסיונותיה של זיוה לעזור לו, בעוד דירתה של זיוה נהרסת בהתפוצצות. חברי הצוות נוסעים לישראל בהזמנתו של ראש המוסד, אלי דוד.

לאחר שפריצה למשרדי חיל הנחתים מובילה למותו של סוכן רשויות ההגירה, גיבס וצוותו נאלצים לעבוד יחד עם אנשי משרד ההגירה בנסיון לפתור את המקרה.

עם הגעתו של סוכן המוסד מיכאל ריבקין, טוני נאלץ לחקור את נאמנותה של זיוה ל-אן-סי-איי-אס. בינתיים בלוס אנג'לס, הסוכן המיוחד קיילן עובד במסווה בנסיון ללכוד את חברי תא הטרור הרדום.

בפרק מיוחד המצטלב עם סדרת הספין-אוף "אן-סי-איי-אס: לוס אנג'לס", שני הצוותים נפגשים בלוס אנג'לס במטרה לפענח רצח של חייל מארינס, כאשר הרוצחים שייכים, כנראה, לתא טרור רדום.

כאשר סוכן הסי-איי-איי טרנט קורט מתקשר לבקש טובה, גיבס מסכים לפגוש אותו במחסן נטוש. בהגיעו למקום, גיבס מוצא את הסוכן עם שני גברים מתים – כשהסוכן טוען שהם ירו אחד…

כאשר מדען ממשלתי נעדר, אבבי נקראת בידי ראש הפרוייקט להמשיך את פעילותו, אך חברי הצוות חוששים שמצפה לה גורל דומה.

אקדח נמצא בין חפצי בנו בן ה-12 של קצין בחיל הנחתים. גיבס והצוות נקראים לחקור מאיפה הגיע הנשק.

גיבס חוקר על עברו של ואנס לאחר שהוא מגלה כי המנהל לקח אנשים מחברי הצוות שלו כדי לחקור רצח של חבר ילדות.

חייל מארינס שנכלא בעוון מעילה עקב מקרה שדינוזי עבד עליו שלוש שנים קודם לכן משוחרר ממאסרו, והקצין שהעיד נגדו בעבר – נרצח.

כאשר סוכן האן-סי-איי-אס ג'ק פטרסון נהרג בתאונת פגע וברח, אביי חשה אחראית על כך היות והיא היתה אמורה להיפגש איתו.

בעוד חברי הצוות חוקרים את מותו של קצין במארינס, הם מוצאים את תעודת המארין של גיבס בזירת הפשע.

הצוות חוקר את מקרה רציחתו של קצין בכיר בחיל הנחתים, ומגלה מעשי בוגדנות שהקצין ביצע בעברו – מה שעשוי היה להוביל לרציחתו.

במהלך חקירת מותו של מלח, דאקי מותקף בידי צופה מהצד, באותו כלי נשק ששימש לביצוע הפשע המקורי.

בעודו חוקר רצח של קצין נחתים שרק שלדו נמצא, מק'גי מגיע לכלא נשים, בנסיון לשוחח עם אסירה שביצעה שני פשעים דומים בעבר, ולבדוק אם היא אשמה בפשע.

כאשר השריף פורבס מספרת לדיימון על התקפה נוספת, הוא מציע לרדוף אחר הרוצח ומקבל מידע מדהים על מייסדי העיירה.