הצוות פוצח בחקירה כאשר שיירי גופתו של החייל הנעדר דניאל קרייר נמצאים בחוף ליד טנזניה.

הצוות חוקר את מותו של הבלוגר הפוליטי מאט ברנס, שנדחף מגשר באופן מסתורי.

בפתיחת העונה השביעית, מספר חודשים חלפו מאז שגיבס השאיר את זיוה בישראל, ואיש מחברי הצוות לא שמע ממנה מאז.

הצוות חוקר מסיבת רווקים בה כל שלושת האורחים נרצחו והושארו במקומות ובמצבים מוזרים במיוחד.

הסוכן ריבקין מת מפצעיו בבית החולים חרף נסיונותיה של זיוה לעזור לו, בעוד דירתה של זיוה נהרסת בהתפוצצות. חברי הצוות נוסעים לישראל בהזמנתו של ראש המוסד, אלי דוד.

לאחר שפריצה למשרדי חיל הנחתים מובילה למותו של סוכן רשויות ההגירה, גיבס וצוותו נאלצים לעבוד יחד עם אנשי משרד ההגירה בנסיון לפתור את המקרה.

עם הגעתו של סוכן המוסד מיכאל ריבקין, טוני נאלץ לחקור את נאמנותה של זיוה ל-אן-סי-איי-אס. בינתיים בלוס אנג'לס, הסוכן המיוחד קיילן עובד במסווה בנסיון ללכוד את חברי תא הטרור הרדום.

בפרק מיוחד המצטלב עם סדרת הספין-אוף "אן-סי-איי-אס: לוס אנג'לס", שני הצוותים נפגשים בלוס אנג'לס במטרה לפענח רצח של חייל מארינס, כאשר הרוצחים שייכים, כנראה, לתא טרור רדום.

כאשר מדען ממשלתי נעדר, אבבי נקראת בידי ראש הפרוייקט להמשיך את פעילותו, אך חברי הצוות חוששים שמצפה לה גורל דומה.

כאשר סוכן הסי-איי-איי טרנט קורט מתקשר לבקש טובה, גיבס מסכים לפגוש אותו במחסן נטוש. בהגיעו למקום, גיבס מוצא את הסוכן עם שני גברים מתים – כשהסוכן טוען שהם ירו אחד…

אקדח נמצא בין חפצי בנו בן ה-12 של קצין בחיל הנחתים. גיבס והצוות נקראים לחקור מאיפה הגיע הנשק.

גיבס חוקר על עברו של ואנס לאחר שהוא מגלה כי המנהל לקח אנשים מחברי הצוות שלו כדי לחקור רצח של חבר ילדות.

חייל מארינס שנכלא בעוון מעילה עקב מקרה שדינוזי עבד עליו שלוש שנים קודם לכן משוחרר ממאסרו, והקצין שהעיד נגדו בעבר – נרצח.

כאשר סוכן האן-סי-איי-אס ג'ק פטרסון נהרג בתאונת פגע וברח, אביי חשה אחראית על כך היות והיא היתה אמורה להיפגש איתו.

בעוד חברי הצוות חוקרים את מותו של קצין במארינס, הם מוצאים את תעודת המארין של גיבס בזירת הפשע.

הצוות חוקר את מקרה רציחתו של קצין בכיר בחיל הנחתים, ומגלה מעשי בוגדנות שהקצין ביצע בעברו – מה שעשוי היה להוביל לרציחתו.

במהלך חקירת מותו של מלח, דאקי מותקף בידי צופה מהצד, באותו כלי נשק ששימש לביצוע הפשע המקורי.

בעודו חוקר רצח של קצין נחתים שרק שלדו נמצא, מק'גי מגיע לכלא נשים, בנסיון לשוחח עם אסירה שביצעה שני פשעים דומים בעבר, ולבדוק אם היא אשמה בפשע.

כאשר השריף פורבס מספרת לדיימון על התקפה נוספת, הוא מציע לרדוף אחר הרוצח ומקבל מידע מדהים על מייסדי העיירה.

המורה החדש והמסתורי להיסטוריה, אלאריק סלצמן, מעניק לג'רמי הזדמנות. דיימון מגלה לסטפן את הסיבה המדהימה שגרמה לו לחזור למיסטיק פולז.

היכולות של בוני מפתיעות את דיימון. אליינה מבקשת מג'רמי להפסיק להתראות עם ויקי. מאט מביא את ויקי לבית רדוף רוחות אך אירועים לא צפויים הופכים את הביקור למבעית.

המורה החדש והמסתורי להיסטוריה, אלאריק סלצמן, מעניק לג'רמי הזדמנות. דיימון מגלה לסטפן את הסיבה המדהימה שגרמה לו לחזור למיסטיק פולז.

סטפן חושף באוזני אליינה את קורות משפחת סלבטור וכיצד החלה היריבות שלו עם דיימון. בהווה, דיימון משתלט על עתידה של ויקי.

סטפן מלא תקווה לגבי תוכניתו להיפטר מדיימון ומחליט לחשוף חלקים מעברו באוזני אליינה. בוני פונה לסבתה כדי לקבל ממנה עצה.

סטפן מלווה את אליינה למסיבת המייסדים של העיירה. דיימון מספר לאליינה את קורות משפחת סלבטור ומותיר אותה עם שאלות שסטפן מסרב להשיב עליהן.

אליינה מגיעה לבית סלבטור כדי לשוחח עם סטפן אולם מוצאת שם דווקא את דיימון. דיימון חושף מידע מפתיע על עברו של סטפן.

אליינה מזמינה את סטפן ובוני לארוחה, בתקווה שייווצר ביניהם קשר, אולם הגעתם הלא צפויה של דיימון וקרוליין משבשת את הערב.

אליינה בת ה-17 שרויה בהלם בעקבות מות הוריה. היא נמשכת אל תלמיד חדש וחתיך בשם סטפן, שמסתיר סוד אפל.

וולט מנסה להחזיר את חייו ואת חיי ג'סי למסלולם כשהוא מתכונן לניתוח ומבקש להסתיר את מקור כספו מסקיילר ומוולט ג'וניור.

וולט מחמיץ את הלידה של בתו כדי להשלים עסקת סמים גדולה ומתעמת עם החברה של ג'סי על חלקו במזומנים.

סקיילר נמצאת בשלבים האחרונים של הריונה ורגשותיה חצויים. מותו של סוחר סמים מחייב את וולט לחפש מישהו אחר שיכול לקנות כמות גדולה של מת'.

לאחר שוולט מקבל חדשות טובות לגבי טיפולי הסרטן, הוא תוקף את גיסו לפני שהוא מפנה את תשומת לבו לתיקון המצב בבית.

מעצרו של באדג'ר מחייב את וולט וג'סי לשתף פעולה עם עורך דין מפוקפק.

וולט חושש שלא נותר לו זמן רב לחיות. מתוך דאגה לעתידה הכלכלי של משפחתו הוא מגייס את ג'סי למרתון ייצור מת'.

המוניטין של ג'סי כסוחר סמים רציני גורם לוולט לתכנן הרחבה של הפעילות, והסתערותו של האנק על משרדי הרשות למלחמה בסמים באל פאסו מערערת אותו.

ג'סי רודף אחרי המכורים שגנבו את אספקת הסמים של 'פיט הרזה' ווולט הוגה סיפור כיסוי כדי להסביר כיצד הוא משלם על טיפוליו.

האנק מנסה להתאושש לאחר מפגש עם טוקו. ג'סי מרכיב צוות כדי שיוכל להזרים יותר מוצרים לרחוב.

וולט מתאמץ לגשר על הריחוק ההולך וגדל בינו ובין סקיילר, וג'סי הופך לחסר בית לאחר שהוריו מגרשים אותו מביתם.

האנק קרוב לחשיפת חלקו של וולט בעולם הסחר בסמים, וזה רוקם תוכנית כדי לטשטש את עקבותיו.

כשהרשות ללוחמה בסמים יוצאת למצוד אחר טוקו, סקיילר מגייסת את האנק לחפש את וולט.