צוות פרינג' חוקר סדרת אירועי קצירת איברים מסתוריים הקשורים זה לזה. פיטר מגיע להשלמה עם המציאות של היחסים שלו עם אוליביה.

אוליביה מנסה למצוא בעל ברית שיעזור לה. בינתיים מתגלה מכשיר חדש המאפשר תקשורת בין העולמות.

ביקום המקביל, אוליביה מנסה להתמודד עם סדרה של חטיפות. היא חוברת להנרי ומגייסת אותו למשימה סמויה לחזור הביתה.

ביקום החלופי, הצוות חוקר תקרית חריגה בה 15 אנשים סובלים משיכחה בעת שהם מאזינים לאותו תדר. פיטר ממשיך בניסיונותיו להרכיב מחדש את מכשיר ההרס.

צוות פרינג' של היקום החלופי חוקר מקרה של פירצת אבטחה באזור אמבר, דרכה אדם הבריח את אחיו התאום. וולטרנייט ממשיך בניסויו על אוליביה, וזו ממשיכה לחוות חיזיונות על שובו של…

ניוטון נאלץ לקרוא לעזרה למשנה צורה חבוי. כשוולטר ושאר הצוות אוספים ראיות, הם מעבירים את החקירה למאסיב דינאמיק, שם אוליביה מכניסה את עצמה לערנות גבוהה כשוולטר מוצא עצמו במצב מסוכן.

הצוות חוקר סדרה של אירועים אנומליים הגורמים לתקלות קטלניות. כאשר הקטל המוזר ממשיך להתרחש. המזכיר בישופ משתף את תוכניתו האסטרטגית עם קולונל ברוילס בעוד אוליביה נאבקת בחזון עוצר נשימה.

הצוות בעולם המקביל חוקר תעלומה בה אנשים מתגלים במצב טראנס אשר בסופו של דבר מוביל למותם. מידע חשוב מתגלה כאשר נינה וולטר נפגשים לרגל קריאת צוואתו האחורנה של ויליאם בל.

לאחר האירועים המדהימים אשר השאירו את אוליביה תקועה ביקום המקביל, היא עושה מאמצים לחזור לעולמה. בו בזמן פיטר וולטר חוזרים לחייהם מבלי לדעת שלצידם אוליביה מהעולם האחר.

בחלקו השני של פרק סיום העונה, הקרבות יעשו ושני היקומים לעולם לא יהיו אותו דבר לאחר שוולטר ואוליביה ביקרו בצד השני.

בחלקו הראשון של פרק סיום העונה, וולטר ואוליביה עוברים ליקום המקביל, והפגישה הצפויה בין וולטר בישופ ו-וויליאם בל מתרחשת.

בזמן שוולטר מתמודד עם חדשות מעציבות, הוא מספר לאחיינית של אוליביה, אלה, סיפור הכולל הופעה מוזיקלית.

פיטר חובר עם השריף המקומי, השריף מת'יס, בקשר לסדרת רציחות עם קשרים לניוטון. בינתיים, וולטר מתמודד עם האפשרות להישלח חזרה לסנט קלייר ומישהו מ-"הצד השני" עושה ביקור.

וולטר חוקר את גופותיהם של נער ונערה. אוליביה ופיטר הולכים לחפש תשובות ב-"מאסיב דיינמיקס". פיטר מגלה סוד משפחתי לאוליביה בזמן שוולטר מנסה להיזכר במה שניוטון מכנה "בניית דלת".

כשנוסעים ברכבת עוברים מוות משתק, פיטר חושד שמשהו לא כשורה עם וולטר, שמתקשה להסתיר מפניו את הסוד. סדרה של נסיבות אירוניות עולה על פני השטח כשהחקירה מובילה אותם אל איש…

וולטר נזכר בשנת 1985 בזמן שהוא מסביר על המציאות החלופית לאוליביה. בפרק, אמו של פיטר מוצגת ופרטים על העולם החלופי מאשרים שיש יותר מאחד מכל דבר.

כשאישה בריאה מתה ממחלה שמעולם לא לקתה בה, מחלקת פרינג' יוצאת לחקור לפני שהמחלה תגבה קורבנות נוספים. אוליביה מתקשה להסתיר את סודו של וולטר מפיטר ונאמנותה נבחנת כשהזמן עובר.

לאחר שרעידת אדמה קטלנית מתרחשת, וולטר נחוש כי הגורם לרעידה לא היה גאולוגי. בעוד אסון נוסף מתקרב, הצוות נוסע למקום בו וולטר ו-וויליאם ערכו ניסוים; מה שמאלץ את אוליביה להתמודד…

הצוות מגיע לטקס חתונה ומוצא את אורחיו מתים כתוצאה מניסוי בנשק קטלני. וולטר מגלה נוסחה מדאיגה המתקשרת לאביו. עם האיום הגובר של עוד התקפות, הצוות מנסה הכל כדי לעצור מתקפות…

כשוירוס קטלני מתפשט בבניין משרדים בעת חקירה, המרכז לבקרת מחלות מטיל הסגר על המקום ומשמיד את הפתוגנים. כשהם בתוך הבניין יחד עם עובדי הבניין, פיטר ואוליביה מתמודדים נגד תנאים מאיימים.

צוות פרינג' חוקר תופעה בלתי מוסברת המעוותת את פניהם של אנשים. לאחר שמתברר שהאנשים המעוותים הצליחו להסתתר למשך זמן רב ויעשו כל דבר כדי להישאר ככה, החקירה עושה פניה לא…

לאחר שנערה בת עשרה עוברת מוות מוחי, אימה מתנקת את מכונת ההנשמה. אלא שהילדה המתה מתעוררת בפתאומיות תוך כדי צעקות של קוד אלפאנומרי ומתחילה לדבר רוסית שוטפת.

משמעות טיבו של ציר הזמן החלופי נחשפת בפרק זה. באי, ג'ק והאיש בשחור מוציאים לפועל את תוכניתם, בעוד שהניצולים נדרשים לבחור את בחירתם האחרונה.

ג'ייקוב מופיע בפני הניצולים מהפיצוץ של הצוללת ומספר להם לשם מה הם נבחרו. בינתיים בן מאחד כוחות עם לוק בזמן שהם מתכוננים לעימות הסופי עם צ'רלס ווידמור.

בפרק זה ייחשף סיפורו של ג'ייקוב, כיצד הוא ואחיו הגיעו אל האי, מערכת היחסים הלא פשוטה עם "אמא" שלהם, הריב שלהם ועל מה מגן ג'ייקוב על האי.

בעזרתו של ג'ק, לוק מצליח להציל את המועמדים מתוך המתחם של ווידמור, אבל התכניות שלהם לעזוב את האי נאלצות להשתנות. בלוס אנג'לס, ג'ק מנסה לשכנע את לוק לנסות ניתוח ניסיוני…

בזמן שהקרב בין לוק ו-ווידמור מתחיל, סויר מפעיל את התכנית שלו כדי לשנות את הבריתות. בלוס אנג'לס, הגורל ממשיך להתערב ולהפגיש את הניצולים המקוריים אחד עם השני.

מייקל מופיע בפני הארלי ונותן לו משימה חדשה. סעיד לוכד את דזמונד ושולח אותו ללוק. בלוס אנג'לס, דזמונד קובע פגישה בין ליבי והארלי כדי לקדם את המשימה שלו.

צ'רלס ווידמור מביא את דזמונד בחזרה אל האי כדי שהוא יוכל לבצע ניסוי אלקטרומגנטי מסוכן, אשר ישלח אותו בחזרה למציאות האלטרנטיבית בלוס אנג'לס, מציאות בה הוא מעולם לא פגש את…

המסתורין מאחורי הגעתו של ריצ'רד אלפרט לאי, חיי הנצח שלו והברית שלו עם ג'ייקוב מתגלים, כמו גם פרטים נוספים על המטרה של האי ועל מערכת היחסים בין ג'ייקוב ומפלצת העשן.

החיפושים של סאן וג'ין אחד אחרי השני נקטעים כשהצוות של ווידמור חוטף את ג'ין, ולוק יוצא לאי השני כדי להחזיר אותו. בינתיים בלוס אנג'לס, העבודה של ג'ין בשביל אביה של…