בעוד החבורה נמצאת בנאפה, מגלים ג'ולס וגרייסון שהחוק אינו מאפשר להם להינשא בים והם נאלצים לחשוב על פתרון אחר. טראוויס מפלרטט עם לורי ובסופו של דבר מתוודה בנוגע לרגשותיו כלפיה…

גרייסון מתלונן כי בכל יום, החבורה מתקבצת בביתה של ג'ולס בדיוק כמו בסרט לקום אתמול בבוקר. הוא משכנע את ג'ולס לברוח לעמק הנאפה כדי להתחתן, אך עד מהרה החבורה עולה…

ג'ולס מחליטה לקיים ארוחת חג ההודיה עבור כולם למרות שלא מעט חודשים נשארו עד התאריך הנכון של החג. טראוויס מתקשה לכתוב את נדרי הנישואין לחתונת אימו.

לאחר שביתו של גרייסון נפגע מסופת ההוריקן, הוא עובר לגור עם ג'ולס. לורי ואלי מבקשות מטראוויס שיכריע מי מביניהן יותר סקסית. בובי וג'ולס מוצאים אתגר מעניין להתחרות בו…

כשסופת הוריקן מכה בעיר, ג'ולס מרגישה שזהו זמן מעולה לקיים מסיבת הוריקן אצלה בבית. כעת, משהסתיים רומן ה-"סקייפ" של לורי, טראוויס רוצה להזמינה לדייט, אך ג'ולס נואשת להפריד בין השניים…

ג'ולס מתקשה מאוד לקבל את הולי בחייה וההרגשה מתעצמת כשהיא מגלה שהולי וטראוויס היו יחד בעבר. אנדי רוצה לרוץ לראשות העיר אך אלי לא מרשה לו…

ג'ולס וגרייסון מתקשים להגיע להבנות בכל הנוגע לתקציב וההוצאות שלהם. לורי צריכה להחליט אם היא מעוניינת להמשיך לעבוד אצל ג'ולס כעת, שעסק העוגות שלה מתחילה לנסוק.

אף אחד לא מאמין לאלי כשהיא טוענת שאמה נעימת המזג, היא בעצם משוגעת לחלוטין.גרייסון מסייע ללורי בהגשמת חלומה לפתוח עסק למכירת עוגות בוטיק.

טראוויס מבקש לקבל לידיו את האחריות להיות צלם החתונה של אימו וגרייסון, אך ג'ולס לא משוכנעת כי זהו הרעיון הטוב ביותר. בובי מתחיל להיות רציני בקשר ליחסיו עם אנג'י, אך…

ג'ולס מנסה להשאיר מאחור את עברו של גרייסון, אך כשהם פוגשים באהבה ישנה שלו, ומתברר כי הוא אבי תינוקה, הדבר מערים קשיים על הזוגיות בין השניים…

ג'ולס עוזרת לבובי לעבור בשלום את הדייט עם אנג'י, אלא שתיירים רבים מקוויבק מציפים את העיר בעקבות פסטיבל הסרטנים השנתי; טד ולהקתו שוהים בבית של ג'ולס.

מבט אחד הוא כל מה שדרוש על מנת שבובי יתאהב במרצה לצילום של טראוויס, אך זה אינו מסכים להפגיש ביניהם בשום אופן. לורי מנהלת מערכת יחסים דרך טוויטר עם חייל…

ג'ולס מרוכזת בהכנות לחתונה, וגרייסון מרגיש מחסור בתשומת לב; טראוויס עובר תאונה, וג'ולס חוששת לשלומו.

ג'ולס מבקשת גם מאלי וגם מלורי להיות השושבינות שלה משום שאינה מסוגלת לפגוע ברגשותיהן. גרייסון מחליט לבקש מצי'ק את ידה של ג'ולס באופן רשמי, וצ'יק מחליט לנצל עובדה זו כדי…

בפתיחת העונה ה-3, כולם אומרים לג'ולס שהיא צפויה מאוד, והיא נעלבת כי היא חושבת שזה אומר שהיא משעממת; סטאן מגלה סימני אלימות, וההורים שלו פוחדים ממנו.

בלום רוצה לחזור לגרדניה בחג המולד, אבל בנות טריקס בטוחות שקסם חג המולד הוא כוח חדש, והן רוצות לגנוב מבלום את הקסם הזה.

כדי להפעיל את כוח סיירניקס ולהיכנס לאוקיינוס האינסוף, הבנות צריכות למצוא את מקור הכוח של סיירניקס, שנמצא באגם רוקלוס, אבל טרייטנוס מגיע לשם לפניהן.

בנות וינקס פותרות את החידה האחרונה ומוצאות את המיקום של אבן האומץ. הן יעזבו את טקס ההתחדשות של כוכב דומינו כדי לחפש את השונית הצהובה ולעבור את המבחן האחרון במסע…

טרייטנוס ובנות טריקס מחזיקים בדפני ומנסים להוציא ממנה את הסוד של סיירניקס. כשהם לא מצליחים, בנות טריקס מחליטות לחטוף את בלום ומפריעות לתחרות רוכבי הרוח.

בנות וינקס ממשיכות בחיפוש האבן של האמפתיה, בזמן שטרייטנוס יחד עם בנות טריקס ממשיך בכיבוש עוד ועוד כוכבים ברחבי הממד הקסום.

באלפיה נערכת מסיבה של פיות ומומחים, אבל ליילה עצובה כי היא מתגעגעת לנאבו. סטלה מנסה להכיר לה חברים חדשים, אבל ליילה מוותרת. בנות וינקס ממשיכות לחפש את האבנים שחסרות להן.

בנות וינקס יוצאות למסע בעקבות ההוראות שבספר של סיירניקס, כדי למצוא אבנים שחבויות ברחבי כל הממד הקסום.

במימד הקסום מתקיימת תחרות בגריינור, והפיה שתנצח בה, תזכה לכוחות נוספים. גב' פרגונדה שולחת את בנות ווינקס לתחרות, אבל גם בנות טריקס מגיעות לשם. בנות ווינX מקבלות כוח חדש: הרמוניקס.

גב' פרגונדה שולחת את בנות וינקס למצוא את פרח הלילו כדי לשתול אותו בזמן באדמה. הן יוצאות לגרדניה ומחפשות את הפרח, ובאותו זמן גם בנות טריקס מחפשות אותו.

בנות וינקס מבינות שהן צריכות לחפש את הספר של סיירניקס, כדי לקבל עוד כוחות שיוכלו לעזור להן לנצח את טרייטנוס ובנות טריקס. בינתיים, טרייטנוס הולך וכובש עוד ועוד כוכבים.

בנות וינקס חוזרות לאלפיה, וכל הפיות שמחות לראות אותן. בינתיים אייסי, דרסי וסטורמי, חורשות מזימות יחד עם טרייטנוס כדי לכבוש את כל הממד הקסום.

בנות ווינקס מופיעות בפני תושבי גרדניה ורוצות לתרום את הכסף של ההופעה לניקוי חופי הים המזוהמים מנפט. בינתיים, הזיהום משפיע על טרייטנוס והוא הופך למפלצת, ובנות טריקס משתפות איתו פעולה.