ג'וג'ו נפגש עם אהבתו הראשונה, ארינה. אדם בשם ויליאם אנטוניו זפלי מפגין את הכוח המוזר שלו ומפציר בג'וג'ו להשמיד את מסכת האבן.

ג'וג'ו נותן לאביו את הנוגדן ומתעמת עם דיו, שתוקף אותו בסכין ומשתמש במסכת האבן המגואלת בדם.

ג'וג'ו נוסע ללונדון כדי לחקור חשד שאביו הורעל בידי דיו ופוגש את ספידווגון, מנהיג של כנופיית רחוב.

דיו ברנדו מצטרף למשפחה אריסטוקרטית לאחר מות אביו ונודר לגזול הכול מיורש המשפחה, ג'ונתן "ג'וג'ו" ג'וסטר.

צבי הנינג'ה נתקלים במוטציה חדשה שנלחמת בקראנג. מאוחר יותר הם מגלים כי למוטציה יש משהו ששייך לקראנג.

כנופיית הדרקונים הסגולים גונבת לאפריל את הטלפון. הצבים שיוצאים למשימה כדי להשיבו נתקלים באויב בלתי צפוי.

סנסיי מתיש את הצבים באימונים מפרכים. שרדר ונתיניו זוממים תכנית מרושעת נגד הצבים.

אפריל מותקפת על ידי מוטציה של יונה. צבי הנינג'ה נחלצים לעזרתה ומגלים שליונה היו מטרות אחרות.

אפריל לוקחת את הצבים למסעדת הנודלס של מוראקאמי. הצבים מצילים את מוראקאמי מבריונים שתוקפים אותו ואחר כך נאלצים להתמודד גם מול בראדפורד וזבר.

דוקטור טיילר רוקוול מדווח כנעדר. אפריל חושבת שאולי יש קשר בין המקרה הזה לחטיפה של אבא שלה, כיוון ששוב מדובר במדען. אפריל ודונטלו יוצאים לחקור את העניין.

דונטלו בונה רובוט שילחם במקומו. הוא שולח את הרובוט להלחם עם שאר הצבים כשהוא נשאר בבית ושולט בו משם. העניינים מסתבכים כשקראנג משתלט על הרובוט ודונטלו נאלץ לצאת לעזרתם.

ספלינטר מעניש את הצבים על שגלשו במאורה. הם יוצאים החוצה אף שהם בעונש ונתקלים באדם מוזר בעל שריון, שמתחזק לאחר שהוא משיג את ה"טי-פוד", נגן המוזיקה שדונטלו הכין משבב מיוחד…

מיכלאנג'לו רוצה שיהיה לו חבר אנושי. הוא מחליט להתחבר עם קריס בראדפורד, אך מתברר שהוא נשלח על ידי שרדר ורק מעמיד פני חבר כדי להגיע לספלינטר.

הצבים קיבלו מידע שהקראנג עומדים לפרוץ למעבדה. כאשר הם מופיעים, ויק מצלם וידאו של הצבים נלחמים בהם בטלפון והצבים צריכים להשמיד אותו.

הצבים מחליטים לנסות להציל את אפריל ואת אבא שלה שנחטפו.

ספלינטר מספר שוב לצבים איך הם הפכו למשפחה לפני חמש עשרה שנים. הוא מסכים לתת לצבים לעלות למעלה בפעם הראשונה.

פרק אחרון לעונה. מייקל מגלה שריילי שלחה את הקרטל להתנקש בו. במטרה לחסל אותה, הצוות מנסה לחשוף את השחיתות שלה.

בחלק הראשון של סיום העונה, סאם וג'סי נלכדים בשטח האש כאשר החבורה מנסה לברוח ונופלת לידי מארב.

מייקל מחפש מפלט לאחר שנקלע לניסיון נקמה של מבריח בלקוח שלו לשעבר, בעוד היציאות ממקום האירוע חסומות.

מייקל מסדר עסקה למכירת פיסת טכנולוגיה בעלת ערך, אך היא לא מתבצעת כשורה כאשר סאם מוצא את עצמו בשוד מסוכן. בינתיים, מדלין מגייסת את בארי עבור טובה מסוכנת.