הצוות לא מצליח לדובב את הילד. הם מבקשים את עזרתה של נינה ובכך חורצים את גורלה. נינה מוצאת דרך לחדור למוחו של הילד. וינדמארק חושף את נינה.

וולטר לוקח אל.אס.די ומתחיל להיזכר בימי העבר במעבדה. הרדיו מתחיל להשמיע אותות והחבורה מזהה את מקור האיתות על אי מבודד, שם הם מגלים שדונלד השאיר להם מתנה מסקרנת.

וינדמארק מגלה את הדירה של אטה ואת היכולות של פיטר. וולטר מודאג שהשפעת השבב על פיטר תהיה בלתי הפיכה. אוליביה הולכת לקחת מגנט חשמלי ופוגשת אישה שמחכה לה 21 שנים.

בקלטת החמישית וולטר אומר שצריך למצוא גלילים במחסן של ויליאם בל. וולטר מבקש מנינה שארפ, שעוזרת להם להיכנס למחסן, להסיר את חלקי המוח שהשתילה לו.

וולטר הולך בעקבות עוד קלטת לבית הרוס, שבו הוא מוצא אדם שחושב שהשנה היא 2016. בקלטת מתברר שוולטר ודונלד המסתורי הכינו שם מקום מסתור לילד בתוך "יקום כיס" שהזמן בו…

המחתרת מגלה ש-"המשקיפים" שולחים דרך חור תולעת ציוד לבניית מדלל האוויר. הם מחליטים להשמיד את המשלוח בעזרת קובייה שלקחו מ-"משקיף", אבל פיטר רוצה לגרום להרס רב יותר.

הצוות חודר לתחנת פן כדי להוציא את התכנית של וולטר, אבל וולטר לא מבין מה כתוב בה. וינדמארק מבין שיש בין שורותיו מרגלים של המחתרת. ברוילס פוגש את הצוות ומצייד…

הקלטות שולחות את הצוות לאזור מבודד בפנסילבניה. הם מוצאים שם חבורת אנשים עם נגעי עור קשים, שמקורם במכרה זהב נטוש, שממנו הם אמורים להוציא גבישי קוורץ לייצור אנרגיה.

וולטר מאבד את זיכרונו והצוות מחליט לחדור למעבדה שלו ב-"הרווארד", כדי לחפש תיעוד של התכנית למיגור המשקיפים.

בפתח עונתה האחרונה של הסדרה, פיטר ואלתה מחפשים את אוליביה בשנת 2036, בזמן שצוות פרינג' מצטרף למהפכה למיגור שלטונם של המשקיפים על העולם.

בפרק סיום העונה, חברי הצוות נדחקים אל גבולות מסוכנים, בעודם מנסים להציל כל ייצור חי ממזימותיו של דייוויד רוברט ג'ונס.

וולטר נאלץ לחיות מחדש את העבר שלו, בזמן חקירת סדרת התלקחויות אש ספונטניות של בני אדם. הצוות מתעמת עם דייוויד רוברט ג'ונס בכדי להציל את העולם.

רעידות אדמה מרובות קורות בו זמנית בעולם ובצד השני. וולטר מאמין כי הוא יודע את המשחק הסופי של דיוויד רוברט ג'ונס.

בשנת 2036, בעתיד בו המשקיפים שולטים ומעטי בני האדם ששרדו משרתים אותם, קבוצת פרינג' חדשה יוצאת במלחמה שתשנה הכל, אבל כדי לנצח הם חייבים להחיות דמות אגדית מהעבר שלהם.