לאחר שמחלה מסתורית תוקפת ילדים של חיילים, גיבס והצוות חוקרים את המקרה. אבי וג'ימי חוברים למרכז הרפואי לחקר מחלות של הצי כדי לגלות את מקור המחלה, מתוך תקווה למצוא תרופה.

סיבוכים צצים כאשר צוות אן-סי-איי-אס מגלה קשר בין קרבן רצח והחבר הנוכחי של אשתו לשעבר של גיבס והסוכן פורנל. סוכנת הסוכנות לביטחון לאומי, האנליסטית אלי בישופ, מנסה להסתגל לעבודתה החדשה.

צוות החוקרים נאלץ לבחון מחדש תאונת פגע וברח כאשר סוכנת אף-בי-איי לשעבר, שכעת עובדת כעורכת דין, מגלה לגיבס שהאליבי של הלקוח שלה מוצק. בינתיים, התנהגותו של טוני מעוררת את חשדו…

לאחר שמתגלה שמישהו צותת למזכירת הצי במהלך תדרוך חשאי, האנליסטית מהסוכנות לביטחון לאומי, אלי בישופ, שחזתה את התרחיש בדו"ח שכתבה שנתיים לפני כן, מצטרפת לחקירה של צוות אן-סי-איי-אס.

לאחר שגיבס עוזב במהלך חקירה כדי לעזור לאביו לחדש קשר עם טייס שהכיר במלחמה, טוני ומקגי נאבקים ביניהם על הובלת חקירת הרצח של סמל מחיל הנחתים.

סוכני אן-סי-איי-אס משתפים פעולה עם יחידת החקירה של משמר החופים כדי לחקור פיצוץ מסתורי על אסדת קידוח נפט. בינתיים, איש לא מוגן מפני תעלוליו של המותח המסתורי שמסתובב במשרדי הסוכנות.

דינוזו חוזר לימים שבהם היה שוטר במשטרת בולטימור כשהוא מזהה עבריין מתיק עליו עבד 15 שנה לפני כן בזירת רצח של חייל בצי ארה"ב.

רצח של אישה שהתחזתה לחיילת שנהרגה באפגניסטן מוביל את גיבס למקלט אפגני לנשים שנוהל בעבר על ידי מייק פרנקס.

טוני מגיע לישראל, נחוש לגלות מה עלה בגורלה של זיווה. בינתיים, גיבס והצוות ממשיכים במרדף אחר פרסה ורשת הטרור המתרחבת שלו.

צוות אן-סי-איי-אס נעזר בטוויטר כדי למצוא קצין צי שנעלם. בו בזמן, מקגי מאבד את התג ותעודת הזהות שלו אבל מסתיר את המידע מגיבס ומהרשויות.

בפרק הראשון לעונה, פיצוץ במהלך אירוע בוושינגטון הבירה גורם לפרסונס לשנות את זווית הראיה שלו בנוגע לצוות אן-סי-איי-אס. דינוזו ומקגי חוקרים את המקרה כאזרחים.

פרק סיום העונה. המפקח הכללי ממשיך לחקור את גיבס על כך שהוא עושה קיצורי דרך בדרכו לפתרון פשעים.הצוות חוקר את החוקר כדי לברר מדוע הוא מתעקש לתבוע את גיבס. נמצא…

טבח ממשחתת הצי מגלה שעוקבים אחריו אך אינו יודע מדוע. צוות אן-סי-איי-אס נחקר על ידי נציג מהמחלקה לבטחון בנוגע לתגובתם למקרה בודנר.

טוני וזיוה סובלים מחבלות קלות בעקבות תאונת הדרכים בה היו מעורבים. הצוות ממשיך לחפש את רוצח אביה של זיווה ואשתו של ואנס, הם מאתרים אותו, וזיוה זוכה לנקמה לה חיכתה.

אישה פונה לצוות אן-סי-איי-אס לאחר שמצאה את ביתה הפוך ובעלה נעדר. הבעל ירש לאחרונה קרן נאמנות ויתכן כי זו הסיבה לחטיפתו. טוני חושש כי זיוה מתכננת מבצע מסוכן כדי לנקום…

סוכן מוסד נהרג בעת שהמתין לאיש הקשר שלו. המנהל החדש של המוסד עובד עם גיבס ומק'גי כדי למצוא את הרוצח. זיוה וטוני נוסעים בעקבות רמזים לברלין כדי למצוא את רוצח…

במהלך סערה בים, נהרג רופא הספינה בשעה שכל צוות הספינה מנסה להציל חיים ולהשאיר את הספינה מעל לפני הים. מאוחר יותר מגלה הצוות כי הרופא נרצח בגלל סמים.

חייל מארינס נורה למוות. אלמנתו יוצרת קשר עם אן-סי-איי-אס לאחר שמגלה דוא"ל ממנו המלמד כי חקר מקרה רגיש. הצוות מגלה כי נרצח משום שחשף חפצי ערך גנובים. ואנס עורך ראיונות…