לאחר שמחלה מסתורית תוקפת ילדים של חיילים, גיבס והצוות חוקרים את המקרה. אבי וג'ימי חוברים למרכז הרפואי לחקר מחלות של הצי כדי לגלות את מקור המחלה, מתוך תקווה למצוא תרופה.
סיבוכים צצים כאשר צוות אן-סי-איי-אס מגלה קשר בין קרבן רצח והחבר הנוכחי של אשתו לשעבר של גיבס והסוכן פורנל. סוכנת הסוכנות לביטחון לאומי, האנליסטית אלי בישופ, מנסה להסתגל לעבודתה החדשה.
צוות החוקרים נאלץ לבחון מחדש תאונת פגע וברח כאשר סוכנת אף-בי-איי לשעבר, שכעת עובדת כעורכת דין, מגלה לגיבס שהאליבי של הלקוח שלה מוצק. בינתיים, התנהגותו של טוני מעוררת את חשדו…
לאחר שמתגלה שמישהו צותת למזכירת הצי במהלך תדרוך חשאי, האנליסטית מהסוכנות לביטחון לאומי, אלי בישופ, שחזתה את התרחיש בדו"ח שכתבה שנתיים לפני כן, מצטרפת לחקירה של צוות אן-סי-איי-אס.
סוכני אן-סי-איי-אס משתפים פעולה עם יחידת החקירה של משמר החופים כדי לחקור פיצוץ מסתורי על אסדת קידוח נפט. בינתיים, איש לא מוגן מפני תעלוליו של המותח המסתורי שמסתובב במשרדי הסוכנות.
בפרק הראשון לעונה, פיצוץ במהלך אירוע בוושינגטון הבירה גורם לפרסונס לשנות את זווית הראיה שלו בנוגע לצוות אן-סי-איי-אס. דינוזו ומקגי חוקרים את המקרה כאזרחים.
פרק סיום העונה. המפקח הכללי ממשיך לחקור את גיבס על כך שהוא עושה קיצורי דרך בדרכו לפתרון פשעים.הצוות חוקר את החוקר כדי לברר מדוע הוא מתעקש לתבוע את גיבס. נמצא…
טוני וזיוה סובלים מחבלות קלות בעקבות תאונת הדרכים בה היו מעורבים. הצוות ממשיך לחפש את רוצח אביה של זיווה ואשתו של ואנס, הם מאתרים אותו, וזיוה זוכה לנקמה לה חיכתה.
אישה פונה לצוות אן-סי-איי-אס לאחר שמצאה את ביתה הפוך ובעלה נעדר. הבעל ירש לאחרונה קרן נאמנות ויתכן כי זו הסיבה לחטיפתו. טוני חושש כי זיוה מתכננת מבצע מסוכן כדי לנקום…
סוכן מוסד נהרג בעת שהמתין לאיש הקשר שלו. המנהל החדש של המוסד עובד עם גיבס ומק'גי כדי למצוא את הרוצח. זיוה וטוני נוסעים בעקבות רמזים לברלין כדי למצוא את רוצח…
חייל מארינס נורה למוות. אלמנתו יוצרת קשר עם אן-סי-איי-אס לאחר שמגלה דוא"ל ממנו המלמד כי חקר מקרה רגיש. הצוות מגלה כי נרצח משום שחשף חפצי ערך גנובים. ואנס עורך ראיונות…