בעודם מחפשים את המוטגן החסר, הצבים נתקלים בסנאי שסולל את דרכו דרך גרונו של אדם חסר בית. לאחר שהם לוקחים את האדם למאורה לצורכי מחקר, הצבים מזדעזעים לגלות שהיצורים מתרבים…

שרדר יוצא ליפן כדי לטפל בעניין בהול, ומשאיר את קאראיי אחראית על הרגל. היא לוכדת את ליאונרדו וכופה עליו להילחם ברגל בוטים, גרסאות רובוטיות של נינג'ות הרגל, בניסיון למשוך את…

הצבים נחים על זרי הדפנה לאחר שהביסו את אויביהם המושבעים הקראנג ושרדר. במהרה הם מגלים שאויביהם לא נעלמו מן האופק ושהמסיבה נגמרה.

פרק אחרון לעונה. הצבים מגלים שאפריל נחטפה וספלינטר מתמודד מול שרדר. הם יוצאים להשיב את אפריל ולעצור את פלישת הקראנג לכדור הארץ.

הצבים מגלים שהקראנג עומדים להתחיל בשלב הסופי של התוכנית שלהם ויוצאים לנסות לעצור אותם ולהציל את העולם.

אפריל מקבלת מסר סודי מאביה. דוני, שמנסה למצוא חן בעיני אפריל, מפענח את ההודעה ויוצא למשימת יחיד להציל אותו.

הצבים בודקים מה זוממים הקראנג ונתקלים בביצה של יצור מוטנטי שמסבך אותם.

המכסח חוזר ומתברר שהוא עובד עם חיל רגלים. הוא מתנדב להפוך למוטציה כי הוא רוצה להיות כמו הצבים.

קאריי תוקפת את אפריל, אך הצבים לא יכולים להגיע לעזרתה, והיא נאלצת להתמודד מולה לבד.

כשמזימת הפלישה של קראנג מאיימת להשמיד את הצבים ולהעמיד את העולם כולו בסכנה, קאריי מציעה לצבים לכרות איתה ברית. לאחר שמסרבים לעצתה של קאריי, הצבים מחליטים בסופו של דבר שזה…

בעקבות קרב בין הצבים, שבט הרגל והקרנג, בקסטר סטוקמן משכנע את שרדר לאפשר לו להשתמש בתכנית חסינת תקלות. כוונתו האמתית כוללת נקמה בצבים , במכלאת כלבים ובפרצוף-דג על-ידי כך שימשוך…

שעה שהם מנסים לסכל את מזימתם של קרנג לקדוח אל תוך ליבת כדור הארץ, המקק המרגל של דונטלו עובר מוטציה בטעות. כשהצבים מוצאים אותו, הם מגלים שהמקק-גל סימן את רפאל,…

בזמן שהם פורצים לסביבה העוינת של מטה טי-סי-אר-איי לאחר שראש-עור מסר להם את מיקומו, הצבים מגלים את כוונתם האמתית של קראנג: לפתוח את השער לממד איקס ולפתוח בפלישה המונית.

בזמן שהם מוציאים את השריונית לנסיעת מבחן, הצבים פוגשים את המעריץ הראשון שלהם, נער מתבגר מחופש כדי להילחם בפשע, "הכותש". בקסטר סטוקמן מכין זוג רגליים קיברנטיות לפרצוף-דג באמצעות הטכנולוגיה של…

מאסטר שרדר ממשיך בניסיונותיו לחסל את הצבים. אפריל נתקלת באויבת בלתי צפויה, גברת זקנה, וקוראת לצבים לעזרתה. לאונרדו נתקל באויבת/ידידה מן העבר.

צבי הנינג'ה נתקלים באויב חדש, "מלך החולדות", שכשמו כן הוא שולט בכל חולדות העיר ניו-יורק. יחד הם יוצאים להילחם בו ולעזור למאסטר ספלינטר בצרה שאליה נקלע.

צבי הנינג'ה נתקלים באויב חדש, מוטציית צמח. רפאל קורא תיגר על מנהיגותו של לאונרדו. לאונרדו מכיר בחורה חדשה.

פרק סיום הסדרה. מייקל מתקשה לזכות מחדש באמונם של האנשים שבגד בהם, בעוד ג'יימס עובד בקדחתנות כדי למוטט אותו.