הקבוצה של ג'וטרו מגיעה אל המלון בסינגפור, אבל כשפולנרף מגיע לחדרו הוא נופל במלכודת של משתמש סטנד.

הקבוצה של ג'וטרו נתקלת בספינת משא שנראית נטושה למעט אורנגאוטן אחד. הם עורכים חיפוש בספינה, אך לפתע עגורן הספינה מתחיל לזוז.

ג'וטרו ואנשיו מפליגים לסינגפור. סטנד שהמשתמש שלו לא ידוע תוקף את ג'וטרו זמן קצר לאחר שנוסע סמוי מתגלה על סיפון הספינה.

כבר אפשר להרגיש את הניצחון באוויר. עבדול מפעל את יכולות הלהבה שלו כדי להילחם בפולנרף, מתנקש שדיו שולט במחשבותיו.

קאקיואין נוקט פעולה נגד סטנד בלי לדעת מי משתמש בו, וג'וטרו ואנשיו נתקלים באחד מהרוצחים של דיו במטוס למצרים.

ג'וטרו מתעלם ממחאותיו של ג'וזף ומנסה להשתמש בסטנד כדי להסיר את שולט המחשבות שדיו שתל במוחו של קאקיואין.

ג'וטרו חוזר לחיי שגרה ומסתיר "סטנד", כפי שג'וזף קורא לו. ג'וטרו נפצע בדרכו לבית הספר ופוגש תלמיד בשם קאקיואין.

השנה היא 1987. ג'וזף נוסע ליפן בעקבות השמועה שנכדו ג'וטרו טוען שרוחות רעות השתלטו על גופו, ומסרב לצאת מתא המעצר.

הצבים מגלים מוטנט-מכונית שתוקף את קייסי בזמן הנסיעה. קייסי רוצה לבנות רכב שיוכל להתמודד מולו ומבקש עזרה מדונטלו.

הצבים לכודים בתוך חלום ולא יכולים להתעורר. אפריל וקייסי חושדים שהסיבה קשורה למוכר בעל ספר מסתורי ומנסים למצוא פתרון.

הצבים מתנהגים לא יפה אל מיכאלאנג'לו אחרי ששוב עשה בלגן בבית והוא מחליט לעזוב. הוא מתחבר עם מוטנט צפרדע שלוקח אותו לחבריו.

הצבים מגלים דלת סודית בבית החווה. הם מוצאים את אימא של אפריל שהייתה בהקפאה במשך שנים. מיכלאנג'לו אינו ממהר לבטוח בה…

הצבים נתקלים בביגפוט פצוע ולוקחים אותו הביתה. אחרי טיפול בפצעיו הם מגלים שביגפוט היא בעצם נקבה והיא "מתאהבת" בדוני.

הצבים, אפריל וקייסי מתגוררים בחווה מאז עזבו את ניו יורק ומצפים להחלמתו של לאונרדו. בינתיים, מפלצת משתלטת על רפאל.

פלישת הקראנג החלה. לאונרדו נפצע קשה בקרב מול שרדר. שאר הצבים, עם אפריל ועם קייסי, מנסים להתמודד עם המצב.

רובוטי הרגל רודפים אחרי אפריל ואירמה. כדי להגן על אירמה, אפריל לוקחת אותה אל המאורה של הצבים ומופתעת לגלות את זהותה האמתית.

הצבים מקבלים הודעה מראש תנין, שמזהיר אותם מפני פעולת הקראנג. הם נכנסים לתוך ממד איקס כדי להציל אותו.

כנופיית הדרקונים הסגולים גונבת פגיון עתיק ומשחררת מתוכו את הו צ'אן, שמציע לתת להם כוחות מיוחדים.

הצבים משחררים את קאראי. היא יוצאת לתקוף את שרדר לבדה והוא תופס אותה ומנסה להשתמש בה כפיתיון לצבים.

הקראנג מתכננים להחליף את התודעה שלהם עם בני אדם. במהלך קרב של הצבים נגדם רפאל מחליף את התודעה שלו עם קראנג.

הקסדה של שרדר נגנבת. הצבים מצליחים להשיג אותה ולאונרדו מנסה להציע לשרדר החלפה, הקסדה תמורת קראיי.

טופר נמר חוזר ושרדר שולח אותו עם קאראי לחסל את הצבים. קאראי מעמידה פנים שהיא מאמינה שספלינטר הוא אבא שלה והצבים לוקחים אותה למאורה.

הצבים מזמינים פיצה ומייקי יוצא לקבל אותה מהשליח. הוא נדהם כשהפיצה מדברת אליו ומבקשת ממנו לאכול אותה.

הצבים מופתעים לגלות שיש עוד מישהו שמנסה להשמיד את הקרנג, אבל מופתעים עוד יותר לגלות במי מדובר. בינתיים, היחסים שבין רפאל לקייסי ג'ונס הולכים ונעשים מתוחים יותר.

שרדר אינו מרוצה מהמוטנטים שבקסטר סטוקמן יוצר עבורו, ומעניש אותו בהפיכתו למוטנט בעצמו. בינתיים, דונטלו מפתח נוגדן מיוחד שמבטל את השפעת המוטגן והופך מוטנטים בחזרה לבני אדם.

הצבים מוצאים משחק תפקידים בסיגנון "מבוכים ודרקונים" ומחליטים לשחק את המשחק בגירסא המציאותית שלו, אך מגלים במהרה שההחלטה לשחק במשחק התפקידים אינה רק שלהם…

הצבים מצליחים לברוח אך ספלינטר נלקח אל מאורתו של שרדר והחבורה צריכה להציל אותו ובו בזמן לגלות איך להביס את תולעי הענק.

רעידות אדמה מתרחשות בכל רחבי ניו-יורק וגורמות להרס ובהלה. לאונרדו שוקל לפנות לספלינטר לעזרה כדי להביס את נשקו החדש של שרדר.

מלך העכברושים חוזר ועל ספלינטר להתגבר על פחדיו ולא לאפשר לו לשלוט בו על מנת לגבור עליו. מיכאלנג'לו מאמץ חתתלתולת רחוב.

לאחר שדוני משפר את יכולותיו של ראש מתכת, הצבים מתחילים לחשוד בגרסתו החדשה. הצבים מגלים מהי תוכניתם החדשה של הקרנגים.

מוטאנט של פטרייה מתפשט ברחבי הביבים וגורם לאפריל ולצבים לחוות את הפחדים הגדולים ביותר שלהם. לאונרדו נאלץ להתמודד עם הפחד שלו.

קייסי ג'ונס מחליט להגן על השכונה שלו מפני נינג'ות ומוטנטים. הוא פוגש את רפאל ומכיוון שהוא מוטנט ונינג'ה מחליט שהוא מסוכן ובסופו של דבר עוקב אחריו אל המאורה ומגלה את…

אפריל מרגישה שהיא כבר לא בעניינים ומתעקשת להצטרף לצבים במשימה חשובה שבה סוד גדול מעברה נחשף.