לאחר חטיפתו של ברוס, גורדון פונה לבן ברית לא צפוי כדי לחבל בתוכניות של גלוואן לנקום במשפחת ויין.

סלינה וברוס מחדשים את השותפות ביניהם. בינתיים, גורדון ממשיך לנסות להשאיר את גלוואן מאחורי סוגר ובריח, כפי שמגיע לו.

לי מביעה חשש לגבי הצד האפל של גורדון. אדוארדו עוזר לפינגווין פצוע להחלים — ומבקש את עצתו.

אחרי שברברה מתעוררת מסיוט מצמרר, גלוואן הצמא לכוח מציע לברוס הצעה שקשה לסרב לה.

הפינגווין הנקמני נחוש בדעתו לשחרר את אמו מהשבי. בפגישתן הראשונה, סילבר וסלינה מתעמתות לגבי ברוס.

כשבריג'יט המתלבטת שוקלת מה לעשות, הפינגווין וגלוואן ממשיכים במאבקי הכוח שלהם.

הפשע בגות'האם גואה כשהפינגווין וגלוואן חוברים למשפחת מציתים. סכסוך ישן צף ועולה בין משפחת גלוואן ומשפחת ויין.

אסון במחלקה מוביל לקידומו של גורדון ולחידוש המחויבות שלו ללחום ברשע. תיאו גלוואן מפרט את תוכניתו לעתידה של גות'האם.

אלפרד משכנע את ברוס להשתתף באירוע למען בית חולים לילדים, שמתדרדר במפתיע לקראת סיומו.

בפתח העונה השנייה, בזמן שברוס לומד פרטים נוספים על הסודות של אביו המנוח, גורדון נאלץ לחבור לאוסוולד קובלפוט.

גורדון מוביל את המרדף אחרי האסירים שברחו מארקהאם ועדיין לא נתפסו. בינתיים, אלפרד נוקט אמצעים קיצוניים כדי להגן על ברוס.

בפרק האחרון לעונה, כשמלחמת הכנופיות בגות'האם סיטי מגיעה לנקודת רתיחה, פיש מוני נאבקת במרוני ובפינגווין בניסיון להשיג בחזרה את השליטה בעיר.

היצור פוגע ברגשותיה של ברברה כשגורדון ובולוק עושים מאמצים כדי לאתר אותו. הפינגווין מבצע טבח ופותח במלחמה אדירה.

גורדון ובולוק ממשיכים לחקור את היצור, שפועל נגד אדם קרוב לגורדון. ברוס וסלינה חושפים שחיתות בוויין אנטרפרייזס.

גורדון ובולוק חוקרים מקרה ישן של רוצח סדרתי שמתמקד בנשים צעירות בגותהאם סיטי. פיש מתכננת את בריחתה מיוצר הבובות.

בזמן שגורדון מחפש מידע על המחלוקת האחרונה עם המפכ"ל לוב. הנאמנות של פיש כלפי האסירים מוטלת בספק.

אחרי כמה מקרי שוד בנק, גורדון ובולוק חוקרים את כנופיית הברדס האדום. סלינה קייל ממשיכה להתקרב לברברה.

גורדון לוקח את ד"ר לזלי תומפקינס לקרקס, אבל הקרקס מותקף. פאלקון מגייס את בוץ' גילזין כדי לעזור לפינגווין עם מועדון הלילה.

גורדון ובולוק מנסים לעצור בעד מורה לביולוגיה שקוצר את הבלוטות של קורבנות הרצח שלו. מוני ממשיכה במזימותיה להגדיל את כוחה.

פיש חושפת סוד של אוסוולד קובלפוט, והדבר גורם למרוני לבחון את נאמנותה גורדון ובולוק צדים רוצח שמתמקד בקורבנות שסובלים מפוביות.

כשעד מפתח במקרה רצח מת בזמן שהוא מוחזק לצורך תשאול, גורדון חושד שזו עבודה פנימית ומבקש פרטים מחבר ותיק.

בניסיון להשיג את משרתו בחזרה, גורדון מנסה ללכוד את ג'ק גרובר, גאון מופרע ומומחה לחשמל שברח ממוסד ארקהאם לחולי רוח.

ההצבה של גורדון במוסד ארקהאם לחולי רוח מתחילה ברגל שמאל כשרצח של שומר גורם לפתיחת חקירה, שמובילה אותו לד"ר לזלי תומפקינס.

בפרק סיום העונה, הבועה נעלמת וקבוצת ההתנגדות מנסה להגן על העולם החיצון מפני תושבי העיירה הנגועים.

תהליך הסתיידות הבועה מאיץ, ומשאיר לכולם 24 שעות לפני מוות בחנק. בארבי וג'וליה מנסים להציל את הילד שלו מידי השבט, וביג ג'ים ניצב בפני הקטור המתעקש שהתושבים הנגועים לא יצאו…

בארבי מסכן הכל בנסיון לשחרר את אווה מהשבט. ביג ג'ים וג'וליה מגויסים ע"י הקטור למצוא תרופה לתושבי העיירה הנגועים. ג'ו מחליט לעבוד עם כריסטין לאחר שהיא חושפת מידע חסר תקדים…

ברית בלתי צפויה נרקמת על מנת לתקוף את הבועה, אך ביג ג'ים וג'וליה נשארים זהירים. האנטר מקבל קבצים מוצפנים ובהם מידע על ההשפעה הסופית של הבועה על אנשי העיירה שנדבקו.

ביג ג'ים וג'וליה מתכוננים לשבור את שליטתה של כריסטין בעיירה, בעוד ג'ו ונורי חוקרים את האג'נדה האולטימטיבית של הבועה, והאנטר מגלה עוד מידע חדש.