לורד דרג יוצר קשר עם ארמאגון ומבקש את שירותיו כדי לחסל את הצבים.

החבורה מוצאת היפר-קובייה מסתורית. קייסי פותח אותה ומשחרר את הווירם, והוא מציע להגשים להם שלוש משאלות.

הצבים פוגשים את הסלמנדריאנים, שתחילה תוקפים אותם, אך לבסוף הופכים לשותפים.

הצבים ניצלו ברגע האחרון על ידי פוג'יטויד. בעזרתו הם חוזרים אחורה בזמן כדי לעצור את הטרייסראטונים ולהציל את כדור הארץ.

מיכלאנג'לו נחטף על ידי הטרייסראטונים, ושאר הצבים יוצאים להציל אותו. ספלינטר ואפריל פונים לשרדר כדי לקבל עזרה בהצלת כדור הארץ.

הצבים פוגשים קראנג שונה שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

הצבים מוצאים יצור שנראה כמו דינוזאור ורוצה לחסל את הקראנג. רפאל גורם לו לציית לפקודותיו והם יוצאים יחד להילחם בקראנג.

קאראי מהתלת בצבים ומכניסה אותם למלכודת. היא מאלצת את ספלינטר להילחם בה.

מיכלאנג'לו שופך על דונטלו בטעות חומר שגורם לו לאבד את החוכמה שלו. השרץ ונחשצמח חוזרים, והצבים נאלצים להילחם בהם שוב.

הצבים מנסים להשיג תולעת מוח כדי למצוא מרפא בשביל קאראי. רפאל נפצע, וספלינטר אוסר על הצבים לפעול שוב, אך לאונרדו יוצא בכל זאת.

הצבים מגיעים ליפן בעבר וחווים את הרגע המכריע בעברם של ספלינטר ושל שרדר.

הצבים פוגשים את רנט שבאה מהעתיד. היא נרדפת ורוצה שהצבים יעזרו לה, כיוון שבעתיד שהגיעה ממנו הם גיבורים מפורסמים.

אפריל נפגעת מהכשת נחש. קאראי, שנמצאת בשליטתו של שרדר, אחראית לכך ומנסה לפגוע גם בצבים.

מיכלאנג'לו וקייסי משתעממים ויוצאים לבלות יחד. הם פוגשים מוטנט חדש שמוביל אותם למלכודת של פני דג.

סלאש ורוקוול נלכדים ונתונים לשליטתו של שרדר. רפאל נחטף גם הוא והצבים, ראש תנין ופיט יוצאים להציל את חבריהם.

קרב בין הצבים לביבופ ולרוקסטדי גורם ליצירת מוטנט נוסף. הוא מנסה להיות גיבור אבל ביבופ ורוקסטדי מנצלים אותו כדי שיעשה בעבורם את העבודה.

קייסי נכשל בניסיון לעצור את הדרקונים הסגולים. אחרי שהצבים צוחקים לו, הוא מנסה לתקוף את שרדר לבדו כדי להוכיח את עצמו.

הצבים נכנסים לממד איקס כדי להציל את תושבי ניו-יורק. בינתיים המוטנטים האמיצים נשארים מאחור כדי לעזור לצבים לחזור הביתה.

הצבים פוגשים שוב את סלאש, שמנהיג צוות משלו ללחימה בקראנג. קורצמן רוצה ששני הצוותים יעבדו יחד אך הם מתקשים לקבל זה את זה.

הצבים יוצאים לחפש את קאראי על פי הרמז שקיבלו. הם מותקפים על ידי ביבופ ורוקסטדי.

הצבים מחפשים את קאראי ונקלעים לקרב עם סטראנקו ועם זק שרוצים להשתמש בהם למטרת עסקה עם שרדר.

הצבים מחליטים לחזור לניו-יורק. הם מוצאים את ספלינטר במצב בלתי יציב ומנסים להציל אותו.

אפריל וקייסי נשארים להתאמן לבדם בבית החווה בעוד שהצבים יוצאים לאימונים ביער כדי להתחבר לטבע.

דונטלו בודק המצאה חדשה על אפריל והיא גורמת לה לראות דרך העיניים של מוטנט חדש, "כימרה".