סופרגירל נתקלת בפלאש, גיבור-על מהיר מיקום מקביל. הוא מסייע לה, ובתמורה מבקש שתעזור לה לחזור הביתה.

אלכס וקארה מגלות איך האנק הגיע לדי-אי-או ולומדות על הקשר בינו לבין אביהן. קארה מתקשה להתמודד עם סופרגירל המרושעת ומתחילה לזלול בלי שליטה.

קאט המתוקה נתקלת בקריפטונייט אדום והופכת למרשעת. בגדיה משתנים, וכך גם התנהגותה בקאטקו ובדי-אי-או. אלכס ולורד הופכים לבני-ברית בעל כורחם.

קארה מתחרה בעוזרת הבוגדנית החדשה בקאטקו. סופרגירל מתעמתת עם 'הסוהר הראשי'. ג'יימס מפקפק בדי-אי-או ונקלע למחלוקת עם קארה.

קארה לא יודעת איך להביס את 'נוסעת האינטרנט' אינדיגו וזוכה לעצה במבצר הבדידות של סופרמן. ג'יימס ולוסי שוקלים מחדש את הקשר ביניהם.

טפיל לוכד את תודעתה של קארה בתוך הזיה, שבה כוכב הלכת קריפטון עדיין קיים. האנק ואלכס נאלצים להילחם בנון ללא עזרתה של סופרגירל.

סופרגירל נלחמת בכפילה מרושעת המנסה להשמיד אותה. קארה ואדם, בנה הבכור של קאט, מתחילים לפתח רגשות זה לזו.

איש מאדים לבן חוטף פוליטיקאית המובילה את המאבק נגד חייזרים, וקארה חייבת לעזור להאנק להתמודד עם עברו. במקביל היא מעודדת את קאט להתמודד עם הריחוק שנוצר בינה לבין בנה הבכור.

קאט משוכנעת שהעוזרת הכנועה שלה היא סופרגירל. במקביל, אסטרה ונון נחושים בדעתם להשמיד את קארה, וקארה מוצאת עצמה נלחמת בשתי חזיתות.

אלכס מבקשת מהאנק לחשוף את תוכניתו הסודית של מקסוול לורד. קאט מציעה ללוסי עבודה ומסבכת את העניינים עם ג'יימס. אביו של וין נמלט מהכלא.

ביום הולדתו של צ'ין הוא מקבל שיחה מהמשפחה המאמצת של שרה במקסיקו ומתבשר שהילדה נחטפה.

אחרי טיפול בהפנוט, צעיר מכוון את השוטרים לקבר של צעירה שדווחה כנעדרת עשר שנים לפני כן.

בנשף החורף של התיכון שבו לומדים בנו של לו ובתו של דני, קבוצת טרוריסטים משתלטת על המקום ומנתקת את קווי הטלפון.

ידידתו של ג'רי, שטענה כי היא על סף גילוי מזעזע בדבר רצח קנדי, נורית למוות לצדו לאור יום. ג'רי מקבל על עצמו להמשיך את חקירתה בעזרת צוות "5-0".

חברתו לשעבר של מקגארת מגיעה ומבשרת כי אמו בסכנה. יחד עם הצוות הם יוצאים למרוקו כדי להציל אותה.

בליל כל הקדושים, חברי הצוות חוקרים מוות של מדיום שגרה בבית רדוף רוחות לפי האגדה. קונו ואדם נרדפים על ידי אנשים מוזרים במסכות.

סטיב ואלישה מגלים כי מי שמאחורי רצח הרוצחים הסדרתיים היא ד"ר גריי, אלא שהיא לוכדת אותם, וכדי לטפל בהם היא מביאה זוג רוצחים המבקשים לנקום באלישה.

אדם לא מזוהה פורץ למטווח ולאחר מכן גם לבית המשפט העליון בזמן שחברי הצוות מנסים לזהותו. אדם, בעלה של קונו, משתחרר מהכלא.

כוח "5-0" מנסה להגיע לאדם הקשור לקרטל סמים לאחר שחטף מטוס ורצח שני אנשים בדרך. קונו מקבלת שיחה מחברה לנבחרת גלישה בעבר, שאיבדה את שתי רגליה בעיראק.

כוח "5-0" תופס מרגל אנגלי שמוביל אותם למבוקש המתכנן לבצע פיגוע בהיקף עצום, ועליהם מוטלת המשימה למנוע זאת בכל מחיר.

כוח 5-0 רודף אחרי רוצח סדרתי, שהשאיר אחריו מספר רב של קורבנות ורמזים של כלים מלוח שחמט.

הצוות תופס את גבריאל ויינקרופט, אבל אנשיה של שיאומה דולקים בעקבותיהם והם נאלצים להימלט.

בפרק סיום העונה, מקגארט ודני עובדים יחד במשימה כסמויים, אך המשימה משתבשת והם נקלעים לסכנת חיים.

אישה נרצחת בביתה. ג'ררד הירש נתקל ברוצח כשהוא בא לנקות את זירת הפשע, והיחידה מעמידה לרשותו שמירה צמודה עד שיתפסו את הרוצח.

סטודנטית צעירה נחטפת והצוות יוצא למשימה להציל אותה ממוות.

פילה בורחת מקרקס וזורעת הרס. אחותו של ג'רי באה לביקור במפתיע. הצוות חוקר גנבה של חליפה משוכללת כמו של איירון מן.

חבורת אסירים בורחת במהלך פינוי מכלא הלאווה, ואדם, בעלה של קונו, ביניהם. הצוות יוצא למצוד אחריהם.

גרובר ומשפחתו נעלמים כאילו בלעה אותם האדמה. הצוות יוצא לגלות מדוע ומגלה פרטים מפתיעים על עברו של גרובר.

דני יוצא לבילוי עם ילדיו ועד מהרה מוצא את עצמו בעיצומו של מרדף אחרי פושעים. הצוות חוקר את נסיבות מותו של אדם שגופתו הגיעה לחוף.

מקגארט מגלה את סודה של קתרין. אבי מתחילה לפקפק במשימת הריגול שקיבלה.

בעוד אמו של דני נחקרת על ידי ה-אף-בי-איי, מקגארט חובר לצעיר עם אוטיזם אשר בידיו עשוי להיות מידע שיעזור לפתור את הרצח של חברו היחיד.

מקגארט מבקש מהספר שלו לחזור לעסוק בעריכת דין כדי להגן על מקור של היחידה בתיק רצח.

חברי הצוות מנסים לפענח רצח כפול של בני זוג ובד בבד מתחרים למי היה חג האהבה הגרוע ביותר ומנסים לברר איך מקגארט קיבל פנס בעין.

לו מנסה לסגור תיק רצח אשר הוא מעורב בו מעורבות רגשית. התערבות בין צ'ין לבין סטיב מתפתחת לכיוונים מפתיעים ומסכני חיים.

עברו של קאמקונה רודף אותו. סטיב ודני נאלצים ללכת לסדנה לשיפור התקשורת ביניהם, אבל מקבלים הרבה יותר משציפו לקבל.

דב, דודתו של סטיב, מגיעה לביקור ומסתירה ממנו את העובדה שהיא גוססת. הצוות חוקר ירי בתוך בונקר מימי מלחמת העולם השנייה ומזימה אפלה של היפנים לפגוע בארה"ב.