בפרק שתחילתו ב-"סופרגירל",ממשיך ב-"הפלאש", "החץ", ומסתיים ב-"אגדות המחר", קארה מנסה לגייס את עזרתה של לאנה לותור כדי למנוע מסייבורג סופרמן לשחרר וירוס קריפטוני שיצר אביה, זור-אל.

מדען, הנגוע בטפיל שואב אנרגיה, תוקף את ז'ון וקארה ויונק מהם את כוחותיהם. הגרדיאן נחלץ לעזרתם.

קארה יוצאת להציל את מון-אל מקדמוס ונתקלת בהאנק האמיתי, שהפך ל-'סייבורג סופרמן'. הגארדיאן מואשם ברצח שלא ביצע.

כנופיית גנבים קשוחים תוקפת את סופרגירל באמצעות טכנולוגיה חייזרית, והיא מגלה שהארגון 'קדמוס' מספק להם את כלי הנשק המתקדמים.

גופתו של חייזר לא רשום מובילה את קארה אל 'מועדון קרב' מחתרתי, שבו חייזרים נלחמים עד המוות תחת פיקוחה של רולטה.

הנשיאה מארסדין מותקפת במהלך ביקורה בנשונל סיטי לרגל החתימה על חוק שוויון הזכויות לחייזרים. קארה והדי-אי-או חוששים שהאסיר שנמלט מידיהם עומד מאחורי התקיפה.

נבל התוקף את נשונל סיטי בנשקי קריפטונייט פוגע בסופרגירל, וסופרמן מאשים את האנק ואת הדי-אי-או.

מעבורת חלל מסחרית סובלת מכשל במנוע, וקלארק קנט, בן דודה של קארה, עוזר לה לחלץ את החללית ולחקור את המקרה.

בפרק האחרון לעונה, נון ואינדיגו מתכננים להשמיד את החיים על פני כדור הארץ, וסופרגירל נאלצת להתמודד בקרב לחיים ולמוות מול דמות אהובה כדי לעצור אותם.

נראה שרק קארה וקאט חסינות למריאד, טכניקת השליטה בתודעה שבה משתמש נון כדי להפוך את אוכלוסיית נשונל סיטי לצבא דמוי-זומבים.

סופרגירל נתקלת בפלאש, גיבור-על מהיר מיקום מקביל. הוא מסייע לה, ובתמורה מבקש שתעזור לה לחזור הביתה.

אלכס וקארה מגלות איך האנק הגיע לדי-אי-או ולומדות על הקשר בינו לבין אביהן. קארה מתקשה להתמודד עם סופרגירל המרושעת ומתחילה לזלול בלי שליטה.