פרק סיום העונה. ג'ימי נאלץ לבצע החלטה קשה, ומייק לוקח את העניינים לידיים שלו. במקביל, להמלין יש חדשות מרעישות בעוד מצבו של צ'אק מתפתח.

מייק שיטתי במשימתו, אך לעומתו, יכולותיו של צ'אק עומדות בסימן שאלה. בינתיים, ג'ימי מתמודד לפתע עם דילמה אישית מאוד.

קים מתפטרת מהה"מ ומנסה לשכנע את בנק "מסה ורדה" לעזוב איתה, אבל צ'אק מחליט להתערב. מייק נחוש בדעתו לפתור את החשבון עם יריב מסוכן. במקביל, הזדמנות מפתיעה ובלתי צפויה נופלת…

ג'ימי מחליט לצאת לדרך חדשה, אבל נתקל במכשול. קים מגבשת דעה בנוגע להצעת העבודה משווייקרט, ומייק נאלץ להסביר לתובע המחוזי למה הוא משנה את גרסתו.

ג'ימי מוצא נחמה במקום מוכר. בינתיים קים מקבלת הצעת עבודה מפתיעה ומייק נדחק לקצה כאשר הדבר היקר לו ביותר נמצא תחת איום.

ג'ימי מגלה שיש לו שמרטפית. קים מנסה להשיב לעצמה את מעמדה במשרד בכל דרך אפשרית.

הפרסומת של ג'ימי מתחילות להשפיע ולסבך את קים. מייק מתלבט אם לקבל הצעה משתלמת מנאצ'ו שעשויה להביא לתוצאות הרות אסון.

המאמצים של ג'ימי סוף סוף משתלמים כשהוא מפגין שיאים חדשים של ראוותנות בעודו מגייס עוד ועוד דיירים של סנדפייפר. סטייסי מדאיגה את מייק.

מייק מתווך בעסקה בכדי לנסות למנוע הסלמה במצב מסובך ממילא. בינתיים, ג'ימי מנסה להסתגל למשרתו החדשה ועובד על טיהור שמו של לקוח אקסצנטרי.

פרק הפתיחה של העונה השנייה. סול מחליט לדחות את ההצעה של "דיוויס ומיין" והקשר עם קים מתהדק. מייק מחליט להפסיק לעבוד עם פרייס.

אנשים ברחבי המדינה נופלים למשכב ופאניקה נרחבת מאיצה בסקאלי לנסות למצוא תרופה. בינתיים, מאלדר מתעמת עם האיש שהוא מאמין עומד מאחורי כל זה, אבל עוד דמות מעברם של מאלדר וסקאלי…

סקאלי ומאלדר מתחילים לחקור לאחר שגלריה לאמנות, המציגה יצירות אמנות פוגעניות מופצצת. הם מנסים למצוא דרך לתקשר עם העבריין הנמצא בתרדמת, בכדי לנסות למנוע מתקפה נוספת.

פקיד במשרד השיכון בפילדלפיה שעוסק בפינוי הומלסים, נרצח באופן מזוויע, ומאלדר וסקאלי נשלחים לחקור את הרצח. אבל אז אמה של סקאלי מקבלת התקף לב, והיא נאלצת לעזוב את מאלדר ולנסוע…

בעוד שמאלדר מתוסכל מהעובדה שהמדע הפריך את כל התעלומות שריתקו אותו כל חייו, ומחליט שהוא לא מוכן לבלות את חייו במרדף אחר מפלצות, סקאלי מודיעה לו שיש להם חקירה חדשה.

כאשר מדען מתאבד מסיבה לא ברורה, מאלדר וסקאלי חוקרים את האופציה כי כוח בלתי נראה דחף אותו לזה, וחושפים מעבדה שבה ניסויים גנטיים קיצוניים נמשכים כבר עשרות שנים.

מיני סדרה הממשיכה אחרי 13 שנים את סדרת הקאלט "תיקים באפילה" ומאחדת מחדש את סוכני האף-בי-איי האייקונים מאלדר וסקאלי, החוקרים תעלומות מסתוריות בעולם הזה ובעולם "שמעבר"…