פרק אחרון לעונה. רפאל הופך למנהיג השבטים ומוביל את כולם לעימות מול "מאקסימוס קונג". הוא נדהם לגלות את זהותו האמיתית של "מאקסימוס קונג".

רפאל ודונטלו מוצאים את מיכאלאנג'לו ונדהמים לגלות שהוא עדיין בחיים. האיחוד המרגש נקטע במהרה על ידי ורמינייטור רקס והכנופיה שלו.

רפאל המבוגר נלחם בעזרת דונטלו-רובוטי בשממה של מוטנטים, בתקווה לשרוד לאחר אסון שקרה לפני כמה שנים.

הצבים ואוסאגי מלווים את קינטארו אל ארמון מקדש בודהה השמים, שם הם פוגשים את ג'יי ונאלצים להתמודד איתו.

הצבים מצטרפים אל אוסאגי ואל קינטארו במסעם, בתקווה למצוא דרך לחזור הביתה אל הממד שלהם.

הצבים מוצאים את עצמם בממד אחר בתקופה הפיאודלית, בעולם שיש בו חיות אנתרופומורפיות במקום בני אדם.

הצבים והמקבילים שלהם עובדים יחד כדי לעצור את שרדר ואת קראנג מהממד האחר. הם מקבלים עזרה לא צפויה מביבופ ומרוקסטדי.

הצבים והמקבילים שלהם מממד אחר מתמודדים עם ביבופ ועם רוקסטדי שעובדים בשביל קראנג ושרדר מהממד האחר.

הצבים פוגשים שוב את המקבילים שלהם מממד אחד. יחד איתם מגיעים גם המקבילים של שרדר וקראנג, ששוכרים את שירותיהם של ביבופ ורוקסטדי.

הצבים ממשיכים לעבוד עם האוטרום, עם המפקד סאל ועם מונה ליסה, והם נאלצים להתמודד גם עם לורד דרג והחרקים שלו.

הצבים עובדים עם האוטרום, עם המפקד סאל ועם מונה ליסה במרדף אחר נוכל מהעבר.

רנט והצבים ממשיכים במשימתם לעצור את סאבאנטי רומרו. הם מתקשים כשרפאל וגם דונטלו הופכים לערפדים.

רנט והצבים ממשיכים לנסוע בזמן כדי למנוע מסאבאנטי מלגייס את צבא המפלצות שלו. הפעם הם מגיעים לטירה של פרנקנשטיין.

רנט מחזירה את הצבים בזמן כדי לעצור את סאבאנטי רומרו. הם יוצאים לחפש את דרקולה בטרנסילבניה.

אפריל, קייסי וכל אנשי העיר הופכים לערפדים. רנט מופיעה ומסבירה לצבים את המצב. היא לוקחת אותם לעוד הרפתקה של מסע בזמן.

ספלינטר מספר לצבים הצעירים איך הוא פגש אותם בראשונה ואיך הם החלו לחיות יחד כמשפחה.

קאבאקסאס מחזיר את שרדר לחיים. פני דג מספר לצבים איך נוצרו "יצורי שרדר" שבהם נתקלו. הצבים מנסים לעצור את קאבאקסאס.

הצבים מגלים שציפורני נמר רוצה להחזיר את שרדר מהמתים. הם מנסים למנוע ממנו להשיג את הלב שלו שדרוש להשלמת התהליך.

הצבים מגלים שציפורני נמר ואנשיו מחפשים את הקסדה של שרדר כדי להחזיר אותו לחיים. במקביל, מופיע אדם נוסף שמתעניין בקסדה.

הצבים נתקלים באנשי כת מוזרים. כשהם הולכים בעקבותיהם, הם מגלים שציפורני נמר הוא המנהיג שלהם.

פרק אחרון לעונה. מיכאלאנג'לו נחטף על ידי הטרייסראטונים, ושאר הצבים יוצאים להציל אותו. ספלינטר ואפריל פונים לשרדר כדי לקבל עזרה בהצלת כדור הארץ.

הצבים פוגשים קראנג שונה, שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

לאחר שספלינטר נהרג על ידי שרדר, הצבים יוצאים להתעמת עם שרדר פעם נוספת ולהביס אותו אחת ולתמיד.

ספלינטר והצבים הולכים לבקר את קאראי ואת ה-"המוטנטים המדהימים". באותו זמן, שרדר תוקף אותם וגורם לחבורה להתפצל.