בזמן שהם חוקרים מקרה שקשור לרוחו של רופא מטורף, סם ודין מקבלים עזרה ממקור בלתי צפוי – קוצרת הנשמות בילי.

המתקשרת מיזורי מוזלי מבקשת את עזרתם של דין וג'ודי כדי להגן על נכדתה פיישנס, מתקשרת גם היא, מרוח רפאים.

סם ודין מתחילים לחקור את יכולותיו של ג'ק כאשר ביקור בלתי צפוי מדונטלו גורם להם להבין שהוא יהיה זקוק להגנה.

הפרק הראשון לעונה 13 ממשיך מסוף העונה הקודמת – כאשר סם ודין מתמודדים עם האובדן של אימם, עם סופו של קראולי, עם מותו של קסטיאל ועם לידת בנו של לוציפר.

המנהל פי-סי ממנה סגנית מנהל חדשה ומגלה כי הוא פיתח כלפיה רגשות. קייל מבין עד כמה טרנס ופיליפ זו תוכנית פוגענית ומחליט לעשות משהו בנדון.

פרק סיום עונה. תושבי סאות'פארק מחפשים אחר הנשיא שמטיל אימה על הילדים בעיירה; פי-סי וסגנית המנהל מנסים להסתיר את הרומן ביניהם.

פרויקט המדעים של טימי וג'ימי לכד את תשומת הלב של אנשים חשובים שחושבים שהוא יכול להציל את העולם. מאז שקרטמן והיידי חזרו, היא מתחילה להידמות לו יותר ויותר מה שמדאיג…

קייל מגלה שנקלע למשולש אהבה עם קרטמן והיידי. מר גריסון כופה על חבריו הרפובליקנים לתמוך בו.

כוכבי ילדים מתים בטרם עת עקב מנת יתר של תרופות מרשם וסטאן נחשד בכך שהוא המקור למגיפת הסמים.

כל האבות נפגשים בשוע לפני ליל כל הקדושים מחופשים למכשפים וחוגגים במסיבת ג'ק דניאלס וקראק. העסק משתמש כאשר אחד מהם מטיל כישוף והופך למכשף אמיתי שמטיל אימה על העיר.

החבר'ה מנסים ליצור זיכיון גיבורי על אך נתקלים בקשיים כאשר הם מגלים שמישהו מפרסם עליהם סיפורים בדויים בפייסבוק.

רנדי, אביו של סטאן, מבטל את יום קולומובוס כי לטענתו הוא פוגע ברגשות האינדיאנים. הילדים מתנגדים לביטול יום החופש. רנדי נלחץ כאשר עלול להתגלות שהייתה תקופה בה הוא התלהב מקולומובוס.

דריל ושאר חבריו מוחים על כך שמכשירים אלקטרונים גונבים מהם את מקומות העבודה שלהם. רנדי מחליט לעזור להם. קרטמן מרגיש שהיידי מתעללת בו נפשית.

טוויק נכנס ללחץ וחרדה עקב המתיחות עם צפון קוריאה והציוצים של הנשיא. אריק מנסה להעלות את המודעות למניעת התאבדויות דווקא בשבוע המודעות נגד הסחות דעת בזמן הנהיגה.

הצוות נקרא לחקור שני מקרי מוות בנסיבות מחשידות בקרב קבוצת מאמיני תאוריית הקונספירציה ברוזוול.

הצוות מגיע לאוסטין, טקסס, לאחר חטיפת שתי נשים והשחתת פניהן. במקביל לוק מנסה לחשוב איך לעזור לחבר שלו להשתקם אחרי פציעה.

הצוות מגיע למיאמי בעקבות סדרת מעשי שוד ורצח של בחורות צעירות בעלות מראה חיצוני זהה.

לאחר מקרה חטיפה רביעי של אישה מאותו אזור, הצוות נקרא לסייע בחקירה, בתקווה למצוא את כל הנשים החטופות בחיים.

הצוות יוצא לחקור מקרי רצח שנדמה שנעשים ע"י חקיין של רוצח שמאושפז כבר עשר שנים בבי"ח פסיכיאטרי. החקירה מזכירה לגרסיה אירוע טראומטי מהעבר והיא זוכה לתמיכה ממקור לא צפוי.

הצוות מגיע לעמק הסיליקון לאחר אירוע ירי בחברה למשחקי מציאות וירטואלית ורצח שלושה עובדים מהחברה.

לאחר ששני גברים סורסו ונרצחו בדטרויט, הצוות יוצא לשם לסייע למשטרה למצוא את הרוצח. במהלך החקירה הם מגלים סוד משפחתי שמשנה את החקירה כולה.

עונה 13 לסדרת הלהיט הותיקה. בפתח העונה, הסוכן מאט סימונס, חייל לשעבר בדלתא וחבר לשעבר בקבוצת ההתגייסות הבינלאומית, מצטרף לצוות במירוץ אחר הפלתו של מר סקראץ'.

הצוות חוזר מהחופשה שנכפתה עליהם ומגיע לפלורידה בעקבות רוצח שמשליך את הקורבנות שלו בתוך מזוודות ישנות. ריד מקבל תשובה מהועדה שאמורה להחליט האם להחזירו לעבודה או לא.

בפרק האחרון לעונה, ריד נפגש עם קאט בניסיון לגלות איפה אימו, במקביל גם הצוות מנסה לגלות היכן היא. דמות מהעבר מביאה לצוות קצה חוט חדש לגבי סקראץ'.

כאשר ריד חושש שאמו נחטפה, הוא מבקש מהיחידה לניתוח התנהגותי לחקור בעוד הוא תקוע בכלא ומתמודד עם איומים על חייו.