סיירוס נכנס לכלא, ואבי עושה כל שביכולתה כדי להציל אותו מעונש מוות. אוליביה והצוות שלה מנסים לאסוף ראיות נגד טום לרסן, כדי להבטיח את מינויה של מלי לנשיאות.

ההכרזה על כך שסיירוס חשוד גם כן ברצח ורגס ממוטטת אותו, והוא מרגיש שפשעו הולך וסוגר עליו. בינתיים, שותפו לפשע מפעיל עליו לחץ ומערער אותו עוד יותר.

אוליביה נחושה בדעתה להשיג ראיות שיוכיחו שסיירוס בין מעורב ברצח ורגס, אבל בבית הלבן מתעקשים להרשיע את נלסון מקלינטוק. בינתיים, היחסים בין מלי למרכוס מתחממים.

בפתח העונה השישית, מסע הבחירות לנשיאות מסתיים באכזבה בעבור ליב. עם זאת, כשהנשיא הנבחר החדש נורה טרם נשיאת נאום הניצחון, הקלפים נטרפים בשנית.

פרק אחרון לעונה. רפאל הופך למנהיג השבטים ומוביל את כולם לעימות מול "מאקסימוס קונג". הוא נדהם לגלות את זהותו האמיתית של "מאקסימוס קונג".

רפאל ודונטלו מוצאים את מיכאלאנג'לו ונדהמים לגלות שהוא עדיין בחיים. האיחוד המרגש נקטע במהרה על ידי ורמינייטור רקס והכנופיה שלו.

רפאל המבוגר נלחם בעזרת דונטלו-רובוטי בשממה של מוטנטים, בתקווה לשרוד לאחר אסון שקרה לפני כמה שנים.

הצבים ואוסאגי מלווים את קינטארו אל ארמון מקדש בודהה השמים, שם הם פוגשים את ג'יי ונאלצים להתמודד איתו.

הצבים מצטרפים אל אוסאגי ואל קינטארו במסעם, בתקווה למצוא דרך לחזור הביתה אל הממד שלהם.

הצבים מוצאים את עצמם בממד אחר בתקופה הפיאודלית, בעולם שיש בו חיות אנתרופומורפיות במקום בני אדם.

הצבים והמקבילים שלהם עובדים יחד כדי לעצור את שרדר ואת קראנג מהממד האחר. הם מקבלים עזרה לא צפויה מביבופ ומרוקסטדי.

הצבים והמקבילים שלהם מממד אחר מתמודדים עם ביבופ ועם רוקסטדי שעובדים בשביל קראנג ושרדר מהממד האחר.

הצבים פוגשים שוב את המקבילים שלהם מממד אחד. יחד איתם מגיעים גם המקבילים של שרדר וקראנג, ששוכרים את שירותיהם של ביבופ ורוקסטדי.

הצבים ממשיכים לעבוד עם האוטרום, עם המפקד סאל ועם מונה ליסה, והם נאלצים להתמודד גם עם לורד דרג והחרקים שלו.