בפרק האחרון בקרוסאובר, סופרגירל מצטרפת לקבוצת גיבורי-על שחבריה הנוספים הם פלאש, החץ הירוק וסופרמן, וביחד הם יוצאים לחפש ספר חשוב שאבד ולשכתב מציאות שהשתבשה.

ניה משתפת את קארה וברייני בחלום נבואי, והם מעודדים אותה לאמץ את הגורל שלה. מנצ'סטר בלאק מחפש נקמה ומבקר את בן לוקווד.

סופרגירל ומנצ'סטר בלאק מנסים לאתר את סוכן החירות בעקבות מידע שקיבלו, אבל העניינים מסתבכים. לינה פותחת בסדרה ראשונה של ניסויים.

לקראת חג ההודיה, הסוכן ליברטי מפרסם מנשר של שטנה והסתה, ואילו ג'יימס, אלכס וקארה מנסים למנוע גל של אלימות נגד חייזרים.

למרות חלקיקי הקריפטונייט המסוכנים שעדיין נישאים באוויר, גיבורים רבים יוצאים ומסכנים את חייהם. ג'ון מחפש את פיונה ומוצא בן ברית.

סוכן החירות משיג נשק חדש ומסוכן במלחמתו "להציל" את האנושות. ז'ון וקארה פועלים יחד כדי לאתר קמע רב-עוצמה.

פרק שחוזר בזמן לנקודה שבה הפך הסוכן ליברטי ממרצה חביב בקולג' לנבל שכל מה שמניע אותו הוא שנאה לחייזרים.

תגלית מזעזעת מעוררת טינה וזעם בשעה שמרסי גרייבס עוד מסתובבת חופשייה. ניה חושפת את סודה בפני ג'יימס, וחברת אל-קורפ מותקפת.

ג'ון מנסה לשכנע את קארה שהאקלים הציבורי כלפי חייזרים משתנה. כתבת טירונית מגיעה לקאטקו. לינה נפגשת עם אימא שלה.

בפרק האחרון לעונה, כדור הארץ שרוי בכאוס והצוות משתף פעולה כדי להילחם בריין. המצב החדש מעורר בסופרגירל מחשבות על הייעוד שלה. סם נחלשת ומחפשת מקור כוח.

סופרגירל, מון-אל ואלורה משתפים פעולה כדי לעצור את סלינה, שנמצאת בדרכה לכדור הארץ ובאמתחתה תוכנית זדונית. ז'ון מתכונן לפרידה חשובה.

מון-אל וסופרגירל יוצאים למשימה חשובה ונדהמים נוכח תגלית מפתיעה. במקביל, בכדור הארץ, זעמה של ריין מעמיד למבחן את הנאמנות של לינה.

קארה צריכה לקבל החלטה גורלית שעלולות להיות לה השלכות כבדות על חבריה בכדור הארץ. ג'יימס וז'ון מאתרים את מקור הנשק הקטלני.

תלמידה שנמלטה מהכת של קוביל מוסרת יומן שיכול לעזור להציל את סם. מישהו מאיים לחשוף את זהותו של גארדיאן.

ריין סופגת את הכוחות של פסטילנס ושל פיוריטי ומתחזקת. כעת היא מסוכנת מאי-פעם – והיא מחפשת את רובי.

שלוש הורגות העולמות מתאחדות, והזמן הולך ואוזל. לינה ואלכס משתפות פעולה עם סופרגירל בניסיון לשכנע את סמנת'ה, שנמצאת בממד אחר, לחזור לעולם האמיתי לפני שיהיה מאוחר מדי.

מגפה משתוללת ברחבי העיר. כל הרמזים מצביעים על כך שפסטילנס גרמה למגפה, אבל איש אינו יודע את זהותה האמיתית. לנה וסמנת'ה מנסות לבודד את האנזים שגורם לשינוי של ריין.

וין פוגש את האם שנטשה אותו ושומע ממנה גילוי מפתיע על עברו. אלכס מרגישה שמשהו אצל מירן אינו תקין.

שיבוש במחלקה לפעילויות לא-רגילות (די-אי-או) מציב את ז'ון מול בחירה קשה. מון-אל מתחיל לאמן את קארה בטכניקות לחימה שהובאו מהעתיד.

קארה משוכנעת שבהורגת עולמות שבויה עוד נותר שמץ של טוב, אבל אלכס לא קונה את זה. וין מצטרף לז'ון ולמון-אל היוצאים למשימה חשובה.

לאחר נסיון התנקשות בחייו, מורגן אדג' מאשים את לנה במשחק מלוכלך. אלכס בודקת מדוע סמנת'ה חווה אובדן זיכרון.

ריין מסתובבת חופשי בנשיונל סיטי. לאחר תבוסתה של קארה, מון-אל שולח את אחד מחברי לגיון גיבורי-העל לתוך התת-מודע המיוסר שלה.

סופרגירל חוברת אל סאטורן גירל ואל שני בני ברית מפתיעים, ויוצאת איתם אל פורט רוז. שם הם צפויים למצוא אסירה שיודעת כיצד לחסל את ריין.

בזמן שצוות בראבו לכוד בכנסייה המוקפת באנשיו של דוזה וממתין לסיוע מתעורר חשד שאחד מהם מדליף מידע לקרטל.

המצוד אחר דוסה מגיע לשיאו כשצוות בראבו יוצא לניסיון נואש אחרון ללכוד את ברון הסמים ולשים סוף לשלטון האימה שלו.

ג'ייסון ומנדי מתחזים לזוג בחופשה במועדון לילה מצליח במקסיקו סיטי כדי ללכוד את אחד מסגניו הבכירים של ראש הקרטל אנדרס דוזה. סאני מנסה בדרכו המיוחדת לעזור לקליי להתגבר על שברון…

צוות בראבו עוקב אחר כיוון חקירה שעשוי להוביל אותם לאנדרס דוזה, ראש הקרטל המסוכן ביותר במקסיקו סיטי, אך מנדי מתחילה להטיל ספק במוכנות המבצעית של ג'ייסון וחוששת שהוא עשוי לסכן…