המחלקה לעניינים על טבעיים מנסה ללכוד את מאלפיק. קארה חוקרת לעומק את הפעילויות החשודות של ויליאם. ג'יימס וקלי חוזרים לעיירת הולדתם.

שון מחפש תשובות אחרי עימות מטלטל עם איש ממאדים. לנה בודקת את גבולות הטכנולוגיה של אובסידיאן. עמיתה אסרטיבית חותרת תחת קארה.

לינה זוממת את נקמתה לאחר שנפגעה משקריה של קארה. חברת "קאטקו" משנה את תחום הפעילות שלה. סופרגירל נלחמת באויב מסתורי והחליפה שלה נהרסת בתאונה.

בפרק האחרון לעונה, לקס מזמין את לינה ואת ליליאן לבית הלבן, ונערך לקרב גורלי עם סופרגירל.

קארה מתייצבת מול בת אדומה, ובינתיים ברייני מוביל מבצע לשחרור החייזרים, ולוקווד מגלה את האמת על לקס.

חולמת יוצאת להגן על העיר, וקארה עושה מאמצים לחשוף את לקס – ולטהר את שמה של סופרגירל. ג'יימס מתמודד עם הטראומה המרכזית שלו.

קארה ולינה מגיעות לקאזניה בחיפוש אחר לקס ומגלות שם מידע מפתיע ומטלטל. לוקלווד האבל מוצא נחמה בנקמה.

לינה וסופרגירל מחפשות רמזים בסטרייקרס איילנד בתקווה למצוא את לקס. ג'יימס הולך לטיפול וברייני מתמודד עם שאלה של מצפון.

לקס לותור עדיין מסתובב חופשי, וסופרגירל, אלכס ולינה רודפים אחרי החסידה הכי נאמנה שלו. ג'ון המוטרד מזמן את רוחו של אביו.

פלשבקים מראים שחזרתו של לקס לותור הייתה חלק מתוכנית הרבה יותר גדולה שמעורבות בה לינה, קארה – וכפילה מסוכנת.

המתח בין בני האדם לחייזרים מגיע לשיא חדש, וסופרגירל נאלצת לנקוט עמדה כדי לשמור על השקט. משימה קשה מעמידה למבחן את האמונות של אלכס.

לקס לותור מבקר את לינה ומנצל את אהדתה. ג'יימס נמצא בסכנת חיים, וג'ון וקארה יוצאים בעקבות מי שפגע בו – מנצ'סטר בלאק.

מנצ'סטר בלאק חוזר לפעול לצד צוות חדש של שותפים – ה"אליטה". ניה מתמסרת לאימונים.

ג'ון וקארה חוקרים אירוע קשה המעיב על חגיגות יום האהבה ומגלים קשר לחקירה זוועתית של המחלקה לעניינים על-טבעיים – ולחייזר חדש ומפחיד.

סם חדש שמופץ ברחובות נשיונל סיטי מעניק לאנשים רגילים כוחות-על באופן זמני. קארה מלווה את ניה בנסיעה לביקור משפחתי בביתה.

קולונל היילי שמה לה למטרה לחשוף את זהותה הסודית של סופרגירל, אבל אלכס נחושה למנוע זאת. ברייני מאיץ בניה להתחיל להשתמש ביכולותיה המיוחדות.

צוות בראבו נשלח לאבטח שיירה של כוחות סיוע לאחר התפרצות של מגפת אבולה בליבריה, אבל קליי חושד שמסתירים מהם מידע. בינתיים, ג'ייסון מתקשה להשלים עם הטיפול הפסיכולוגי שנכפה עליו לאחר…

בדרך למבצע בבנגלדש צוות בראבו מגלה שדיוויס תעמוד בפני ועדת משמעת ויש סכנה שתודח מתפקידה, כעת עליהם לסיים את המבצע בהצלחה ולחזור כמה שיותר מהר כדי להעיד לטובתה בפני הוועדה.

בזמן שג'ייסון מתקשה להתמודד עם השלכות הפציעה שלו והפחד מהניתוח, ריי מוביל את צוות בראבו למבצע חילוץ של טייסת קרב אמריקאית שנפלה בשטח האויב.

צוות בראבו יוצא לפריז לסייע לשירות החשאי לאבטח ועידת פסגה שבה ישתתפו בכירי ממשל אמריקאים, הפציעה של ג'ייסון מאלצת אותו להישאר בארה"ב ולהחליט אם לעבור ניתוח שעלול לשים קץ לקריירה…

קליי וריי נשלחים למשימת אבטחה של שגרירת ארה"ב בתימן שמנסה להשכין שלום בין שני שבטים יריבים, כאשר מתחם השגרירות מותקף, ג'ייסון מתעקש להיכנס לשטח ולחלץ אותם.

במהלך משימת אבטחה על השגרירה האמריקאית בתימן שמנסה נואשות למנוע מלחמה שבטית שתצית את האזור, צוות בראבו מוצא עצמו במצור כשכוחות האויב סוגרים מכל הכיוונים וללא אפשרות מילוט.

חילוקי דעות מעוררים מתחים בקרב צוות בראבו במהלך אימון לקראת משימת חילוץ בני ערובה מספינת פירטים בים סין הדרומי, ובינתיים ג'ייסון צריך לבחור מועמד חדש מצוות ירוק שיצטרף לבראבו.