קאלמאר מעיר את ווג'ירה ומתכונן להרוס את נינג'גו סיטי.

ניה לומדת על ההיסטוריה של קמע הסופה. וו, קאי, קול, ריי ומיסאקו מנסים למנוע מהמלך קאלמאר לברוח מהעיר עם קמע הסופה.

המלך קאלמאר תוקף את נינג'גו סיטי כדי להשיג את קמע הסופה אבל נתקל במכשול לא צפוי… בדמותה של מחלקת עיתונים נחושה.

בנינג'גו סיטי, וו, קול, קאי, ריי ומיסאקו חייבים להגיע אל מועדון החוקרים ולהשיג את קמע הסופה לפני המלך קאלמאר והיחידה שלו.

ניה והנינג'ות ממהרים להשיג את קמע הסופה לפני שהנסיך קאלמאר יוכל להשיג אותו ולהשתמש בו כדי להעיר את מפלצת נחש יום הדין, ווג'ירה.

סיפורו הטרגי של בנטומאר נחשף… סיפור מלא בוגדנות, אך גם ניצוץ של תקוה.

הנסיך קאלמאר מרמה את המרלופיאנים והופך את הנינג'ות לעריקים.

בעזרת בנטומאר, הנינג'ות עוברים דרך הארמון אל ספינת הידרו ועליהם לברוח מכוחותיו של קאלמאר.

ניה ואמא שלה, מאיה, מנסות לברוח מהנסיך קאלמאר המרושע, שזומם להפיל את אביו, המלך טראימאר הנדיב.

ניה ומאיה מגלות את מקור פעימת האנרגיה שהשפיעה על הכוחות של ניה… ומתמודדות עם פושע מסוכן חדש.

הנינג'ות יוצאים למשימה כדי לגלות את מקורו של אות כוח מסתורי שמפריע ליצורי הים, ולכוחות של ניה.

אמא של ניה, מאיה, מגיעה עם עצות איך להשיב את השליטה של ניה בכוחות שלה. זאין ופיקסאל מגלים שאולי משהו אחר אחראי להפרעות.

כשניה מאבדת שליטה בכוחות היסוד שלה, הנינג'ות מחפשים תשובות… שאולי נמצאות בידי אמא של ניה.

לאחר שג'יי מוקרב לנחש הים שמטיל אימה על האי, הנינג'ות מתחילים לחשוד שהאירועים שמתרחשים על האי הם לא בדיוק כפי שהם נראים.

הנינג'ות נלכדו על ידי השומרים של הקמע, שנותנים לג'יי יחס מיוחד. לויד יוצא להצלתם.

לאחר ששרדו את מסעם אל האי, הנינג'ות יוצאים לדרך ומתחברים עם דרקון, ומותקפים על ידי פסלים חיים!

משלחת המחקר של מיסאקו, סנסיי וו וקאטץ' פאוורס נעלמת בזמן עבודתה באי שלא נחקר והנינג'ות חייבים למצוא אותה.