מאסטר וו מוצא מקלט ממקור לא צפוי בזמן שניה וג'יי בורחים מהריסות ספינת הגורל עם תוכנית למציאת עזרה.

הנינג'ות פותחים בהתקפה ברחבי נינג'גו סיטי בכלי הרכב המשודרגים שלהם, אבל מלך הקריסטל משחרר מקור חדש של כוח כדי לעצור אותם.

גארמאדון מאמן את לויד לשליטה בצורת האוני שלו, ובינתיים הנינג'ות מנסים אסטרטגיה אחרת נגד כוחותיו של מלך הקריסטל.

הנינג'ות נלחמים בצבא של מלך הקריסטל בזמן שלויד ומאסטר וו עוקבים אחר הרמזים עד שהם מגיעים לשותף מפתיע.

לויד ומאסטר וו מקשיבים לגארמאדון שמספר להם על מסעו לשפר את עצמו ומוצאים את הרמז שהם צריכים בשביל לעצור את מלך הקריסטל.

הנינג'ות משיבים את ספינת הגורל ויוצאים להציל את לויד שנמצא במנוסה בג'ונגל מתחת למקדש הקריסטל.

ניה בתור "הסמוראי אקס", מצילה את הנינג'ות, אך התוכנית של הארומי עם כלי הנשק של ספינג'יצו כבר יצאה לפעולה.

לויד בורח ממקדש הקריסטל עם עזרה ממקור לא צפוי, בזמן שמלך הקריסטל והנינג'ות מתכוננים לקרב.

הנינג'ות מחפשים דרך לברוח בזמן שמאסטר וו והאחרים מגינים על כלי הנשק של ספינג'יצו מפני מועצת מלך הקריסטל.

הנינג'ות מחפשים את לויד ונכנסים ישר למלכודת של הארומי, ולויד נופל קורבן למניפולציה שלה.

הארומי מספרת ללויד איך היא שרדה והפכה לעוזרת של מלך הקריסטל. לויד מגלה מה היא מתכננת לנינג'גו אך אין ביכולתו לעשות דבר כדי לעצור אותה.

לויד במסווה מגיע אל מקדש חבוי, שם הוא מצטרף למועצת מלך הקריסטל ומגלה את הזהות האמיתית של קאבוקי מאסק.

הנינג'ות נערכים מחדש בתחנת הדלק של טוויטצ'י ובורחים מפני האונדוג מקבראג עם תוכנית לפלוש למועצת מלך הקריסטל.

זמרת שעושה את דרכה אל נינג'גו סיטי עוזרת לקאי, זאין ודארת לחמוק מהאונדוג מקבראג, וזאין מגלה את ערך הרגשות.

ניה, בתור סמוראי אקס, עוזרת לנינג'ות לברוח, אבל המרשל הכי קשוח של נינג'גו, האונדוג מקבראג, יוצא בעקבותיהם.

הנינג'ות פוגשים אויב ותיק בכלא ומנסים למנוע את בריחתו, בזמן שניה מוצאת תקוה חדשה במכונה ישנה.

הנינג'ות נלחמים בנינג'ות החדשים כדי להרוויח זמן בשביל שאספירה תוכל להסיר את הכוחות של ניה וכך להפוך אותה להיות אנושית שוב.

הנינג'ות נשלחים לכלא, ולויד מקבל מבקר מסתורי במסכה עם אזהרה ממלך הקריסטל.

הנינג'ות יוצאים למשימה במסווה כדי להשיג את המטה הקסום של אספירה, אך פגישה נוספת עם הנינג'ות החדשים חושפת את הסוד שלהם.

כשראש העיר מסרב לשחרר את אספירה מכלא קריפטאריום, הנינג'ות יוצאים במסווה כדי לשחרר אותה בעצמם.

הנינג'ות חוקרים את מבצע הונג'סטון אבל רבים זה עם זה לאחר שהנינג'ות החדשים מצילים אותם.

לאחר שהצילה מלח מטביעה, ניה פוגשת את ניאד וחושבת על תוכנית איך לקבל חזרה את הצורה האנושית שלה.

שנה לאחר ההקרבה של ניה, הנינג'ות מתאחדים כדי לחקור הברחת ונג'סטון ואת הופעתו של צוות נינג'ות חדש.